转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 135 / 149 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G000779 Chr04 NC_080390.1:9538419-9538428promoter 内 2932-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9531284-9537359(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr01G000053 Chr01 NC_080387.1:847477-847486promoter 内 2853-2862 bp + 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 848625-850513(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGGT
SmilChr05G003945 Chr05 NC_080391.1:53221057-53221066promoter 内 2815-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53222243-53223402(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCCA
SmilChr06G001694 Chr06 NC_080392.1:19358799-19358808promoter 内 2799-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19360001-19363806(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr03G003395 Chr03 NC_080389.1:52358693-52358702promoter 内 2764-2773 bp + 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52355585-52357465(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGAGTCGGTG
SmilChr02G004635 Chr02 NC_080388.1:68821336-68821345promoter 内 2761-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 68818426-68820105(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGAGTCGGTG
SmilChr02G000203 Chr02 NC_080388.1:2621155-2621164promoter 内 2665-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2622491-2625144(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr01G002215 Chr01 NC_080387.1:38483299-38483308promoter 内 2584-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38484716-38489024(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCCA
SmilChr01G002231 Chr01 NC_080387.1:38792754-38792763promoter 内 2584-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38794171-38798479(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCCA
SmilChr02G001867 Chr02 NC_080388.1:33930350-33930359promoter 内 2568-2577 bp - 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 33927216-33928926(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGGT
SmilChr01G000194 Chr01 NC_080387.1:3355090-3355099promoter 内 2516-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3351514-3353614(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ACCGTCGGTG
SmilChr04G001020 Chr04 NC_080390.1:14291726-14291735promoter 内 2264-2273 bp - 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14288685-14289998(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr04G003024 Chr04 NC_080390.1:46658982-46658991promoter 内 2207-2216 bp + 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46660776-46661287(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr03G000540 Chr03 NC_080389.1:5865953-5865962promoter 内 2186-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5867768-5915015(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ACCGTCGGTG
SmilChr01G001693 Chr01 NC_080387.1:31145949-31145958promoter 内 2165-2174 bp + 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 31147785-31148333(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGGT
SmilChr05G002555 Chr05 NC_080391.1:28684364-28684373promoter 内 2144-2153 bp - 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28686221-28690636(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGAGTCGGTG
SmilChr01G005762 Chr01 NC_080387.1:73726933-73726942promoter 内 2133-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 73722201-73725074(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr02G001518 Chr02 NC_080388.1:28292604-28292613promoter 内 2106-2115 bp - 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28294499-28302957(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGAGTCGGTG
SmilChr04G002210 Chr04 NC_080390.1:35767046-35767055promoter 内 2090-2099 bp + 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35768957-35769506(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGGT
SmilChr02G000262 Chr02 NC_080388.1:3413580-3413589promoter 内 2088-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3409681-3411676(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr01G001692 Chr01 NC_080387.1:31145949-31145958promoter 内 2023-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 31142274-31143980(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ACCGTCGGTG
SmilChr05G000675 Chr05 NC_080391.1:5157392-5157401promoter 内 1989-1998 bp - 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5153653-5155389(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr03G003100 Chr03 NC_080389.1:48062951-48062960promoter 内 1823-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 48065129-48068124(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr02G001989 Chr02 NC_080388.1:35942829-35942838promoter 内 1815-1824 bp + 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35945015-35949222(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGGT
SmilChr02G004998 Chr02 NC_080388.1:71803499-71803508promoter 内 1809-1818 bp - 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71805691-71809570(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGAGTCGGTG
SmilChr01G001667 Chr01 NC_080387.1:30769128-30769137promoter 内 1781-1790 bp - 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30762761-30766917(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGGT
SmilChr04G003769 Chr04 NC_080390.1:53912444-53912453promoter 内 1780-1789 bp + 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53908108-53910232(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTA
SmilChr03G001247 Chr03 NC_080389.1:14374651-14374660promoter 内 1746-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14370154-14372405(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr04G000312 Chr04 NC_080390.1:2868842-2868851promoter 内 1746-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2871097-2871636(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr01G003087 Chr01 NC_080387.1:49706173-49706182promoter 内 1715-1724 bp - 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49701859-49703896(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCT
SmilChr05G002680 Chr05 NC_080391.1:30285467-30285476promoter 内 1670-1679 bp - 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30287798-30290452(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTA
SmilChr02G002087 Chr02 NC_080388.1:37453907-37453916promoter 内 1635-1644 bp - 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37456273-37458321(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTA
SmilChr02G000547 Chr02 NC_080388.1:7589278-7589287promoter 内 1632-1641 bp + 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7580826-7586918(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ACCGTCGGTG
SmilChr05G000775 Chr05 NC_080391.1:6032064-6032073promoter 内 1629-1638 bp - 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6034436-6038754(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGAGTCGGTG
SmilChr01G004710 Chr01 NC_080387.1:65248033-65248042promoter 内 1609-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 65242854-65245650(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGAGTCGGTG
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