转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 13 / 140 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001245 Chr01 NC_080387.1:24965105-24965114promoter 内 3072-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 24963532-24964185(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr03G002481 Chr03 NC_080389.1:39397769-39397778promoter 内 2741-2750 bp - 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 39393354-39396518(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr01G004314 Chr01 NC_080387.1:61318367-61318376promoter 内 2530-2539 bp + 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 61312743-61316905(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr01G003664 Chr01 NC_080387.1:55067130-55067139promoter 内 2396-2405 bp - 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 55061660-55065534(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr02G004518 Chr02 NC_080388.1:67699810-67699819promoter 内 2154-2163 bp - 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 67701657-67703416(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G003506 Chr02 NC_080388.1:56248052-56248061promoter 内 2062-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 56244107-56246122(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr01G002599 Chr01 NC_080387.1:44160207-44160216promoter 内 2045-2054 bp + 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 44154876-44158260(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G003558 Chr02 NC_080388.1:56750933-56750942promoter 内 2021-2030 bp + 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 56746991-56748962(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G001743 Chr02 NC_080388.1:32024676-32024685promoter 内 1757-1766 bp + 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 32018425-32022441(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G003652 Chr02 NC_080388.1:57915024-57915033promoter 内 1753-1762 bp - 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 57908011-57912785(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr01G005879 Chr01 NC_080387.1:74739920-74739929promoter 内 1737-1746 bp + 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 74736043-74737665(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G004709 Chr02 NC_080388.1:69359892-69359901promoter 内 1652-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 69362241-69363486(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G002905 Chr02 NC_080388.1:49355771-49355780promoter 内 1501-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 49358271-49373202(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr02G002953 Chr02 NC_080388.1:50083404-50083413promoter 内 1475-1484 bp - 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 50065498-50080887(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr02G001714 Chr02 NC_080388.1:31522123-31522132promoter 内 1435-1444 bp - 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 31524689-31528999(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G005291 Chr02 NC_080388.1:73910316-73910325promoter 内 1353-1362 bp + 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 73906407-73907677(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr01G003701 Chr01 NC_080387.1:55404769-55404778promoter 内 1334-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 55396510-55402111(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr01G005411 Chr01 NC_080387.1:71344894-71344903promoter 内 931-940 bp - 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 71347964-71351252(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr01G005629 Chr01 NC_080387.1:72738757-72738766promoter 内 838-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 72741920-72744555(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr04G000603 Chr04 NC_080390.1:6823924-6823933promoter 内 689-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 6827236-6830037(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr01G004856 Chr01 NC_080387.1:66731631-66731640promoter 内 626-635 bp - 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 66735006-66735652(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G000146 Chr02 NC_080388.1:1942002-1942011promoter 内 564-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 1945439-1950272(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr02G005000 Chr02 NC_080388.1:71810622-71810631promoter 内 421-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 71814202-71816017(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr01G005073 Chr01 NC_080387.1:68600597-68600606promoter 内 151-160 bp - 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 68604447-68611572(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr01G002689 Chr01 NC_080387.1:45124180-45124189promoter 内 66-75 bp + 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 45128115-45129904(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr01G001373 Chr01 NC_080387.1:27058418-27058427promoter 内 3926-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 27058493-27061257(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr01G004962 Chr01 NC_080387.1:67706751-67706760promoter 内 3919-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 67705505-67706678(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr01G004974 Chr01 NC_080387.1:67822293-67822302promoter 内 3796-3805 bp - 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 67822498-67823169(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G001040 Chr02 NC_080388.1:18489597-18489606promoter 内 3762-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 18489836-18489909(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr03G000411 Chr03 NC_080389.1:4442623-4442632promoter 内 3455-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 4441547-4442086(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G001095 Chr02 NC_080388.1:19747306-19747315promoter 内 3454-3463 bp + 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 19747853-19752356(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr03G000343 Chr03 NC_080389.1:3886201-3886210promoter 内 3255-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 3883590-3885464(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr01G004315 Chr01 NC_080387.1:61331587-61331596promoter 内 3053-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 61326946-61330648(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr03G000089 Chr03 NC_080389.1:1012753-1012762promoter 内 2973-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 1013781-1017093(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
SmilChr03G003864 Chr03 NC_080389.1:57707957-57707966promoter 内 2819-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 57706714-57706784(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTC
SmilChr02G005226 Chr02 NC_080388.1:73469017-73469026promoter 内 2764-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 73465722-73467789(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGC
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