转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 135 / 153 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005483 Chr02 NC_080388.1:75039788-75039798promoter 内 557-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75034610-75036354(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCGTG
SmilChr01G004293 Chr01 NC_080387.1:61141591-61141601promoter 内 436-446 bp - 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 61135024-61138036(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCGTG
SmilChr02G003238 Chr02 NC_080388.1:53648287-53648297promoter 内 300-310 bp + 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53651988-53659844(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTTG
SmilChr05G000478 Chr05 NC_080391.1:3707834-3707844promoter 内 168-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3698093-3704011(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGACG
SmilChr03G001253 Chr03 NC_080389.1:14460842-14460852promoter 内 99-109 bp - 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14450949-14456950(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTTG
SmilChr04G003550 Chr04 NC_080390.1:51855656-51855666promoter 内 93-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51859564-51863084(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCGTG
SmilChr03G001372 Chr03 NC_080389.1:16109684-16109694promoter 内 67-77 bp + 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 16113618-16115531(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGACG
SmilChr01G002487 Chr01 NC_080387.1:42597241-42597251promoter 内 6-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 42601236-42602303(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CAACGTACAAA
SmilChr01G004572 Chr01 NC_080387.1:63782250-63782260promoter 内 2881-2891 bp - 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 63783370-63784826(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr01G004573 Chr01 NC_080387.1:63782250-63782260promoter 内 594-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 63785657-63789611(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr05G000868 Chr05 NC_080391.1:6874412-6874422promoter 内 3768-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6874645-6877135(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr05G001687 Chr05 NC_080391.1:16016200-16016210promoter 内 3731-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16016470-16019361(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCG
SmilChr04G001455 Chr04 NC_080390.1:23928874-23928884promoter 内 3351-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23929524-23938909(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr02G004156 Chr02 NC_080388.1:63883210-63883220promoter 内 3288-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63883923-63886493(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr03G003124 Chr03 NC_080389.1:48428113-48428123promoter 内 3145-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48424143-48427267(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCG
SmilChr03G003454 Chr03 NC_080389.1:52904198-52904208promoter 内 3071-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52905128-52906180(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr02G003641 Chr02 NC_080388.1:57769583-57769593promoter 内 3037-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57764398-57768629(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr05G002034 Chr05 NC_080391.1:21163371-21163381promoter 内 2996-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21164376-21166848(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr02G003094 Chr02 NC_080388.1:51818756-51818766promoter 内 2576-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51820181-51822612(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGCGGTACAAT
SmilChr05G002157 Chr05 NC_080391.1:22784437-22784447promoter 内 2471-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22785967-22790118(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr04G001445 Chr04 NC_080390.1:23757380-23757390promoter 内 2378-2388 bp - 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23759003-23759087(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr04G001449 Chr04 NC_080390.1:23812401-23812411promoter 内 2340-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23810666-23810750(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr05G001188 Chr05 NC_080391.1:9967976-9967986promoter 内 1896-1906 bp - 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9970081-9970750(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CCCCGTACATA
SmilChr01G001982 Chr01 NC_080387.1:35214807-35214817promoter 内 1684-1694 bp - 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35210483-35212500(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCG
SmilChr02G001438 Chr02 NC_080388.1:27067129-27067139promoter 内 1667-1677 bp - 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 27055530-27064805(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCG
SmilChr05G002705 Chr05 NC_080391.1:31108142-31108152promoter 内 1606-1616 bp + 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31099329-31105757(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr01G003428 Chr01 NC_080387.1:52939558-52939568promoter 内 1462-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52942097-52942661(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCG
SmilChr03G001671 Chr03 NC_080389.1:21757966-21757976promoter 内 1193-1203 bp + 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21760774-21764204(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGGG
SmilChr01G003462 Chr01 NC_080387.1:53201031-53201041promoter 内 1189-1199 bp - 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53203843-53208512(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGACGTACAAA
SmilChr03G001670 Chr03 NC_080389.1:21757966-21757976promoter 内 1088-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21751607-21755063(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CCCCGTACATA
SmilChr03G001707 Chr03 NC_080389.1:22665481-22665491promoter 内 1085-1095 bp + 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22668397-22671563(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGGG
SmilChr01G002777 Chr01 NC_080387.1:46212654-46212664promoter 内 1001-1011 bp - 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46205267-46209664(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCG
SmilChr04G001454 Chr04 NC_080390.1:23928874-23928884promoter 内 855-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23920929-23925738(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCG
SmilChr01G003429 Chr01 NC_080387.1:52939558-52939568promoter 内 797-807 bp + 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52942762-52943529(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCG
SmilChr04G000251 Chr04 NC_080390.1:2285107-2285117promoter 内 609-619 bp - 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2288499-2291230(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GCCAGTACAAT
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