转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 16 / 135 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002162 Chr01 NC_080387.1:37628458-37628472promoter 内 2792-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 37629667-37631655(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACTATCTTATCCTT
SmilChr01G004147 Chr01 NC_080387.1:59994932-59994946promoter 内 2786-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 59990548-59993731(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAATATT
SmilChr02G001206 Chr02 NC_080388.1:22232748-22232762promoter 内 2175-2189 bp - 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 22234574-22237833(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATAAGGTTTGA
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52508589-52508603promoter 内 2060-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 52505069-52506662(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCGGACCTTATCCGC
SmilChr02G004237 Chr02 NC_080388.1:64550748-64550762promoter 内 1973-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 64552776-64556602(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACATCCTTATCTTA
SmilChr01G001201 Chr01 NC_080387.1:24211727-24211741promoter 内 1597-1611 bp + 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 24214131-24217214(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGCACCTTATCCTT
SmilChr02G003698 Chr02 NC_080388.1:58440125-58440139promoter 内 1561-1575 bp + 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 58442565-58448672(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTTTCTTATCCAC
SmilChr02G005444 Chr02 NC_080388.1:74815275-74815289promoter 内 1354-1368 bp + 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 74817922-74820746(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTTCTTATCCTA
SmilChr03G001356 Chr03 NC_080389.1:15931564-15931578promoter 内 926-940 bp + 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 15927053-15928503(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGAAGAAA
SmilChr03G002467 Chr03 NC_080389.1:39149176-39149190promoter 内 715-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 39144403-39145904(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCATCCTTATCCCT
SmilChr02G001835 Chr02 NC_080388.1:33442966-33442980promoter 内 568-582 bp + 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 33436143-33439547(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATAAGGAAAAG
SmilChr01G002153 Chr01 NC_080387.1:37534015-37534029promoter 内 526-540 bp - 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 37529358-37530554(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCTAT
SmilChr01G005345 Chr01 NC_080387.1:70680858-70680872promoter 内 96-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 70672390-70676967(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACAATCTTATCCGC
SmilChr01G005292 Chr01 NC_080387.1:70247867-70247881promoter 内 18-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 70251850-70252761(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGATAAGGTTGGT
SmilChr02G005298 Chr02 NC_080388.1:73947627-73947641promoter 内 3976-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 73945387-73947616(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAACCTTATCTTT
SmilChr01G002355 Chr01 NC_080387.1:40738627-40738641promoter 内 3800-3814 bp + 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40738828-40740898(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGCTTCCTTATCCGC
SmilChr02G004990 Chr02 NC_080388.1:71775014-71775028promoter 内 3751-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 71767723-71774778(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGTTTAT
SmilChr01G005717 Chr01 NC_080387.1:73369736-73369750promoter 内 3705-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 73368484-73369454(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTATTCTTATCCAT
SmilChr02G000507 Chr02 NC_080388.1:6976786-6976800promoter 内 3656-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 6975700-6976455(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAATCCTTATCTGC
SmilChr02G002508 Chr02 NC_080388.1:43559541-43559555promoter 内 3623-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43559919-43564748(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTTTCTTATCCAC
SmilChr02G002505 Chr02 NC_080388.1:43538775-43538789promoter 内 3581-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43539195-43543984(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTTTCTTATCCAC
SmilChr03G002723 Chr03 NC_080389.1:43236969-43236983promoter 内 3491-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43237479-43237874(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCATTCTTATCCTA
SmilChr01G004755 Chr01 NC_080387.1:65753177-65753191promoter 内 3485-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 65753693-65755291(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCACCTTATCTTT
SmilChr03G000066 Chr03 NC_080389.1:735584-735598promoter 内 3441-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 734422-735038(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGAGAGA
SmilChr02G001462 Chr02 NC_080388.1:27322134-27322148promoter 内 3390-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 27322745-27323768(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCAACCTTATCATT
SmilChr01G000611 Chr01 NC_080387.1:13503160-13503174promoter 内 3363-3377 bp - 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 13499187-13502536(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATTTTCTTATCCTC
SmilChr03G000583 Chr03 NC_080389.1:6501678-6501692promoter 内 3225-3239 bp + 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 6500139-6500916(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGAAATTG
SmilChr02G005569 Chr02 NC_080388.1:75590198-75590212promoter 内 3220-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 75584703-75589431(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATCTTATCCAC
SmilChr02G002337 Chr02 NC_080388.1:41069252-41069266promoter 内 3056-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 41070197-41071776(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCATTCTTATCCTA
SmilChr03G000048 Chr03 NC_080389.1:501839-501853promoter 内 3005-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 502835-504501(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGTACAC
SmilChr02G002659 Chr02 NC_080388.1:46021299-46021313promoter 内 2777-2791 bp + 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 46018745-46020089(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAATAGT
SmilChr02G001986 Chr02 NC_080388.1:35819876-35819890promoter 内 2689-2703 bp - 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 35818472-35818578(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATTTTCTTATCCTC
SmilChr02G000195 Chr02 NC_080388.1:2457767-2457781promoter 内 2406-2420 bp + 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 2454735-2456186(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAATTTG
SmilChr03G001104 Chr03 NC_080389.1:12719713-12719727promoter 内 2399-2413 bp - 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12721315-12723204(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGTGTTT
SmilChr01G003077 Chr01 NC_080387.1:49610748-49610762promoter 内 2256-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 49605095-49609017(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAATTTG
SmilChr02G001985 Chr02 NC_080388.1:35819876-35819890promoter 内 2199-2213 bp - 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 35807037-35818088(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATTTTCTTATCCTC
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