预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021663-RA_Salv |
SmilChr01G000025 |
SBP | XP_057790305.1 |
MP00633 |
TTGTACGGA |
8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 136 / 137 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G004476 |
Chr03 | NC_080389.1:62876531-62876539promoter 内 1115-1123 bp |
+ | 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 62872153-62873653(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr04G002015 |
Chr04 | NC_080390.1:32680259-32680267promoter 内 1099-1107 bp |
+ | 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 32676374-32677365(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr07G002069 |
Chr07 | NC_080393.1:18817967-18817975promoter 内 1059-1067 bp |
+ | 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 18814278-18815033(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr04G004147 |
Chr04 | NC_080390.1:56208622-56208630promoter 内 1041-1049 bp |
+ | 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 56203971-56205670(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr07G002839 |
Chr07 | NC_080393.1:28485771-28485779promoter 内 1040-1048 bp |
- | 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 28488732-28488838(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr02G002411 |
Chr02 | NC_080388.1:42088041-42088049promoter 内 1017-1025 bp |
+ | 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 42084993-42085065(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr03G004483 |
Chr03 | NC_080389.1:62954060-62954068promoter 内 995-1003 bp |
+ | 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 62947592-62951062(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr02G002841 |
Chr02 | NC_080388.1:48542610-48542618promoter 内 992-1000 bp |
- | 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 48537649-48539609(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr04G000080 |
Chr04 | NC_080390.1:718996-719004promoter 内 976-984 bp |
- | 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 722021-725426(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr02G004023 |
Chr02 | NC_080388.1:62522174-62522182promoter 内 928-936 bp |
- | 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 62518392-62519109(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr08G004541 |
Chr08 | NC_080394.1:55003594-55003602promoter 内 908-916 bp |
- | 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 54998214-55000509(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr03G004285 |
Chr03 | NC_080389.1:61264692-61264700promoter 内 876-884 bp |
- | 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 61267817-61269613(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr01G005051 |
Chr01 | NC_080387.1:68458484-68458492promoter 内 868-876 bp |
+ | 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 68451266-68455359(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr04G003472 |
Chr04 | NC_080390.1:51193927-51193935promoter 内 861-869 bp |
+ | 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 51186651-51190795(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr05G001920 |
Chr05 | NC_080391.1:19475189-19475197promoter 内 855-863 bp |
- | 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 19465429-19472051(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr01G002335 |
Chr01 | NC_080387.1:40508656-40508664promoter 内 824-832 bp |
- | 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 40504640-40505487(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr08G001638 |
Chr08 | NC_080394.1:13584831-13584839promoter 内 814-822 bp |
- | 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 13588018-13589874(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr01G004166 |
Chr01 | NC_080387.1:60165272-60165280promoter 内 812-820 bp |
+ | 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 60157280-60162091(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr01G004651 |
Chr01 | NC_080387.1:64634884-64634892promoter 内 812-820 bp |
- | 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 64629285-64631703(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr01G003812 |
Chr01 | NC_080387.1:56497476-56497484promoter 内 808-816 bp |
+ | 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 56492209-56494291(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr07G001883 |
Chr07 | NC_080393.1:16295334-16295342promoter 内 808-816 bp |
- | 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 16289687-16292149(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr06G001889 |
Chr06 | NC_080392.1:22568923-22568931promoter 内 794-802 bp |
+ | 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 22572130-22574536(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr08G004653 |
Chr08 | NC_080394.1:56048580-56048588promoter 内 792-800 bp |
- | 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 56043115-56045379(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr03G002719 |
Chr03 | NC_080389.1:43211136-43211144promoter 内 791-799 bp |
- | 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 43214346-43215872(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr03G003874 |
Chr03 | NC_080389.1:57855173-57855181promoter 内 771-779 bp |
- | 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 57858403-57870769(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr04G002404 |
Chr04 | NC_080390.1:38573492-38573500promoter 内 759-767 bp |
+ | 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 38576734-38627026(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr08G000373 |
Chr08 | NC_080394.1:2568976-2568984promoter 内 745-753 bp |
- | 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 2572232-2572679(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr08G000374 |
Chr08 | NC_080394.1:2591287-2591295promoter 内 743-751 bp |
- | 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 2594545-2595099(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr01G005164 |
Chr01 | NC_080387.1:69418313-69418321promoter 内 739-747 bp |
- | 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 69421575-69426516(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr05G002389 |
Chr05 | NC_080391.1:26388786-26388794promoter 内 728-736 bp |
- | 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 26384489-26385521(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr03G000514 |
Chr03 | NC_080389.1:5526234-5526242promoter 内 682-690 bp |
+ | 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 5529553-5551350(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr03G004573 |
Chr03 | NC_080389.1:63635674-63635682promoter 内 673-681 bp |
+ | 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 63626563-63632354(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr01G001308 |
Chr01 | NC_080387.1:26030224-26030232promoter 内 634-642 bp |
- | 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 26033591-26035663(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr01G004399 |
Chr01 | NC_080387.1:62120094-62120102promoter 内 632-640 bp |
- | 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 62123463-62125691(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr08G002350 |
Chr08 | NC_080394.1:22209507-22209515promoter 内 618-626 bp |
- | 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 22205517-22206132(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
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- | 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 3511678-3513610(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
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+ | 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 57101576-57107456(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr01G003038 |
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- | 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 49376450-49380940(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 35163307-35167469(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGAC |
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- | 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 32758852-32763202(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
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+ | 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 55829196-55833935(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
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+ | 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 63944759-63947719(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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SMil_00021663-RA_Salv |
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TTGTACGAC |
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- | 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 77209857-77211371(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
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Chr03 | NC_080389.1:63151421-63151429promoter 内 533-541 bp |
+ | 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 63145517-63147961(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr02G003424 |
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- | 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 55445472-55451947(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
SmilChr03G001547 |
Chr03 | NC_080389.1:19481444-19481452promoter 内 427-435 bp |
- | 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 19485018-19486593(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTCGTACAA |
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MP00633 |
TTGTACGAC |
SmilChr08G001258 |
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- | 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 9970130-9970203(+) |
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MP00633 |
GTCGTACAA |