转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 130 / 137 下载 TSV

上一页 130 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000341 Chr05 NC_080391.1:2544455-2544469promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2548432-2548504(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAATTTAT
SmilChr04G001139 Chr04 NC_080390.1:16799991-16800005promoter 内 23-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16803969-16804074(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGCAAACGTGGCA
SmilChr05G000887 Chr05 NC_080391.1:7013650-7013664promoter 内 3117-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 7014534-7015857(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGAATTGC
SmilChr05G000949 Chr05 NC_080391.1:7662899-7662913promoter 内 2796-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 7664104-7664721(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGAATTGC
SmilChr08G001070 Chr08 NC_080394.1:8244585-8244599promoter 内 2325-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 8239637-8242923(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGAGAGACGTGGCC
SmilChr01G005974 Chr01 NC_080387.1:75403651-75403665promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75403707-75413345(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCGAGTGACGTGGCT
SmilChr04G003643 Chr04 NC_080390.1:52928559-52928573promoter 内 3937-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52928623-52931310(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCCCACGTCATCATG
SmilChr04G001415 Chr04 NC_080390.1:23015336-23015350promoter 内 3930-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 23009713-23015279(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTCGGCC
SmilChr04G002644 Chr04 NC_080390.1:41813872-41813886promoter 内 3922-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 41812893-41813807(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCCACGTCGTCGGT
SmilChr01G005973 Chr01 NC_080387.1:75403651-75403665promoter 内 3885-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75400437-75403549(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACTCGG
SmilChr07G003636 Chr07 NC_080393.1:43051629-43051643promoter 内 3875-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43051755-43056440(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGTCGTTC
SmilChr04G000093 Chr04 NC_080390.1:828034-828048promoter 内 3867-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 827786-827914(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGTGCTGACCTGGAA
SmilChr01G004882 Chr01 NC_080387.1:66895849-66895863promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66895028-66895705(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCCCACGTCAGCAAT
SmilChr02G001838 Chr02 NC_080388.1:33508552-33508566promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33501993-33508380(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTAAGAGCT
SmilChr06G001480 Chr06 NC_080392.1:15786448-15786462promoter 内 3802-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15784613-15786263(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCACATGACGTGGCC
SmilChr07G000686 Chr07 NC_080393.1:4687642-4687656promoter 内 3761-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4687882-4689985(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCCACGTCAGATTG
SmilChr01G000093 Chr01 NC_080387.1:1664769-1664783promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1661439-1664496(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TACAACCACGTGGCG
SmilChr01G000049 Chr01 NC_080387.1:769395-769409promoter 内 3647-3661 bp - 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 769749-772394(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TACAACCACGTGGCG
SmilChr04G003940 Chr04 NC_080390.1:55015626-55015640promoter 内 3640-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55014641-55015279(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCCACGTCAGGAGC
SmilChr03G002863 Chr03 NC_080389.1:45249278-45249292promoter 内 3579-3593 bp + 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45249700-45250683(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGTCGTTC
SmilChr06G001481 Chr06 NC_080392.1:15786448-15786462promoter 内 3563-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15786886-15789414(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATGTGG
SmilChr01G001787 Chr01 NC_080387.1:32744983-32744997promoter 内 3432-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 32743124-32744428(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCTGTCCC
SmilChr08G004147 Chr08 NC_080394.1:50629853-50629867promoter 内 3224-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50630630-50636304(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACCACTGACGTGGAA
SmilChr01G000043 Chr01 NC_080387.1:706897-706911promoter 内 3124-3138 bp - 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 707774-710491(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TACAACCACGTGGCG
SmilChr07G003692 Chr07 NC_080393.1:44455182-44455196promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44449679-44454309(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGGTGAT
SmilChr03G003529 Chr03 NC_080389.1:53908865-53908879promoter 内 3097-3111 bp - 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53909769-53909904(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACCAGACACGTGGCA
SmilChr06G000958 Chr06 NC_080392.1:9236329-9236343promoter 内 2940-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9234545-9235282(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGTAGACGTGGAG
SmilChr01G002977 Chr01 NC_080387.1:48716801-48716815promoter 内 2914-2928 bp + 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48714807-48715728(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GACACCTACGTGGCG
SmilChr02G000537 Chr02 NC_080388.1:7398672-7398686promoter 内 2880-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7399793-7400930(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGACACGTCATATAC
SmilChr07G004309 Chr07 NC_080393.1:55666850-55666864promoter 内 2875-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55664455-55665738(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAATCTGACGTGGAT
SmilChr06G000520 Chr06 NC_080392.1:4288792-4288806promoter 内 2871-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4287101-4287676(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGACGACACGTGGCC
SmilChr01G005706 Chr01 NC_080387.1:73291126-73291140promoter 内 2770-2784 bp + 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73292357-73299300(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGAATTA
SmilChr02G005442 Chr02 NC_080388.1:74800528-74800542promoter 内 2748-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74801781-74805413(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGATCAT
SmilChr08G003844 Chr08 NC_080394.1:44791288-44791302promoter 内 2738-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44792551-44793990(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTAGGACTA
SmilChr02G001547 Chr02 NC_080388.1:28763544-28763558promoter 内 2695-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28764850-28769645(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGACGACACGTGGCC
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SmilChr04G004165 Chr04 NC_080390.1:56304582-56304596promoter 内 1482-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56307101-56309170(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCCCCACGTGGCC