转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 17 / 149 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000418 Chr02 NC_080388.1:5311788-5311798promoter 内 1594-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 5314195-5315689(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTCA
SmilChr01G002369 Chr01 NC_080387.1:40887876-40887886promoter 内 1469-1479 bp + 2522 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 40882399-40885354(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr02G004884 Chr02 NC_080388.1:70925221-70925231promoter 内 1410-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 70927812-70928715(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr03G004021 Chr03 NC_080389.1:59194901-59194911promoter 内 1402-1412 bp - 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 59189135-59192312(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACAAGCTGTCA
SmilChr03G002230 Chr03 NC_080389.1:35211735-35211745promoter 内 1358-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35208085-35209102(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGGCT
SmilChr04G002661 Chr04 NC_080390.1:42014830-42014840promoter 内 1356-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 42017475-42021643(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGAG
SmilChr01G006032 Chr01 NC_080387.1:75851365-75851375promoter 内 1275-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 75854091-75856855(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTCA
SmilChr03G004023 Chr03 NC_080389.1:59194901-59194911promoter 内 1174-1184 bp - 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 59197728-59199496(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr03G004715 Chr03 NC_080389.1:64392643-64392653promoter 内 996-1006 bp - 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 64395648-64397776(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGAG
SmilChr03G000720 Chr03 NC_080389.1:8058623-8058633promoter 内 973-983 bp - 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 8061651-8063327(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGAG
SmilChr07G002367 Chr07 NC_080393.1:21984610-21984620promoter 内 910-920 bp - 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 21987701-21993685(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr07G001205 Chr07 NC_080393.1:9188715-9188725promoter 内 902-912 bp + 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9183400-9185626(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGAG
SmilChr04G001611 Chr04 NC_080390.1:26804109-26804119promoter 内 875-885 bp - 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 26799365-26800993(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTCA
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58602993-58603003promoter 内 818-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 58606176-58610147(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTCA
SmilChr03G002848 Chr03 NC_080389.1:45043512-45043522promoter 内 732-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 45038210-45040253(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr01G002043 Chr01 NC_080387.1:36128636-36128646promoter 内 705-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 36131932-36134712(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr04G003834 Chr04 NC_080390.1:54383627-54383637promoter 内 705-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 54386923-54390307(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr02G005041 Chr02 NC_080388.1:72134043-72134053promoter 内 585-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 72137459-72141439(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGCCAGCTGGT
SmilChr02G000422 Chr02 NC_080388.1:5415540-5415550promoter 内 459-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 5410858-5412008(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTCA
SmilChr03G001830 Chr03 NC_080389.1:25072696-25072706promoter 内 433-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 25064286-25069138(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGAG
SmilChr03G003156 Chr03 NC_080389.1:48909087-48909097promoter 内 317-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 48912771-48915615(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr05G003664 Chr05 NC_080391.1:49444037-49444047promoter 内 176-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 49437745-49440222(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr03G004540 Chr03 NC_080389.1:63413129-63413139promoter 内 165-175 bp - 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 63416965-63422451(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTTGT
SmilChr01G003809 Chr01 NC_080387.1:56467222-56467232promoter 内 42-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56461262-56463273(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACAAGCTGTCA
SmilChr02G001716 Chr02 NC_080388.1:31607668-31607678promoter 内 1059-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 31598685-31604736(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCGT
SmilChr02G001169 Chr02 NC_080388.1:21445025-21445035promoter 内 3349-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 21445677-21452087(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCGT
SmilChr03G003270 Chr03 NC_080389.1:50647991-50648001promoter 内 2761-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 50645629-50646761(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCGT
SmilChr02G003303 Chr02 NC_080388.1:54304897-54304907promoter 内 2715-2725 bp - 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 54300201-54303621(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACGAGCTGTCA
SmilChr02G004017 Chr02 NC_080388.1:62468987-62468997promoter 内 1467-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 62458265-62466463(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCGT
SmilChr06G002659 Chr06 NC_080392.1:38437783-38437793promoter 内 1125-1135 bp - 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 38432970-38434917(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACGAGCTGTCA
SmilChr04G001819 Chr04 NC_080390.1:29686206-29686216promoter 内 614-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 29689593-29692495(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACGAGCTGTCA
SmilChr03G002971 Chr03 NC_080389.1:46503284-46503294promoter 内 321-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 46506964-46507737(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACGAGCTGTCA
SmilChr02G003304 Chr02 NC_080388.1:54304897-54304907promoter 内 258-268 bp - 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 54308640-54311391(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCGT
SmilChr04G001427 Chr04 NC_080390.1:23224908-23224918promoter 内 3926-3936 bp + 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 4 23224983-23227458(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCAGGCTGTCA
SmilChr04G001426 Chr04 NC_080390.1:23224908-23224918promoter 内 1588-1598 bp + 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 4 23219970-23222505(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTGC
SmilChr06G002070 Chr06 NC_080392.1:27312444-27312454promoter 内 1206-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 4 27315239-27318545(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCGTT
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SmilChr05G002769 Chr05 NC_080391.1:32143927-32143937promoter 内 2144-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 32136306-32142080(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCG
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SmilChr05G003123 Chr05 NC_080391.1:39878964-39878974promoter 内 942-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 39882023-39883008(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCAGGCTGTCA
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