转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 17 / 141 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003538 Chr08 NC_080394.1:38035312-38035326promoter 内 96-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 38030295-38031421(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACCACCGACAGAT
SmilChr01G004781 Chr01 NC_080387.1:65999000-65999014promoter 内 980-994 bp + 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 66002021-66005290(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCGTCGGTGACGC
SmilChr03G000698 Chr03 NC_080389.1:7805228-7805242promoter 内 674-688 bp - 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 7787199-7801915(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCTGTCGGTGGCTA
SmilChr05G000493 Chr05 NC_080391.1:3850815-3850829promoter 内 3614-3628 bp + 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 3851202-3851645(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTAGAGT
SmilChr05G001554 Chr05 NC_080391.1:14270853-14270867promoter 内 3310-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 14264408-14270176(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATCGTCGGTGGATG
SmilChr03G003765 Chr03 NC_080389.1:56789235-56789249promoter 内 3004-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 56790232-56794537(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTTGTCGGTGGCCT
SmilChr04G003280 Chr04 NC_080390.1:49472515-49472529promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 49473533-49475517(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGCGGTGC
SmilChr05G003613 Chr05 NC_080391.1:48225379-48225393promoter 内 2705-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 48226675-48229866(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCCGCCGACAACG
SmilChr02G003151 Chr02 NC_080388.1:52540469-52540483promoter 内 2633-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 52541837-52543643(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTACCACCGACGCAT
SmilChr03G003763 Chr03 NC_080389.1:56789235-56789249promoter 内 1277-1291 bp + 2710 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 56781456-56786525(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCCACCGACAAAA
SmilChr05G001555 Chr05 NC_080391.1:14270853-14270867promoter 内 1028-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 14273826-14279752(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATCCACCGACGATG
SmilChr05G001628 Chr05 NC_080391.1:15208310-15208324promoter 内 388-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 15211923-15213264(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAGCACCGACAAAT
SmilChr05G001629 Chr05 NC_080391.1:15208310-15208324promoter 内 386-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 15211925-15213264(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAGCACCGACAAAT
SmilChr08G001316 Chr08 NC_080394.1:10517876-10517890promoter 内 383-397 bp + 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 10521494-10524582(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCGTCGGTGACGC
SmilChr08G003077 Chr08 NC_080394.1:30983916-30983930promoter 内 375-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 30975282-30980304(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGCCACCGACGGGG
SmilChr04G003278 Chr04 NC_080390.1:49472515-49472529promoter 内 3390-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 49467144-49471918(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACCGCCGACAAAT
SmilChr01G000353 Chr01 NC_080387.1:7325651-7325665promoter 内 3295-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7326357-7332629(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCCACCGACAGAT
SmilChr03G000872 Chr03 NC_080389.1:9908070-9908084promoter 内 3223-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9908848-9909798(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCTGTCGGTGGCTA
SmilChr02G004154 Chr02 NC_080388.1:63848514-63848528promoter 内 3065-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 63849450-63852102(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCCACCGACAGAT
SmilChr06G002691 Chr06 NC_080392.1:38829167-38829181promoter 内 3059-3073 bp + 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 38830109-38831029(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCGTCGGTGGCTA
SmilChr07G004697 Chr07 NC_080393.1:59887748-59887762promoter 内 3050-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 59888699-59890174(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGACGTCGGTGGCGC
SmilChr06G000806 Chr06 NC_080392.1:7569107-7569121promoter 内 3029-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7565957-7568149(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCCACCGACAGAT
SmilChr02G001575 Chr02 NC_080388.1:29254337-29254351promoter 内 2911-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29251984-29253261(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTCCCACCGACGCCC
SmilChr08G002261 Chr08 NC_080394.1:20875058-20875072promoter 内 2905-2919 bp + 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 20876154-20877303(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATTGTCGGTGAAGA
SmilChr01G004817 Chr01 NC_080387.1:66350040-66350054promoter 内 2693-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 66345812-66348746(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCGTCGGTGATGG
SmilChr02G001009 Chr02 NC_080388.1:17844119-17844133promoter 内 2574-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 17841831-17842706(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCTGTCGGTGGCTA
SmilChr01G001032 Chr01 NC_080387.1:21478637-21478651promoter 内 2558-2572 bp - 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 21476350-21477208(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCTGTCGGTGGCTA
SmilChr01G001387 Chr01 NC_080387.1:27278708-27278722promoter 内 2458-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 27272328-27277179(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGCCACCGACAATC
SmilChr08G002025 Chr08 NC_080394.1:18072358-18072372promoter 内 2454-2468 bp + 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 18069140-18070825(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCATCACCGACAAAA
SmilChr07G000294 Chr07 NC_080393.1:1908628-1908642promoter 内 2426-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 1910203-1911193(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGCCACCGACGCCC
SmilChr02G000561 Chr02 NC_080388.1:7898163-7898177promoter 内 2320-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7893948-7896496(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCTGTCGGTGGCTA
SmilChr02G005570 Chr02 NC_080388.1:75599060-75599074promoter 内 2106-2120 bp + 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 75592284-75597179(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACCACCGACATCC
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38130377-38130391promoter 内 2039-2053 bp + 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 38126882-38128429(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCCACCGACAGAT
SmilChr06G001647 Chr06 NC_080392.1:18676954-18676968promoter 内 1884-1898 bp - 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 18667422-18674851(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACGTCGGTGGTGT
SmilChr02G005260 Chr02 NC_080388.1:73684655-73684669promoter 内 1801-1815 bp + 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 73686855-73688340(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAATGTCGGTGGCTC
SmilChr02G000683 Chr02 NC_080388.1:10784027-10784041promoter 内 1745-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 10780977-10781785(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCCGTCGGTGACGG
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