靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00018864-RA_Salv |
SmilChr05G004009 |
MYB | XP_057810662.1 |
MP00216 |
AAAAAAGTTAGGTAG |
9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 137 / 147 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G000355 |
Chr04 | NC_080390.1:3416615-3416629promoter 内 953-967 bp |
+ | 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 3410233-3413581(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TTCCCTAACTTTGGA |
SmilChr03G002080 |
Chr03 | NC_080389.1:31933133-31933147promoter 内 928-942 bp |
- | 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 31928439-31930074(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TGTTTGGTTAGGTCA |
SmilChr01G004832 |
Chr01 | NC_080387.1:66452829-66452843promoter 内 927-941 bp |
+ | 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 66455903-66457952(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TCAAAGTTTAGGTAT |
SmilChr04G000083 |
Chr04 | NC_080390.1:737145-737159promoter 内 914-928 bp |
+ | 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 732895-734072(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CTTCCTAACTTTGTA |
SmilChr02G004983 |
Chr02 | NC_080388.1:71708844-71708858promoter 内 823-837 bp |
+ | 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 71712022-71712515(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
GATTAAGTTAGGGAT |
SmilChr02G002487 |
Chr02 | NC_080388.1:43302507-43302521promoter 内 819-833 bp |
+ | 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 43295034-43299339(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CTACCTAAGGTTTTA |
SmilChr02G003928 |
Chr02 | NC_080388.1:61352793-61352807promoter 内 772-786 bp |
+ | 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 61356022-61361913(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
GTGAGAGTTAGGGAT |
SmilChr01G004831 |
Chr01 | NC_080387.1:66452829-66452843promoter 内 740-754 bp |
+ | 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 66440004-66449582(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
ATACCTAAACTTTGA |
SmilChr03G000462 |
Chr03 | NC_080389.1:4941700-4941714promoter 内 710-724 bp |
- | 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 4944991-4950450(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TTACCTAATACTAAT |
SmilChr03G002152 |
Chr03 | NC_080389.1:33467647-33467661promoter 内 688-702 bp |
- | 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 33470960-33473313(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CTACCTAAATGGATC |
SmilChr01G005884 |
Chr01 | NC_080387.1:74764155-74764169promoter 内 678-692 bp |
- | 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 74758092-74760846(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CAAAAAGTTAGGGTT |
SmilChr04G000332 |
Chr04 | NC_080390.1:3061480-3061494promoter 内 660-674 bp |
- | 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 3049829-3058153(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
ATTAAAGTTAGGGGA |
SmilChr04G000084 |
Chr04 | NC_080390.1:742537-742551promoter 内 630-644 bp |
+ | 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 735192-739180(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CTTCCTAACTTTGTA |
SmilChr03G001650 |
Chr03 | NC_080389.1:21428117-21428131promoter 内 605-619 bp |
- | 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 21431513-21432404(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
AGACCTAACACCATG |
SmilChr02G000630 |
Chr02 | NC_080388.1:9514095-9514109promoter 内 522-536 bp |
+ | 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 9504658-9510630(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CTTCCTAACTCCCCC |
SmilChr04G000695 |
Chr04 | NC_080390.1:8132774-8132788promoter 内 506-520 bp |
+ | 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 8127825-8129293(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CTACCTAATACAAAT |
SmilChr02G003819 |
Chr02 | NC_080388.1:59821264-59821278promoter 内 480-494 bp |
- | 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 59816543-59817757(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
ATAAACATTAGGTAT |
SmilChr03G004100 |
Chr03 | NC_080389.1:59882894-59882908promoter 内 425-439 bp |
- | 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 59886470-59902314(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CCCCCTAACTTAATG |
SmilChr03G003731 |
Chr03 | NC_080389.1:56358559-56358573promoter 内 397-411 bp |
+ | 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 56344159-56354969(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CACCCTAACTATTTA |
SmilChr01G000311 |
Chr01 | NC_080387.1:6022969-6022983promoter 内 321-335 bp |
- | 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 6017775-6019303(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CAAAATTTTAGGTAA |
SmilChr01G003322 |
Chr01 | NC_080387.1:51926753-51926767promoter 内 310-324 bp |
+ | 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 51920813-51923076(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TAACCTAACATGAAA |
SmilChr01G005628 |
Chr01 | NC_080387.1:72744094-72744108promoter 内 251-265 bp |
- | 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 72738344-72740358(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
AGTCTGTTTAGGTAG |
SmilChr01G003210 |
Chr01 | NC_080387.1:50878101-50878115promoter 内 209-223 bp |
- | 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 50871331-50874323(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TAGATTATTAGGTAA |
SmilChr01G001894 |
Chr01 | NC_080387.1:34053154-34053168promoter 内 192-206 bp |
- | 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.5/ 100 | 1 | 34056963-34060942(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
GTACCTAAATTAGAT |
SmilChr03G002966 |
Chr03 | NC_080389.1:46408584-46408598promoter 内 3886-3900 bp |
+ | 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 46399994-46408483(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
GGACCTAACAGATCT |
SmilChr01G004112 |
Chr01 | NC_080387.1:59636477-59636491promoter 内 3468-3482 bp |
- | 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 59633189-59635958(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
GGCAAGTTTAGGTAT |
SmilChr01G000828 |
Chr01 | NC_080387.1:17832146-17832160promoter 内 3353-3367 bp |
+ | 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 17832794-17833947(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
GCACAAGTTAGGAGA |
SmilChr01G001652 |
Chr01 | NC_080387.1:30588162-30588176promoter 内 3194-3208 bp |
+ | 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 30584215-30587369(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
CTACCTACCTCCATT |
SmilChr03G004373 |
Chr03 | NC_080389.1:61934009-61934023promoter 内 2731-2745 bp |
+ | 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 61935279-61939607(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
AATGGAGGTAGGTAG |
SmilChr01G001690 |
Chr01 | NC_080387.1:31120384-31120398promoter 内 2606-2620 bp |
- | 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 31115878-31119003(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TACTTTGTTAGGTGC |
SmilChr04G001369 |
Chr04 | NC_080390.1:22225441-22225455promoter 内 2419-2433 bp |
+ | 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 22227023-22232900(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
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- | 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 60759102-60760281(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
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Chr04 | NC_080390.1:11109333-11109347promoter 内 2005-2019 bp |
- | 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 11111329-11115198(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
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- | 2614 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 9040993-9046566(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TTTAGTGTTAGGTCC |
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- | 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 2 | 73903939-73906440(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
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- | 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 73557362-73558285(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
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- | 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 76338295-76339200(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
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- | 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 76372233-76373349(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
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SMil_00018864-RA_Salv |
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- | 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 76519410-76520333(+) |
SMil_00018864-RA_Salv |
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SMil_00018864-RA_Salv |
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+ | 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 76923983-76924875(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
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+ | 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 1418005-1419270(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TTACCTAAATCCTTA |
SmilChr03G000147 |
Chr03 | NC_080389.1:1615440-1615454promoter 内 3917-3931 bp |
+ | 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 1614522-1615370(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
TTACCTAAATCCTTA |
SmilChr03G003067 |
Chr03 | NC_080389.1:47637182-47637196promoter 内 3907-3921 bp |
+ | 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 47636658-47637102(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
GTACCTAAGCCCAGC |
SmilChr01G004136 |
Chr01 | NC_080387.1:59876389-59876403promoter 内 3882-3896 bp |
- | 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 59875231-59876284(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
AAATAAGTTAGGGTC |
SmilChr04G001548 |
Chr04 | NC_080390.1:25581568-25581582promoter 内 3869-3883 bp |
- | 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 25578979-25581450(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
MP00216 |
ATTGAAGTTAGGGAC |
SmilChr03G004218 |
Chr03 | NC_080389.1:60762166-60762180promoter 内 3865-3879 bp |
- | 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 60758887-60762044(-) |
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TCTGGCGTTAGGTGG |
SmilChr01G005423 |
Chr01 | NC_080387.1:71418614-71418628promoter 内 3809-3823 bp |
- | 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 71415456-71418436(-) |
SMil_00018864-RA_Salv |
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TTTTTAATTAGGTAA |
SmilChr01G002741 |
Chr01 | NC_080387.1:45714152-45714166promoter 内 3795-3809 bp |
+ | 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.4/ 100 | 1 | 45714358-45719100(+) |
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