转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 17 / 123 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001657 Chr02 NC_080388.1:30762489-30762503promoter 内 2671-2685 bp - 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 30763819-30765136(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGATGTC
SmilChr01G001387 Chr01 NC_080387.1:27278706-27278720promoter 内 2460-2474 bp + 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 27272328-27277179(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAATCAT
SmilChr05G000263 Chr05 NC_080391.1:2009081-2009095promoter 内 2330-2344 bp - 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2004175-2007424(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCCTTGTCGGCGGC
SmilChr01G002918 Chr01 NC_080387.1:47906407-47906421promoter 内 2304-2318 bp - 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47901901-47904724(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCTTTGTCGGTGAT
SmilChr05G000302 Chr05 NC_080391.1:2300591-2300605promoter 内 2288-2302 bp + 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2302304-2309671(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGTCGTCGGTGGT
SmilChr05G000265 Chr05 NC_080391.1:2009081-2009095promoter 内 1798-1812 bp - 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2011284-2013186(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAAGGCC
SmilChr06G000180 Chr06 NC_080392.1:1261962-1261976promoter 内 1731-1745 bp + 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1257697-1259706(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAACTTC
SmilChr07G000770 Chr07 NC_080393.1:5388938-5388952promoter 内 1693-1707 bp - 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5385674-5386644(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCTGCTGTCGGTGGT
SmilChr02G004026 Chr02 NC_080388.1:62542467-62542481promoter 内 1611-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 62536394-62540091(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCAGTGTCGGTGCT
SmilChr07G002349 Chr07 NC_080393.1:21817279-21817293promoter 内 1370-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21813473-21814662(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCAGTGTCGGTGAA
SmilChr05G000852 Chr05 NC_080391.1:6718949-6718963promoter 内 1355-1369 bp + 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6721595-6724390(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTTTGTCGGTGAT
SmilChr01G005286 Chr01 NC_080387.1:70216434-70216448promoter 内 1150-1164 bp + 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 70219285-70220126(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGTCGTCGGTGGG
SmilChr08G002814 Chr08 NC_080394.1:27991911-27991925promoter 内 1002-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 27985766-27988926(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGCCGAG
SmilChr08G002817 Chr08 NC_080394.1:27991911-27991925promoter 内 748-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 27995164-27997666(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCGGCGTCGGTGGC
SmilChr04G001522 Chr04 NC_080390.1:25137944-25137958promoter 内 680-694 bp - 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 25133386-25134637(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGTCGTCGGTGGT
SmilChr01G005268 Chr01 NC_080387.1:70121046-70121060promoter 内 580-594 bp + 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 70124467-70125279(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGTCGTCGGTGGG
SmilChr06G001939 Chr06 NC_080392.1:23756696-23756710promoter 内 533-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 23749703-23753242(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACTTTTGTCGGTGGA
SmilChr07G003311 Chr07 NC_080393.1:35143433-35143447promoter 内 989-1003 bp - 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 6 35146445-35153528(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACAAAGAT
SmilChr02G002008 Chr02 NC_080388.1:36223528-36223542promoter 内 2885-2899 bp - 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 36216486-36222426(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTAGTTGTCGGCGGC
SmilChr07G002639 Chr07 NC_080393.1:25516054-25516068promoter 内 2705-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 25517350-25518243(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGTTGTCGGCGGC
SmilChr05G002940 Chr05 NC_080391.1:35449172-35449186promoter 内 1563-1577 bp + 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 35451610-35454831(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGGGTGGCGGTGGT
SmilChr05G003555 Chr05 NC_080391.1:47460672-47460686promoter 内 3595-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 47456353-47460280(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTATTGTCGGCGGC
SmilChr02G003119 Chr02 NC_080388.1:52212532-52212546promoter 内 3457-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 52210869-52212002(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACAAATTT
SmilChr03G001509 Chr03 NC_080389.1:18508368-18508382promoter 内 3279-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 18509090-18509806(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGATTCGTCGGTGGC
SmilChr01G001349 Chr01 NC_080387.1:26766270-26766284promoter 内 3259-3273 bp + 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 26756632-26765542(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACAGAGGG
SmilChr06G002799 Chr06 NC_080392.1:40681367-40681381promoter 内 3226-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 40682142-40689564(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAACAAC
SmilChr06G002797 Chr06 NC_080392.1:40672179-40672193promoter 内 3057-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 40669882-40671249(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGTTGTCGGCGGC
SmilChr06G002798 Chr06 NC_080392.1:40681367-40681381promoter 内 3050-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 40679069-40680430(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGTTGTCGGCGGC
SmilChr06G002547 Chr06 NC_080392.1:36577541-36577555promoter 内 2964-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 36578578-36579775(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGTTGTCGGCGGC
SmilChr06G002548 Chr06 NC_080392.1:36586675-36586689promoter 内 2962-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 36587714-36588911(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGTTGTCGGCGGC
SmilChr05G003553 Chr05 NC_080391.1:47433966-47433980promoter 内 2561-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 47435406-47436224(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAATAGC
SmilChr06G001256 Chr06 NC_080392.1:13070082-13070096promoter 内 1840-1854 bp + 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 13067243-13067935(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACAGCATG
SmilChr08G003062 Chr08 NC_080394.1:30767325-30767339promoter 内 1327-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 30769999-30772942(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCCCC
SmilChr08G001512 Chr08 NC_080394.1:12273580-12273594promoter 内 1225-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 12276356-12277775(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACGGCGTCGGTGAC
SmilChr05G003675 Chr05 NC_080391.1:49726448-49726462promoter 内 129-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 49730320-49731644(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATGTC
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