转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 141 / 147 下载 TSV

上一页 141 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G000151 Chr03 NC_080389.1:1635360-1635373promoter 内 3813-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1635548-1637076(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGAAAAGTCAATAA
SmilChr02G003431 Chr02 NC_080388.1:55546260-55546273promoter 内 3810-3823 bp + 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55544934-55546082(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTCAAAGTCAAAAC
SmilChr03G000674 Chr03 NC_080389.1:7542446-7542459promoter 内 3809-3822 bp - 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7540437-7542267(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTAACG
SmilChr02G005391 Chr02 NC_080388.1:74529628-74529641promoter 内 3808-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74529821-74531940(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAAAAGTCAAACT
SmilChr03G001080 Chr03 NC_080389.1:12502380-12502393promoter 内 3796-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12498885-12502188(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGAAAAGTCAATAA
SmilChr03G001081 Chr03 NC_080389.1:12508410-12508423promoter 内 3796-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12504915-12508218(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGAAAAGTCAATAA
SmilChr03G002069 Chr03 NC_080389.1:31587512-31587525promoter 内 3792-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31587721-31590478(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACCTTGACTTTTGG
SmilChr02G000731 Chr02 NC_080388.1:11860117-11860130promoter 内 3756-3769 bp + 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11860362-11863701(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTAACG
SmilChr01G002568 Chr01 NC_080387.1:43781980-43781993promoter 内 3721-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43781518-43781713(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTAAAAGTCAAGGG
SmilChr01G003330 Chr01 NC_080387.1:51987866-51987879promoter 内 3719-3732 bp + 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51985038-51987597(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAAAAGTCAATAC
SmilChr02G004970 Chr02 NC_080388.1:71597211-71597224promoter 内 3711-3724 bp + 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71595479-71596934(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AACAAAGTCAATAC
SmilChr02G001481 Chr02 NC_080388.1:27721030-27721043promoter 内 3707-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27717288-27720749(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCTAAGTCAACTT
SmilChr02G002738 Chr02 NC_080388.1:47315247-47315260promoter 内 3692-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47313509-47314951(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATTAAAGTCAAACC
SmilChr01G002562 Chr01 NC_080387.1:43748911-43748924promoter 内 3662-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43749250-43751433(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTCTAGTCAACAA
SmilChr02G001426 Chr02 NC_080388.1:26937010-26937023promoter 内 3524-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26933246-26936546(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCTAAGTCAACTT
SmilChr03G001304 Chr03 NC_080389.1:15278318-15278331promoter 内 3452-3465 bp + 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15271009-15277782(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGCAAGTCAAAGG
SmilChr04G000264 Chr04 NC_080390.1:2402766-2402779promoter 内 3428-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2403339-2403971(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATAAAAGTCAAACT
SmilChr02G004770 Chr02 NC_080388.1:69875816-69875829promoter 内 3383-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69876434-69879104(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTTCACA
SmilChr01G004728 Chr01 NC_080387.1:65462003-65462016promoter 内 3347-3360 bp + 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 65459020-65461362(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGGCAGTCAACAG
SmilChr02G000469 Chr02 NC_080388.1:6344185-6344198promoter 内 3340-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6341401-6343537(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTTTTGACTTTGAG
SmilChr03G002499 Chr03 NC_080389.1:39811352-39811365promoter 内 3338-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39808289-39810702(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTCAAAGTCAAAAC
SmilChr01G001964 Chr01 NC_080387.1:34972044-34972057promoter 内 3241-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34969412-34971297(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CATTTGACTTTTAT
SmilChr03G001488 Chr03 NC_080389.1:17950973-17950986promoter 内 3178-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17948018-17950163(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTCACAT
SmilChr02G003912 Chr02 NC_080388.1:61214501-61214514promoter 内 3170-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61206599-61213683(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGTTTGACTTTTGA
SmilChr04G000168 Chr04 NC_080390.1:1502442-1502455promoter 内 3129-3142 bp + 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1503314-1505191(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TATTTGACTTTTTA
SmilChr03G003053 Chr03 NC_080389.1:47418255-47418268promoter 内 3124-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47413081-47417391(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGTCTAGTCAACAA
SmilChr01G005683 Chr01 NC_080387.1:73097866-73097879promoter 内 3115-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73096556-73096993(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGACGAGTCAACAG
SmilChr01G001980 Chr01 NC_080387.1:35199782-35199795promoter 内 3105-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35197190-35198899(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CATTTGACTTTTAT
SmilChr01G000520 Chr01 NC_080387.1:10622787-10622800promoter 内 3099-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10623689-10623775(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCATTGACTTCATT
SmilChr01G000179 Chr01 NC_080387.1:2941929-2941942promoter 内 3012-3025 bp - 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2940477-2940953(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTAAAAC
SmilChr02G004401 Chr02 NC_080388.1:66351330-66351343promoter 内 2996-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66348931-66350338(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAAATA
SmilChr03G003587 Chr03 NC_080389.1:54500046-54500059promoter 内 2984-2997 bp - 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54501063-54503556(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGTGAAGTCAACAT
SmilChr03G003173 Chr03 NC_080389.1:49117782-49117795promoter 内 2960-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49111047-49116754(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGTTTGACTTTACA
SmilChr01G002286 Chr01 NC_080387.1:39668683-39668696promoter 内 2954-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39664252-39667649(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAAAAGTCAAACT
SmilChr04G002364 Chr04 NC_080390.1:38125068-38125081promoter 内 2876-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38126193-38127457(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAGCAGTCAACAA
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