转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 126 / 139 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004447 Chr03 NC_080389.1:62605838-62605849promoter 内 128-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 62609711-62615303(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TACTGACGTGCA
SmilChr01G004087 Chr01 NC_080387.1:59271554-59271565promoter 内 127-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59275428-59277249(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTAAA
SmilChr04G001582 Chr04 NC_080390.1:26306085-26306096promoter 内 114-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26301584-26302209(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AATCCACGTGGC
SmilChr01G000809 Chr01 NC_080387.1:17478741-17478752promoter 内 82-93 bp + 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17474079-17474833(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGAAT
SmilChr02G002106 Chr02 NC_080388.1:37756057-37756068promoter 内 75-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37759983-37770656(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGAAT
SmilChr04G001831 Chr04 NC_080390.1:29855963-29855974promoter 内 47-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29859917-29862172(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGATT
SmilChr03G000617 Chr03 NC_080389.1:6817990-6818001promoter 内 36-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6812419-6814036(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CATTGACGTGTG
SmilChr04G002827 Chr04 NC_080390.1:44359513-44359524promoter 内 33-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44363481-44365241(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAGACGTCAGTG
SmilChr04G000516 Chr04 NC_080390.1:5677301-5677312promoter 内 22-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5670757-5673333(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AATCCACGTGGC
SmilChr02G003404 Chr02 NC_080388.1:55219252-55219263promoter 内 21-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55212150-55215283(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AATCCACGTGGC
SmilChr02G000633 Chr02 NC_080388.1:9532339-9532350promoter 内 18-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9536322-9536798(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGAAT
SmilChr02G000755 Chr02 NC_080388.1:12329912-12329923promoter 内 10-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12304635-12325932(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCTGACGTCTC
SmilChr04G004089 Chr04 NC_080390.1:55902722-55902733promoter 内 3-14 bp - 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55906720-55908507(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACACGTCACTG
SmilChr02G001129 Chr02 NC_080388.1:20420811-20420822promoter 内 1-12 bp + 3989 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20416119-20416822(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACACGTCAATG
SmilChr01G003964 Chr01 NC_080387.1:58064924-58064935promoter 内 3243-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 58065682-58068856(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACACGTCATCT
SmilChr02G002458 Chr02 NC_080388.1:42872994-42873005promoter 内 2318-2329 bp - 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 42869922-42871322(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTATGACGTGAC
SmilChr03G002125 Chr03 NC_080389.1:33057448-33057459promoter 内 2247-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 33052116-33055705(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCTTGACGTGAG
SmilChr02G000303 Chr02 NC_080388.1:3834243-3834254promoter 内 3989-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3834255-3838689(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGATGACGTGTA
SmilChr02G004331 Chr02 NC_080388.1:65589978-65589989promoter 内 3898-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65584992-65589886(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACATGACGTGAC
SmilChr01G002605 Chr01 NC_080387.1:44246327-44246338promoter 内 3890-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44246438-44247302(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TAGTGACGTGAG
SmilChr03G001664 Chr03 NC_080389.1:21584216-21584227promoter 内 3878-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 21584339-21587644(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCACGTCACTT
SmilChr03G003977 Chr03 NC_080389.1:58790253-58790264promoter 内 3867-3878 bp + 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 58788338-58790130(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCACGTCAATG
SmilChr03G002850 Chr03 NC_080389.1:45092421-45092432promoter 内 3851-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45092571-45093170(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACACGTCATCT
SmilChr03G002852 Chr03 NC_080389.1:45110664-45110675promoter 内 3803-3814 bp + 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45106738-45110477(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACACGTCATCT
SmilChr03G003650 Chr03 NC_080389.1:55265614-55265625promoter 内 3739-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55262581-55265363(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TACACGTCATCT
SmilChr03G003870 Chr03 NC_080389.1:57801860-57801871promoter 内 3635-3646 bp - 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 57802226-57804769(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCACGTCACAT
SmilChr04G003647 Chr04 NC_080390.1:52977782-52977793promoter 内 3616-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 52975421-52977408(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TACACGTCAACT
SmilChr01G004681 Chr01 NC_080387.1:64886744-64886755promoter 内 3583-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 64887162-64888454(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCACGTCACTA
SmilChr03G000717 Chr03 NC_080389.1:7959106-7959117promoter 内 3569-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7959538-7962296(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGTTGACGTGTA
SmilChr01G001495 Chr01 NC_080387.1:28806023-28806034promoter 内 3526-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28804866-28805559(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCACGTCACTT
SmilChr02G002107 Chr02 NC_080388.1:37774427-37774438promoter 内 3481-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 37774947-37777949(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTCGCACGTGGC
SmilChr04G000770 Chr04 NC_080390.1:9465075-9465086promoter 内 3464-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9463934-9464549(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TAGTGACGTGAG
SmilChr03G001973 Chr03 NC_080389.1:28457137-28457148promoter 内 3457-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28457681-28461400(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGATGACGTGTA
SmilChr04G002252 Chr04 NC_080390.1:36487631-36487642promoter 内 3441-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 36483905-36487082(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGTTGACGTGTA
SmilChr03G001839 Chr03 NC_080389.1:25225905-25225916promoter 内 3347-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25226559-25230086(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACACGTCATCT
SmilChr03G001838 Chr03 NC_080389.1:25214841-25214852promoter 内 3345-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25215497-25218990(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACACGTCATCT
SmilChr02G003852 Chr02 NC_080388.1:60291464-60291475promoter 内 3250-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60290627-60290724(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACATGACGTGAC
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