转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 125 / 151 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002599 Chr02 NC_080388.1:45133168-45133180promoter 内 1402-1414 bp - 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45122975-45130581(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCCTTTT
SmilChr04G003536 Chr04 NC_080390.1:51727242-51727254promoter 内 1402-1414 bp - 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51720969-51724655(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr03G001666 Chr03 NC_080389.1:21677848-21677860promoter 内 1353-1365 bp - 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 21673326-21675212(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACTTT
SmilChr03G003248 Chr03 NC_080389.1:50370753-50370765promoter 内 1284-1296 bp - 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50373470-50374730(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTTTTAGGTAAA
SmilChr04G001682 Chr04 NC_080390.1:27830032-27830044promoter 内 1231-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27832802-27833926(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAT
SmilChr05G001943 Chr05 NC_080391.1:19796529-19796541promoter 内 1229-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19789373-19793769(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAT
SmilChr04G002473 Chr04 NC_080390.1:39540215-39540227promoter 内 1189-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39536451-39537415(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTTTTAGGTAAA
SmilChr03G003253 Chr03 NC_080389.1:50422705-50422717promoter 内 1185-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50409949-50419901(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAAA
SmilChr02G002184 Chr02 NC_080388.1:39061681-39061693promoter 内 1181-1193 bp + 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39057442-39058873(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGGGTAGGTGTT
SmilChr02G000390 Chr02 NC_080388.1:4820779-4820791promoter 内 1163-1175 bp + 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4823617-4830268(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACTTCA
SmilChr01G003735 Chr01 NC_080387.1:55654629-55654641promoter 内 1092-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55648787-55651732(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACTCT
SmilChr02G003293 Chr02 NC_080388.1:54215835-54215847promoter 内 1089-1101 bp + 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54206696-54212935(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAT
SmilChr02G000758 Chr02 NC_080388.1:12350865-12350877promoter 内 1071-1083 bp + 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12353795-12361407(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATC
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34135132-34135144promoter 内 994-1006 bp - 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34138139-34140145(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCGGTAGGTTGA
SmilChr01G001930 Chr01 NC_080387.1:34475502-34475514promoter 内 919-931 bp + 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34471363-34472432(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACGTTTAGGTAAG
SmilChr04G001072 Chr04 NC_080390.1:15424772-15424784promoter 内 828-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 15419376-15421611(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGCCTACCTTA
SmilChr01G002818 Chr01 NC_080387.1:46748069-46748081promoter 内 793-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46751277-46755300(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAT
SmilChr04G001227 Chr04 NC_080390.1:19229310-19229322promoter 内 791-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19223497-19226112(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACTTT
SmilChr04G000843 Chr04 NC_080390.1:10654954-10654966promoter 内 725-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10658230-10661709(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAT
SmilChr02G000651 Chr02 NC_080388.1:9845885-9845897promoter 内 605-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9842430-9842501(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr05G001781 Chr05 NC_080391.1:17543610-17543622promoter 内 539-551 bp + 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 17537517-17540160(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAAGTAGGTATC
SmilChr03G003084 Chr03 NC_080389.1:47881988-47882000promoter 内 463-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47885526-47886527(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTAA
SmilChr02G002835 Chr02 NC_080388.1:48503047-48503059promoter 内 442-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48496202-48499500(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATAATAGGTAAA
SmilChr05G001931 Chr05 NC_080391.1:19652118-19652130promoter 内 371-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19644143-19648500(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATC
SmilChr01G000772 Chr01 NC_080387.1:16850179-16850191promoter 内 368-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16853812-16854899(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAAGTAGGTATA
SmilChr01G003995 Chr01 NC_080387.1:58374167-58374179promoter 内 350-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58367056-58370528(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACTTT
SmilChr02G000650 Chr02 NC_080388.1:9845885-9845897promoter 内 337-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9840881-9842233(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
SmilChr02G001710 Chr02 NC_080388.1:31497356-31497368promoter 内 245-257 bp - 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31501112-31504383(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATAATAGGTAAA
SmilChr02G000251 Chr02 NC_080388.1:3241924-3241936promoter 内 231-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3236952-3238166(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGGGTAGGTGTT
SmilChr04G000500 Chr04 NC_080390.1:5461684-5461696promoter 内 225-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5465460-5466367(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTTCA
SmilChr02G001742 Chr02 NC_080388.1:32022138-32022150promoter 内 191-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32017537-32018340(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGGTAGGTTCC
SmilChr02G003337 Chr02 NC_080388.1:54598253-54598265promoter 内 187-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54602067-54605264(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTTTTAGGTAAA
SmilChr02G005328 Chr02 NC_080388.1:74138716-74138728promoter 内 149-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74129528-74134876(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAAA
SmilChr02G005203 Chr02 NC_080388.1:73283392-73283404promoter 内 144-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 73287249-73289952(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTTGTAGGTACG
SmilChr02G004780 Chr02 NC_080388.1:69994015-69994027promoter 内 140-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 69989651-69990166(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGAGGAGGTAAA
SmilChr02G001267 Chr02 NC_080388.1:23228397-23228409promoter 内 115-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23223735-23224523(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAAGTAGGTATC
SmilChr02G005321 Chr02 NC_080388.1:74138716-74138728promoter 内 114-126 bp - 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74096698-74134841(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAAA
SmilChr02G005599 Chr02 NC_080388.1:75707175-75707187promoter 内 48-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75711128-75714339(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAGGTAGGCAGC
SmilChr04G003059 Chr04 NC_080390.1:47166547-47166559promoter 内 2-14 bp + 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47170546-47174455(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAA
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SmilChr01G004406 Chr01 NC_080387.1:62163510-62163522promoter 内 2900-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 62160552-62162421(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCCCAAA
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SmilChr03G004122 Chr03 NC_080389.1:60074616-60074628promoter 内 1570-1582 bp + 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 60077047-60078758(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTGT
SmilChr03G001385 Chr03 NC_080389.1:16370477-16370489promoter 内 1184-1196 bp - 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 16373294-16374594(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTAGTAGGTATA
SmilChr02G005231 Chr02 NC_080388.1:73511223-73511235promoter 内 1041-1053 bp - 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 73504800-73508275(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAATTG
SmilChr03G004310 Chr03 NC_080389.1:61435755-61435767promoter 内 3934-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 61435822-61440148(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACACTC
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SmilChr03G002018 Chr03 NC_080389.1:30191401-30191413promoter 内 3795-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30191607-30194001(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACACT