转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB SmilChr02G003833.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 145 / 160 下载 TSV

上一页 145 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr05G001788 Chr05 NC_080391.1:17600106-17600116promoter 内 150-160 bp + 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 17603957-17607323(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGGC
SmilChr01G005964 Chr01 NC_080387.1:75369265-75369275promoter 内 118-128 bp - 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75363350-75365392(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGGC
SmilChr06G001166 Chr06 NC_080392.1:11881939-11881949promoter 内 87-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 11885853-11890169(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGGC
SmilChr04G000343 Chr04 NC_080390.1:3152120-3152130promoter 内 26-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3146931-3148155(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCCTACGGTTG
SmilChr02G002104 Chr02 NC_080388.1:37720989-37720999promoter 内 21-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37724969-37727465(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCCTACGGTTG
SmilChr07G002087 Chr07 NC_080393.1:18987819-18987829promoter 内 12-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 18978924-18983840(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCCTACGGTTG
SmilChr06G002152 Chr06 NC_080392.1:29263185-29263195promoter 内 1521-1531 bp + 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 29265665-29268740(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAAGC
SmilChr01G000585 Chr01 NC_080387.1:12631435-12631445promoter 内 968-978 bp - 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 12625330-12628412(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAAGC
SmilChr06G001246 Chr06 NC_080392.1:12914456-12914466promoter 内 2878-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 12915579-12917067(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCTTACGGTTT
SmilChr04G003796 Chr04 NC_080390.1:54137502-54137512promoter 内 1855-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54139648-54144161(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAAGC
SmilChr01G002213 Chr01 NC_080387.1:38486793-38486803promoter 内 1817-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 38481612-38484619(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCCAACGGTTA
SmilChr01G002230 Chr01 NC_080387.1:38796248-38796258promoter 内 1817-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 38791046-38794074(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCCAACGGTTA
SmilChr03G004355 Chr03 NC_080389.1:61770630-61770640promoter 内 1665-1675 bp + 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61772966-61776806(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAAGC
SmilChr03G004356 Chr03 NC_080389.1:61770630-61770640promoter 内 1634-1644 bp + 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61772997-61773938(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAAGC
SmilChr01G002232 Chr01 NC_080387.1:38796248-38796258promoter 内 1244-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 38799005-38801879(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTGGC
SmilChr06G001117 Chr06 NC_080392.1:11237450-11237460promoter 内 1129-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11240322-11243031(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCCAACGGTTA
SmilChr01G002216 Chr01 NC_080387.1:38486793-38486803promoter 内 1088-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 38489706-38492423(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTGGC
SmilChr06G001132 Chr06 NC_080392.1:11360923-11360933promoter 内 1082-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11363842-11366486(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCCAACGGTTA
SmilChr05G001932 Chr05 NC_080391.1:19647121-19647131promoter 内 953-963 bp - 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19650169-19651224(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCTTACGGTTT
SmilChr07G004273 Chr07 NC_080393.1:55170125-55170135promoter 内 839-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55173287-55174136(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCCAACGGTTA
SmilChr07G001296 Chr07 NC_080393.1:9958767-9958777promoter 内 772-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 9950842-9955548(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCCAACGGTTA
SmilChr06G002261 Chr06 NC_080392.1:32067212-32067222promoter 内 314-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 32070899-32073382(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCTTACGGTTT
SmilChr05G003878 Chr05 NC_080391.1:52362912-52362922promoter 内 98-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 52366815-52368698(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAAGC
SmilChr04G000139 Chr04 NC_080390.1:1189857-1189867promoter 内 3863-3873 bp + 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1188095-1189729(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGGTACGGTTT
SmilChr05G002770 Chr05 NC_080391.1:32218033-32218043promoter 内 3423-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 32218611-32219856(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGGTACGGTTT
SmilChr04G003184 Chr04 NC_080390.1:48549275-48549285promoter 内 3373-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 48548265-48548657(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTACCA
SmilChr01G001352 Chr01 NC_080387.1:26799581-26799591promoter 内 3009-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 26794181-26798599(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTACCA
SmilChr06G002666 Chr06 NC_080392.1:38576889-38576899promoter 内 2890-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38578000-38580035(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGGTACGGTTT
SmilChr04G003861 Chr04 NC_080390.1:54556056-54556066promoter 内 2883-2893 bp - 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54548808-54554948(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTACCA
SmilChr04G000393 Chr04 NC_080390.1:4009072-4009082promoter 内 2800-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4010273-4015739(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGGTACGGTTT
SmilChr05G000793 Chr05 NC_080391.1:6222879-6222889promoter 内 2661-2671 bp - 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6219107-6221549(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTACCA
SmilChr03G003944 Chr03 NC_080389.1:58518078-58518088promoter 内 2590-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 58507257-58516677(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTACCA
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18315579-18315589promoter 内 2230-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 18312378-18313818(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTACCA
SmilChr07G004214 Chr07 NC_080393.1:54324065-54324075promoter 内 1856-1866 bp - 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54326210-54328973(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGGTACGGTTT
SmilChr03G004504 Chr03 NC_080389.1:63155215-63155225promoter 内 1852-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 63150076-63153076(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGGTACGGTTT
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