转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 138 / 149 下载 TSV

上一页 138 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000760 Chr05 NC_080391.1:5890222-5890232promoter 内 626-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 5893597-5894649(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGTA
SmilChr06G002776 Chr06 NC_080392.1:40453402-40453412promoter 内 605-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 40448748-40450016(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr04G001931 Chr04 NC_080390.1:31406277-31406287promoter 内 309-319 bp - 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 31409969-31411453(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGTA
SmilChr02G004010 Chr02 NC_080388.1:62418865-62418875promoter 内 49-59 bp + 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 62422817-62427184(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr05G001940 Chr05 NC_080391.1:19761620-19761630promoter 内 3888-3898 bp + 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19758001-19761517(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAG
SmilChr03G003840 Chr03 NC_080389.1:57533622-57533632promoter 内 3859-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57533764-57536082(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GACCGCTGTCA
SmilChr06G002401 Chr06 NC_080392.1:34776364-34776374promoter 内 3831-3841 bp + 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34775449-34776204(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATA
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10224775-10224785promoter 内 3780-3790 bp + 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10222400-10224564(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAG
SmilChr07G000622 Chr07 NC_080393.1:4209142-4209152promoter 内 3710-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4209433-4209628(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr04G000789 Chr04 NC_080390.1:9715803-9715813promoter 内 3689-3699 bp - 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9708781-9715501(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAC
SmilChr02G002279 Chr02 NC_080388.1:40281472-40281482promoter 内 3688-3698 bp - 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40280312-40281169(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GACCGCTGTCA
SmilChr06G002276 Chr06 NC_080392.1:32627875-32627885promoter 内 3646-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 32626451-32627530(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr07G002710 Chr07 NC_080393.1:26531922-26531932promoter 内 3552-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26532371-26538924(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCT
SmilChr01G000504 Chr01 NC_080387.1:10215293-10215303promoter 内 3542-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10212918-10214844(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAG
SmilChr07G000588 Chr07 NC_080393.1:4015461-4015471promoter 内 3450-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4016012-4017238(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr06G000477 Chr06 NC_080392.1:3876990-3877000promoter 内 3390-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3877601-3878315(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAG
SmilChr03G002693 Chr03 NC_080389.1:42897544-42897554promoter 内 3354-3364 bp + 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42898191-42899268(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr07G001082 Chr07 NC_080393.1:7927928-7927938promoter 内 3280-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7928649-7930748(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAC
SmilChr04G001238 Chr04 NC_080390.1:19412406-19412416promoter 内 3274-3284 bp - 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19410757-19411689(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr01G001466 Chr01 NC_080387.1:28452269-28452279promoter 内 3261-3271 bp - 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28453009-28456605(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATA
SmilChr05G000724 Chr05 NC_080391.1:5532259-5532269promoter 内 3233-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5533027-5534328(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAG
SmilChr06G003213 Chr06 NC_080392.1:44928130-44928140promoter 内 3178-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44925439-44927317(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr01G006149 Chr01 NC_080387.1:76959070-76959080promoter 内 3158-3168 bp - 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76959913-76962545(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATA
SmilChr01G001009 Chr01 NC_080387.1:21219483-21219493promoter 内 3123-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21220361-21223520(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr03G004204 Chr03 NC_080389.1:60650437-60650447promoter 内 3116-3126 bp - 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60643505-60649562(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCT
SmilChr07G002439 Chr07 NC_080393.1:22826148-22826158promoter 内 3018-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22821423-22825175(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTC
SmilChr01G003059 Chr01 NC_080387.1:49482447-49482457promoter 内 2975-2985 bp + 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49483473-49487851(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCT
SmilChr07G000123 Chr07 NC_080393.1:707937-707947promoter 内 2929-2939 bp - 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 704005-706875(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCT
SmilChr06G001251 Chr06 NC_080392.1:13005241-13005251promoter 内 2927-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13002075-13004177(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr05G000102 Chr05 NC_080391.1:624771-624781promoter 内 2903-2913 bp - 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 625869-629048(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr07G001761 Chr07 NC_080393.1:14912964-14912974promoter 内 2889-2899 bp + 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14910093-14911862(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr03G000793 Chr03 NC_080389.1:9015128-9015138promoter 内 2864-2874 bp + 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9016265-9021580(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr04G001092 Chr04 NC_080390.1:15620856-15620866promoter 内 2812-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15622045-15622702(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr01G004762 Chr01 NC_080387.1:65800011-65800021promoter 内 2750-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 65797080-65798770(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr05G000725 Chr05 NC_080391.1:5541925-5541935promoter 内 2738-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5543188-5544128(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAG
SmilChr06G003204 Chr06 NC_080392.1:44878812-44878822promoter 内 2732-2742 bp + 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44876099-44877553(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr02G003251 Chr02 NC_080388.1:53810412-53810422promoter 内 2701-2711 bp - 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53804462-53809122(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr06G003198 Chr06 NC_080392.1:44850865-44850875promoter 内 2665-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44848626-44849539(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAC
SmilChr01G005619 Chr01 NC_080387.1:72682552-72682562promoter 内 2638-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72683915-72688856(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAC
SmilChr07G001024 Chr07 NC_080393.1:7442171-7442181promoter 内 2630-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7443542-7445967(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr04G000762 Chr04 NC_080390.1:9301546-9301556promoter 内 2549-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9302998-9308636(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCT
SmilChr03G000791 Chr03 NC_080389.1:9015128-9015138promoter 内 2524-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9008587-9013661(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr01G000327 Chr01 NC_080387.1:6618802-6618812promoter 内 2332-2342 bp - 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6620471-6623501(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr01G000506 Chr01 NC_080387.1:10224775-10224785promoter 内 2327-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10226449-10227917(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAC
SmilChr05G001286 Chr05 NC_080391.1:11001571-11001581promoter 内 2200-2210 bp + 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11003372-11005941(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr04G000921 Chr04 NC_080390.1:12014459-12014469promoter 内 2183-2193 bp + 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12009710-12012651(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATA
SmilChr07G000840 Chr07 NC_080393.1:5978955-5978965promoter 内 2163-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5980793-5985184(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr05G003367 Chr05 NC_080391.1:44498561-44498571promoter 内 2115-2125 bp - 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44493274-44496685(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr06G001333 Chr06 NC_080392.1:13863245-13863255promoter 内 2090-2100 bp + 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13865156-13866996(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAC
SmilChr07G002955 Chr07 NC_080393.1:30020211-30020221promoter 内 2039-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30017000-30018259(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAC