转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 136 / 137 下载 TSV

上一页 136 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004476 Chr03 NC_080389.1:62876531-62876539promoter 内 1115-1123 bp + 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62872153-62873653(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr04G002015 Chr04 NC_080390.1:32680259-32680267promoter 内 1099-1107 bp + 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 32676374-32677365(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr07G002069 Chr07 NC_080393.1:18817967-18817975promoter 内 1059-1067 bp + 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18814278-18815033(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr04G004147 Chr04 NC_080390.1:56208622-56208630promoter 内 1041-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56203971-56205670(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr07G002839 Chr07 NC_080393.1:28485771-28485779promoter 内 1040-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28488732-28488838(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr02G002411 Chr02 NC_080388.1:42088041-42088049promoter 内 1017-1025 bp + 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42084993-42085065(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr03G004483 Chr03 NC_080389.1:62954060-62954068promoter 内 995-1003 bp + 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62947592-62951062(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr02G002841 Chr02 NC_080388.1:48542610-48542618promoter 内 992-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48537649-48539609(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr04G000080 Chr04 NC_080390.1:718996-719004promoter 内 976-984 bp - 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 722021-725426(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr02G004023 Chr02 NC_080388.1:62522174-62522182promoter 内 928-936 bp - 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62518392-62519109(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G004541 Chr08 NC_080394.1:55003594-55003602promoter 内 908-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54998214-55000509(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G004285 Chr03 NC_080389.1:61264692-61264700promoter 内 876-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61267817-61269613(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G005051 Chr01 NC_080387.1:68458484-68458492promoter 内 868-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68451266-68455359(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr04G003472 Chr04 NC_080390.1:51193927-51193935promoter 内 861-869 bp + 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51186651-51190795(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr05G001920 Chr05 NC_080391.1:19475189-19475197promoter 内 855-863 bp - 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19465429-19472051(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G002335 Chr01 NC_080387.1:40508656-40508664promoter 内 824-832 bp - 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40504640-40505487(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G001638 Chr08 NC_080394.1:13584831-13584839promoter 内 814-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13588018-13589874(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G004166 Chr01 NC_080387.1:60165272-60165280promoter 内 812-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60157280-60162091(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G004651 Chr01 NC_080387.1:64634884-64634892promoter 内 812-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64629285-64631703(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G003812 Chr01 NC_080387.1:56497476-56497484promoter 内 808-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56492209-56494291(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr07G001883 Chr07 NC_080393.1:16295334-16295342promoter 内 808-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16289687-16292149(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr06G001889 Chr06 NC_080392.1:22568923-22568931promoter 内 794-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22572130-22574536(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G004653 Chr08 NC_080394.1:56048580-56048588promoter 内 792-800 bp - 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56043115-56045379(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G002719 Chr03 NC_080389.1:43211136-43211144promoter 内 791-799 bp - 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43214346-43215872(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr03G003874 Chr03 NC_080389.1:57855173-57855181promoter 内 771-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57858403-57870769(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr04G002404 Chr04 NC_080390.1:38573492-38573500promoter 内 759-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38576734-38627026(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G000373 Chr08 NC_080394.1:2568976-2568984promoter 内 745-753 bp - 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2572232-2572679(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr08G000374 Chr08 NC_080394.1:2591287-2591295promoter 内 743-751 bp - 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2594545-2595099(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G005164 Chr01 NC_080387.1:69418313-69418321promoter 内 739-747 bp - 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69421575-69426516(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr05G002389 Chr05 NC_080391.1:26388786-26388794promoter 内 728-736 bp - 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26384489-26385521(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G000514 Chr03 NC_080389.1:5526234-5526242promoter 内 682-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5529553-5551350(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G004573 Chr03 NC_080389.1:63635674-63635682promoter 内 673-681 bp + 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63626563-63632354(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26030224-26030232promoter 内 634-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26033591-26035663(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G004399 Chr01 NC_080387.1:62120094-62120102promoter 内 632-640 bp - 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62123463-62125691(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr08G002350 Chr08 NC_080394.1:22209507-22209515promoter 内 618-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22205517-22206132(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G000488 Chr08 NC_080394.1:3516994-3517002promoter 内 609-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3511678-3513610(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
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SmilChr08G001258 Chr08 NC_080394.1:9966469-9966477promoter 内 340-348 bp - 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9970130-9970203(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA