转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 128 / 151 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005897 Chr01 NC_080387.1:74887647-74887659promoter 内 1933-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74881056-74885591(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATCGAT
SmilChr04G004124 Chr04 NC_080390.1:56098528-56098540promoter 内 1876-1888 bp + 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56091060-56096415(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TACAGTAGGTATA
SmilChr04G001202 Chr04 NC_080390.1:18446919-18446931promoter 内 1874-1886 bp - 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18449046-18454667(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTTTTAGGTAAA
SmilChr02G005504 Chr02 NC_080388.1:75167443-75167455promoter 内 1810-1822 bp - 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75169634-75173680(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATTGTAGGTAAT
SmilChr04G002160 Chr04 NC_080390.1:34728629-34728641promoter 内 1684-1696 bp - 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34722757-34726324(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAG
SmilChr02G005554 Chr02 NC_080388.1:75504175-75504187promoter 内 1615-1627 bp + 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75506561-75509709(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATCCAA
SmilChr02G001397 Chr02 NC_080388.1:26492320-26492332promoter 内 1607-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26494714-26497952(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAAAAT
SmilChr02G004225 Chr02 NC_080388.1:64464781-64464793promoter 内 1593-1605 bp - 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64453264-64462385(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTACCTACAATC
SmilChr03G003592 Chr03 NC_080389.1:54569831-54569843promoter 内 1538-1550 bp - 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54572294-54574332(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GACGGTAGGTTAT
SmilChr01G003789 Chr01 NC_080387.1:56280468-56280480promoter 内 1537-1549 bp - 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56269619-56278016(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACACCTACCAAC
SmilChr01G004205 Chr01 NC_080387.1:60503789-60503801promoter 内 1482-1494 bp - 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60497417-60501282(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAACCTACCTTC
SmilChr03G001631 Chr03 NC_080389.1:21005664-21005676promoter 内 1442-1454 bp + 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21008223-21009296(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTTGT
SmilChr01G004448 Chr01 NC_080387.1:62578086-62578098promoter 内 1422-1434 bp - 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62580665-62584244(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGTTTTAGGTAAC
SmilChr01G001515 Chr01 NC_080387.1:28995686-28995698promoter 内 1383-1395 bp + 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28998304-29000650(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGCCTACCTAT
SmilChr02G004255 Chr02 NC_080388.1:64751123-64751135promoter 内 1329-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64753795-64759325(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTATTTAGGTAAA
SmilChr01G001440 Chr01 NC_080387.1:28071419-28071431promoter 内 1223-1235 bp + 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28074197-28079798(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTGCCTACCTAT
SmilChr01G004028 Chr01 NC_080387.1:58695858-58695870promoter 内 1218-1230 bp + 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58698641-58701201(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAAAAT
SmilChr03G004638 Chr03 NC_080389.1:63991206-63991218promoter 内 1193-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63986087-63988410(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAACTA
SmilChr02G003693 Chr02 NC_080388.1:58380407-58380419promoter 内 1170-1182 bp + 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58373232-58377588(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTGATAGGTAAG
SmilChr05G001036 Chr05 NC_080391.1:8499082-8499094promoter 内 1158-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8501925-8503975(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTATTTAGGTAAA
SmilChr01G005267 Chr01 NC_080387.1:70117677-70117689promoter 内 1145-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70120533-70121264(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAG
SmilChr02G001395 Chr02 NC_080388.1:26492320-26492332promoter 内 1145-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26487820-26489476(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTTTTAGGTAAC
SmilChr02G002444 Chr02 NC_080388.1:42682501-42682513promoter 内 1108-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42685394-42686428(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTACCTACAATC
SmilChr04G002477 Chr04 NC_080390.1:39607779-39607791promoter 内 1104-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39610676-39612815(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTACAAGA
SmilChr04G002504 Chr04 NC_080390.1:40000539-40000551promoter 内 1024-1036 bp + 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40003516-40005619(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTACAAGA
SmilChr03G003276 Chr03 NC_080389.1:50704594-50704606promoter 内 930-942 bp + 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50707665-50713095(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACATTT
SmilChr05G001431 Chr05 NC_080391.1:13033551-13033563promoter 内 924-936 bp - 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13027345-13030486(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTACCTACATTC
SmilChr02G005503 Chr02 NC_080388.1:75167443-75167455promoter 内 876-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75160079-75164330(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACAATT
SmilChr01G004325 Chr01 NC_080387.1:61411139-61411151promoter 内 689-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 61404681-61407839(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAG
SmilChr05G000008 Chr05 NC_080391.1:34479-34491promoter 内 654-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37826-42035(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGGTTTAGGTAAC
SmilChr02G002460 Chr02 NC_080388.1:42882982-42882994promoter 内 539-551 bp - 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42886444-42889510(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAAGTAGGTATC
SmilChr03G001651 Chr03 NC_080389.1:21454671-21454683promoter 内 344-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21449896-21451026(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGCGCCTACCTTT
SmilChr03G001734 Chr03 NC_080389.1:23305566-23305578promoter 内 315-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23309252-23310665(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTATTTAGGTAAA
SmilChr03G003156 Chr03 NC_080389.1:48909062-48909074promoter 内 292-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48912771-48915615(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGAATAGGTAAA
SmilChr04G002696 Chr04 NC_080390.1:42458985-42458997promoter 内 258-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42462728-42464940(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAGT
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