转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 129 / 156 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001384 Chr03 NC_080389.1:16365987-16365996promoter 内 917-926 bp - 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16369071-16369810(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CACCGTCACT
SmilChr06G001438 Chr06 NC_080392.1:15183158-15183167promoter 内 915-924 bp - 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15177707-15180081(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGTG
SmilChr02G004381 Chr02 NC_080388.1:66162069-66162078promoter 内 904-913 bp + 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66165166-66169186(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGTG
SmilChr02G002600 Chr02 NC_080388.1:45120544-45120553promoter 内 897-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45123648-45124607(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGTG
SmilChr02G000338 Chr02 NC_080388.1:4335645-4335654promoter 内 874-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4338772-4339104(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGTG
SmilChr02G001445 Chr02 NC_080388.1:27129005-27129014promoter 内 840-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 27124147-27125853(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CACCGTCACT
SmilChr03G000673 Chr03 NC_080389.1:7535928-7535937promoter 内 838-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7529801-7532774(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGTG
SmilChr01G004030 Chr01 NC_080387.1:58709450-58709459promoter 内 835-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58706212-58706293(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGAG
SmilChr01G004644 Chr01 NC_080387.1:64483589-64483598promoter 内 831-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 64486759-64489939(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGAG
SmilChr05G002406 Chr05 NC_080391.1:26560597-26560606promoter 内 771-780 bp - 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26563827-26575030(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GACCGTCACT
SmilChr04G003689 Chr04 NC_080390.1:53296992-53297001promoter 内 717-726 bp + 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53288763-53293717(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTCCGTCACT
SmilChr03G004029 Chr03 NC_080389.1:59306449-59306458promoter 内 716-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59298837-59303173(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTCCGTCACT
SmilChr02G005394 Chr02 NC_080388.1:74543624-74543633promoter 内 701-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74538795-74540333(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTCCGTCACT
SmilChr02G001202 Chr02 NC_080388.1:22165546-22165555promoter 内 692-701 bp + 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22157462-22162246(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GACCGTCACT
SmilChr05G000177 Chr05 NC_080391.1:1390097-1390106promoter 内 687-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1393411-1398093(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CTCCGTCACT
SmilChr04G003115 Chr04 NC_080390.1:47701690-47701699promoter 内 672-681 bp + 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47705019-47707728(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGAG
SmilChr01G001084 Chr01 NC_080387.1:22271168-22271177promoter 内 599-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22267275-22267775(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CTCCGTCACT
SmilChr01G006029 Chr01 NC_080387.1:75836936-75836945promoter 内 573-582 bp - 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 75840364-75843979(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CTCCGTCACT
SmilChr06G001413 Chr06 NC_080392.1:14824846-14824855promoter 内 510-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14828337-14829453(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGAG
SmilChr03G004396 Chr03 NC_080389.1:62151649-62151658promoter 内 504-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62155146-62159512(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CTCCGTCACT
SmilChr03G003601 Chr03 NC_080389.1:54650401-54650410promoter 内 494-503 bp - 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 54645464-54646903(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGAG
SmilChr02G001748 Chr02 NC_080388.1:32077525-32077534promoter 内 476-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 32072280-32074009(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGTG
SmilChr05G002284 Chr05 NC_080391.1:24584645-24584654promoter 内 468-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24588178-24591246(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGAG
SmilChr03G003124 Chr03 NC_080389.1:48430793-48430802promoter 内 466-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 48424143-48427267(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CTCCGTCACT
SmilChr01G004847 Chr01 NC_080387.1:66617978-66617987promoter 内 429-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66621550-66625582(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CTCCGTCACT
SmilChr05G001665 Chr05 NC_080391.1:15774404-15774413promoter 内 418-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15767758-15770830(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTCCGTCACT
SmilChr03G004432 Chr03 NC_080389.1:62468268-62468277promoter 内 386-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62462023-62464662(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CACCGTCACT
SmilChr06G000750 Chr06 NC_080392.1:6969851-6969860promoter 内 377-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6962441-6966236(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGAC
SmilChr02G004617 Chr02 NC_080388.1:68688118-68688127promoter 内 373-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 68679256-68684499(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CACCGTCACT
SmilChr02G002642 Chr02 NC_080388.1:45832336-45832345promoter 内 341-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45826543-45828685(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CACCGTCACT
SmilChr01G005640 Chr01 NC_080387.1:72842879-72842888promoter 内 310-319 bp - 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72834342-72839197(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGAG
SmilChr04G003139 Chr04 NC_080390.1:47984399-47984408promoter 内 291-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47979514-47980698(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGTC
SmilChr03G000151 Chr03 NC_080389.1:1631836-1631845promoter 内 289-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1635548-1637076(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGAC
SmilChr06G000752 Chr06 NC_080392.1:6969851-6969860promoter 内 285-294 bp - 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6973567-6974362(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTCCGTCACT
SmilChr03G001780 Chr03 NC_080389.1:24315017-24315026promoter 内 257-266 bp + 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24309724-24311282(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CTCCGTCACT
SmilChr03G003162 Chr03 NC_080389.1:49002271-49002280promoter 内 243-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 48994259-48998522(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTCCGTCACT
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SmilChr03G001705 Chr03 NC_080389.1:22630698-22630707promoter 内 175-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22634524-22635551(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CTCCGTCACT
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