转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 138 / 153 下载 TSV

上一页 138 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000535 Chr05 NC_080391.1:4100888-4100898promoter 内 2681-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 4097265-4099578(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr02G005319 Chr02 NC_080388.1:74065929-74065939promoter 内 2476-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 74067454-74069023(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr01G004168 Chr01 NC_080387.1:60179984-60179994promoter 内 1123-1133 bp + 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 60182862-60184442(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr03G003740 Chr03 NC_080389.1:56455720-56455730promoter 内 876-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 56458845-56460661(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr01G001892 Chr01 NC_080387.1:34037299-34037309promoter 内 737-747 bp - 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 34040563-34041389(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr04G000258 Chr04 NC_080390.1:2375004-2375014promoter 内 439-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 2365289-2371452(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr05G001491 Chr05 NC_080391.1:13680446-13680456promoter 内 3989-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13680458-13683035(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr03G003704 Chr03 NC_080389.1:55987664-55987674promoter 内 3926-3936 bp + 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55984765-55987599(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr01G005047 Chr01 NC_080387.1:68404843-68404853promoter 内 3910-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 68401320-68404762(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr02G005501 Chr02 NC_080388.1:75149641-75149651promoter 内 3896-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75149746-75154104(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr01G002753 Chr01 NC_080387.1:45850320-45850330promoter 内 3791-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45847328-45850120(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr02G003407 Chr02 NC_080388.1:55241846-55241856promoter 内 3784-3794 bp + 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55242063-55244988(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr01G004194 Chr01 NC_080387.1:60402071-60402081promoter 内 3710-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60402362-60408120(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr05G001069 Chr05 NC_080391.1:8824164-8824174promoter 内 3637-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8824528-8827292(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr05G002486 Chr05 NC_080391.1:27529793-27529803promoter 内 3568-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27530226-27535460(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr03G001075 Chr03 NC_080389.1:12459320-12459330promoter 内 3475-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12459846-12461298(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr01G004486 Chr01 NC_080387.1:62991547-62991557promoter 内 3467-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62987204-62991023(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr03G001594 Chr03 NC_080389.1:20210553-20210563promoter 内 3452-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20211102-20212200(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr05G003136 Chr05 NC_080391.1:39968049-39968059promoter 内 3417-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39968633-39969074(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr03G000913 Chr03 NC_080389.1:10455995-10456005promoter 内 3390-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10456606-10459868(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr05G002245 Chr05 NC_080391.1:24122735-24122745promoter 内 3371-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24119845-24122115(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr02G002539 Chr02 NC_080388.1:44206367-44206377promoter 内 3351-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44197445-44205727(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr05G001650 Chr05 NC_080391.1:15498295-15498305promoter 内 3341-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15497196-15497645(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr04G003682 Chr04 NC_080390.1:53257290-53257300promoter 内 3283-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53258008-53259503(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr04G001337 Chr04 NC_080390.1:21591385-21591395promoter 内 3256-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21588943-21590650(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr01G001294 Chr01 NC_080387.1:25765878-25765888promoter 内 3009-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25766870-25771005(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr04G001841 Chr04 NC_080390.1:29944644-29944654promoter 内 2974-2984 bp + 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29945671-29949750(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr04G000797 Chr04 NC_080390.1:9850747-9850757promoter 内 2926-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9846531-9849682(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr03G003163 Chr03 NC_080389.1:49014214-49014224promoter 内 2849-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49012268-49013072(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70961822-70961832promoter 内 2786-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70959676-70960617(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr04G003874 Chr04 NC_080390.1:54624923-54624933promoter 内 2740-2750 bp - 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54626184-54626269(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr02G002694 Chr02 NC_080388.1:46672310-46672320promoter 内 2718-2728 bp + 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46673593-46680047(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
SmilChr02G004538 Chr02 NC_080388.1:67956331-67956341promoter 内 2701-2711 bp - 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 67957631-67960798(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr04G001734 Chr04 NC_080390.1:28578103-28578113promoter 内 2598-2608 bp + 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28573260-28576710(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTAGTACAAT
SmilChr01G005621 Chr01 NC_080387.1:72702354-72702364promoter 内 2591-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72703764-72706336(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAA
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