转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 128 / 136 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002941 Chr05 NC_080391.1:35455312-35455322promoter 内 450-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 35458863-35462772(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr02G004140 Chr02 NC_080388.1:63679709-63679719promoter 内 449-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63683261-63690250(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCGCTGAGGG
SmilChr05G002396 Chr05 NC_080391.1:26448428-26448438promoter 内 444-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26443203-26444881(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGCT
SmilChr02G003474 Chr02 NC_080388.1:56052189-56052199promoter 内 426-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56047805-56048624(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCGCTGAGGG
SmilChr03G003333 Chr03 NC_080389.1:51596424-51596434promoter 内 408-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51600017-51606714(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr01G000488 Chr01 NC_080387.1:9955592-9955602promoter 内 390-400 bp + 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9950355-9951991(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACCCTGAGCC
SmilChr01G005573 Chr01 NC_080387.1:72481878-72481888promoter 内 382-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72485497-72488218(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr04G003350 Chr04 NC_080390.1:50116378-50116388promoter 内 309-319 bp - 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50120070-50121412(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr02G003976 Chr02 NC_080388.1:62019682-62019692promoter 内 280-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62023403-62027692(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATTCAGCGCC
SmilChr04G003295 Chr04 NC_080390.1:49662012-49662022promoter 内 275-285 bp + 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49665738-49666697(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr03G004705 Chr03 NC_080389.1:64343244-64343254promoter 内 250-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64335662-64339503(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr03G003675 Chr03 NC_080389.1:55580410-55580420promoter 内 245-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55584166-55587978(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCATC
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37868145-37868155promoter 内 232-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37862410-37864386(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr02G000535 Chr02 NC_080388.1:7370374-7370384promoter 内 217-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7374158-7375596(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr05G003603 Chr05 NC_080391.1:48112063-48112073promoter 内 215-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48107091-48108287(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACCCTGAGCC
SmilChr01G005293 Chr01 NC_080387.1:70252397-70252407promoter 内 194-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70256204-70259878(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCATC
SmilChr05G003913 Chr05 NC_080391.1:52860334-52860344promoter 内 176-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52855738-52856519(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGCCTGAGCC
SmilChr05G002378 Chr05 NC_080391.1:26097560-26097570promoter 内 172-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26092113-26093741(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr08G002984 Chr08 NC_080394.1:29958977-29958987promoter 内 144-154 bp + 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 29962834-30016336(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr05G001761 Chr05 NC_080391.1:17316307-17316317promoter 内 100-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17320208-17321899(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGTT
SmilChr03G004550 Chr03 NC_080389.1:63485542-63485552promoter 内 85-95 bp + 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63476045-63481636(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACTGCTGAGCG
SmilChr05G002249 Chr05 NC_080391.1:24162398-24162408promoter 内 74-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24166325-24170221(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TAGGCTGAGCC
SmilChr08G001456 Chr08 NC_080394.1:11726643-11726653promoter 内 66-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11720213-11722718(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr08G001700 Chr08 NC_080394.1:14201151-14201161promoter 内 46-56 bp - 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14205106-14209282(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACCCTGAGCC
SmilChr04G000371 Chr04 NC_080390.1:3737006-3737016promoter 内 32-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3729974-3733047(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAATG
SmilChr04G002927 Chr04 NC_080390.1:45537471-45537481promoter 内 23-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45541449-45544972(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATTCAGCGCC
SmilChr07G000047 Chr07 NC_080393.1:203345-203355promoter 内 22-32 bp + 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 197956-199376(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr04G001244 Chr04 NC_080390.1:19581061-19581071promoter 内 19-29 bp + 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19574648-19577089(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCGCTGAGGG
SmilChr08G003653 Chr08 NC_080394.1:40187882-40187892promoter 内 14-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40180513-40183905(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr01G003440 Chr01 NC_080387.1:52992927-52992937promoter 内 2463-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 52988922-52991399(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGACG
SmilChr06G002243 Chr06 NC_080392.1:31810631-31810641promoter 内 2437-2447 bp - 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 31812195-31812911(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr04G000418 Chr04 NC_080390.1:4415771-4415781promoter 内 1958-1968 bp - 2033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 4417814-4419641(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr01G003441 Chr01 NC_080387.1:52992948-52992958promoter 内 1180-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 52995769-52998000(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTCCTGAGCC
SmilChr04G001638 Chr04 NC_080390.1:27224595-27224605promoter 内 3898-3908 bp + 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27212331-27224502(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr04G000723 Chr04 NC_080390.1:8498764-8498774promoter 内 3838-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8497533-8498611(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGACG
SmilChr01G000072 Chr01 NC_080387.1:1235174-1235184promoter 内 3293-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1235882-1236703(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGAT
SmilChr05G003572 Chr05 NC_080391.1:47722622-47722632promoter 内 3191-3201 bp - 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47723432-47725270(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr08G003559 Chr08 NC_080394.1:38268457-38268467promoter 内 3184-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38266321-38267650(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr07G001347 Chr07 NC_080393.1:10423490-10423500promoter 内 3157-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10424334-10425910(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr02G001224 Chr02 NC_080388.1:22523978-22523988promoter 内 3048-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22520145-22523035(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr04G000463 Chr04 NC_080390.1:4946093-4946103promoter 内 2979-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4947115-4949983(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCGG
SmilChr04G004026 Chr04 NC_080390.1:55516084-55516094promoter 内 2874-2884 bp - 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55517211-55520766(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
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SmilChr03G003613 Chr03 NC_080389.1:54805121-54805131promoter 内 2852-2862 bp + 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54802885-54803982(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGAT
SmilChr03G003596 Chr03 NC_080389.1:54598083-54598093promoter 内 2797-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54599287-54601218(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGTG
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SmilChr03G001418 Chr03 NC_080389.1:16814419-16814429promoter 内 2717-2727 bp - 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 16815703-16820610(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTCCTGAGCC
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SmilChr03G003457 Chr03 NC_080389.1:52956256-52956266promoter 内 2418-2428 bp - 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52957839-52961370(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC