转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 138 / 138 下载 TSV

上一页 138 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000722 Chr07 NC_080393.1:5028492-5028506promoter 内 619-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5023494-5025124(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTGTAATACCGTTG
SmilChr05G004140 Chr05 NC_080391.1:55366119-55366133promoter 内 592-606 bp + 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55369528-55369854(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AACGGACAACCGTTG
SmilChr05G002724 Chr05 NC_080391.1:31349157-31349171promoter 内 561-575 bp - 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31339663-31345731(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGCCAAAACCGTTG
SmilChr03G000003 Chr03 NC_080389.1:51395-51409promoter 内 530-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46777-47938(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTCTGACCGTAG
SmilChr05G001577 Chr05 NC_080391.1:14437430-14437444promoter 内 529-543 bp - 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14440902-14444376(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTTGCCTT
SmilChr08G001111 Chr08 NC_080394.1:8625235-8625249promoter 内 526-540 bp + 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8617860-8621774(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATGAAGCG
SmilChr03G003561 Chr03 NC_080389.1:54263381-54263395promoter 内 520-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54255753-54259914(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAGTGAGA
SmilChr08G003476 Chr08 NC_080394.1:37372680-37372694promoter 内 499-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37376182-37382991(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTACGGTCAGAAAAC
SmilChr05G000662 Chr05 NC_080391.1:5014474-5014488promoter 内 467-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5009800-5010954(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTACGGTCAGAAAAC
SmilChr03G002078 Chr03 NC_080389.1:31893929-31893943promoter 内 436-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31897494-31903418(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTACGGTCAGAAAAC
SmilChr07G004741 Chr07 NC_080393.1:60269597-60269611promoter 内 352-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60260287-60265962(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTGCAAA
SmilChr08G001903 Chr08 NC_080394.1:16528653-16528667promoter 内 343-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16522278-16525009(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTTTATGACCGCTG
SmilChr08G001307 Chr08 NC_080394.1:10422110-10422124promoter 内 318-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10425793-10430905(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGCTATGACCGTTT
SmilChr04G001339 Chr04 NC_080390.1:21651697-21651711promoter 内 308-322 bp + 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21655390-21657354(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCCGGGCGACCGTTG
SmilChr08G000404 Chr08 NC_080394.1:2841766-2841780promoter 内 308-322 bp - 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2835984-2838087(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATGTGACCGTAT
SmilChr02G001418 Chr02 NC_080388.1:26805985-26805999promoter 内 222-236 bp - 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26809764-26810826(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTACGGTCAGAAAAC
SmilChr02G001020 Chr02 NC_080388.1:18007579-18007593promoter 内 166-180 bp + 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18002854-18003758(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAGCGGTCATTTTGG
SmilChr08G002986 Chr08 NC_080394.1:29984288-29984302promoter 内 68-82 bp + 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29978743-29980369(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTACGGTCAGATAAA
SmilChr01G001135 Chr01 NC_080387.1:23134034-23134048promoter 内 6-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23125739-23130053(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGACCACC
SmilChr02G004416 Chr02 NC_080388.1:66505005-66505019promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 66500323-66504938(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAACAGAT
SmilChr07G003615 Chr07 NC_080393.1:42526797-42526811promoter 内 3712-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 42527086-42528188(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTACAGA
SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75736062-75736076promoter 内 3710-3724 bp - 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCATCGACT
SmilChr03G001731 Chr03 NC_080389.1:23264038-23264052promoter 内 3657-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23261323-23263708(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTTCCAA
SmilChr05G002333 Chr05 NC_080391.1:25228562-25228576promoter 内 3602-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 25228961-25230122(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGATGAAGACCGTTT
SmilChr02G005602 Chr02 NC_080388.1:75736062-75736076promoter 内 3369-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 75732133-75735444(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGTCGATGACCGTTT
SmilChr06G001587 Chr06 NC_080392.1:17364098-17364112promoter 内 3349-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 17364750-17369808(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGCTGGGC
SmilChr07G004153 Chr07 NC_080393.1:53390398-53390412promoter 内 3301-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 53388582-53389712(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTCCGATA
SmilChr07G004416 Chr07 NC_080393.1:56762071-56762085promoter 内 2925-2939 bp - 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 56757941-56761009(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGGAACTACCGTTG
SmilChr04G001369 Chr04 NC_080390.1:22225769-22225783promoter 内 2747-2761 bp - 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 22227023-22232900(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTGGCAG
SmilChr06G000150 Chr06 NC_080392.1:1053901-1053915promoter 内 2414-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 1049420-1052328(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTACAGA
SmilChr07G003630 Chr07 NC_080393.1:42881399-42881413promoter 内 2340-2354 bp + 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 42883060-42890052(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCTGTAAAACCGTTG
SmilChr05G000935 Chr05 NC_080391.1:7498522-7498536promoter 内 2297-2311 bp - 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7495422-7496832(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTCCCATTACCGTTG
SmilChr01G002759 Chr01 NC_080387.1:45932842-45932856promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 45924199-45931106(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAGCGGTCATCTTTG
SmilChr08G004668 Chr08 NC_080394.1:56196113-56196127promoter 内 2158-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 56187649-56194284(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGTCCATATTTG
SmilChr04G004055 Chr04 NC_080390.1:55715413-55715427promoter 内 2015-2029 bp + 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55707735-55713441(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGGGCAGA
SmilChr05G000795 Chr05 NC_080391.1:6238067-6238081promoter 内 1949-1963 bp + 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 6228809-6236029(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGCACGCA
SmilChr02G003347 Chr02 NC_080388.1:54680123-54680137promoter 内 1873-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54682251-54684804(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCGCGTGGACCGTTG
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SmilChr06G000753 Chr06 NC_080392.1:6986056-6986070promoter 内 450-464 bp + 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 6980550-6982519(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGGTGGAT
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SmilChr04G003801 Chr04 NC_080390.1:54179601-54179615promoter 内 306-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54183296-54185539(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTACCTGT
SmilChr05G001013 Chr05 NC_080391.1:8312007-8312021promoter 内 226-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 8305596-8308246(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTGCCATT