转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 18 / 134 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004888 Chr01 NC_080387.1:66936505-66936517promoter 内 3833-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 66934731-66936349(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTTCT
SmilChr02G001497 Chr02 NC_080388.1:27903671-27903683promoter 内 3820-3832 bp - 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 27902189-27903502(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTTCT
SmilChr03G001206 Chr03 NC_080389.1:13915538-13915550promoter 内 3816-3828 bp - 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 13915723-13917553(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAAAGTCAATG
SmilChr02G003668 Chr02 NC_080388.1:58072387-58072399promoter 内 3714-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 58067179-58072112(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTTTT
SmilChr02G005113 Chr02 NC_080388.1:72637110-72637122promoter 内 3640-3652 bp - 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72637471-72639560(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAAAGTCAAAT
SmilChr01G001183 Chr01 NC_080387.1:23896357-23896369promoter 内 3429-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 23890170-23895797(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTTTT
SmilChr01G000194 Chr01 NC_080387.1:3354366-3354378promoter 内 3237-3249 bp - 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3351514-3353614(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTTTT
SmilChr01G004801 Chr01 NC_080387.1:66227940-66227952promoter 内 2991-3003 bp - 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 66228950-66232834(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAAAGTCAAAT
SmilChr01G002168 Chr01 NC_080387.1:37766236-37766248promoter 内 2856-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 37763587-37765103(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AACAAAGTCAAAG
SmilChr01G002430 Chr01 NC_080387.1:41844175-41844187promoter 内 2719-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 41837718-41842905(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAAAGTCAAAT
SmilChr01G002360 Chr01 NC_080387.1:40771866-40771878promoter 内 2482-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 40764308-40770359(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCAAAAGTCAACT
SmilChr02G001496 Chr02 NC_080388.1:27903671-27903683promoter 内 2458-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 27900496-27902140(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTTCT
SmilChr01G004150 Chr01 NC_080387.1:60036263-60036275promoter 内 2336-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 60028237-60034610(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGTTGACTTTCTT
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38947570-38947582promoter 内 2258-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 38949313-38953240(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTTGTT
SmilChr01G003256 Chr01 NC_080387.1:51267678-51267690promoter 内 2132-2144 bp + 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 51262243-51265821(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAAAGTCAATG
SmilChr01G001833 Chr01 NC_080387.1:33285220-33285232promoter 内 2128-2140 bp - 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 33278872-33283359(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTTCT
SmilChr02G004190 Chr02 NC_080388.1:64225660-64225672promoter 内 2110-2122 bp - 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 64220433-64223781(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTTTGG
SmilChr02G004183 Chr02 NC_080388.1:64152785-64152797promoter 内 2001-2013 bp + 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 64148736-64150797(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAAAGTCAAAT
SmilChr02G000299 Chr02 NC_080388.1:3769327-3769339promoter 内 1912-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3771416-3774441(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AACAAAGTCAAAG
SmilChr01G003257 Chr01 NC_080387.1:51267678-51267690promoter 内 1509-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 51270170-51273124(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTTTTT
SmilChr01G001685 Chr01 NC_080387.1:31084210-31084222promoter 内 1467-1479 bp - 2522 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 31080667-31081688(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTTTT
SmilChr02G003405 Chr02 NC_080388.1:55229340-55229352promoter 内 1379-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 55223116-55226730(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAAAAGTCAAAA
SmilChr02G000249 Chr02 NC_080388.1:3219549-3219561promoter 内 1285-1297 bp + 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3211379-3216845(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAAAAGTCAAAA
SmilChr01G003132 Chr01 NC_080387.1:50147389-50147401promoter 内 1036-1048 bp + 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 50141513-50144436(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAAAGTCAAAT
SmilChr01G000095 Chr01 NC_080387.1:1699266-1699278promoter 内 932-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1694350-1696209(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTTCT
SmilChr01G004810 Chr01 NC_080387.1:66303766-66303778promoter 内 864-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 66306903-66311350(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTTTT
SmilChr01G003189 Chr01 NC_080387.1:50642461-50642473promoter 内 858-870 bp - 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 50638009-50639330(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTTGTT
SmilChr01G000096 Chr01 NC_080387.1:1699266-1699278promoter 内 738-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1702529-1704456(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAAAAGTCAAAA
SmilChr01G001465 Chr01 NC_080387.1:28455491-28455503promoter 内 701-713 bp + 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 28450022-28452203(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAAAGTCAAAT
SmilChr01G000085 Chr01 NC_080387.1:1594730-1594742promoter 内 644-656 bp - 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1598087-1599924(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAAAAGTCAAAA
SmilChr03G000668 Chr03 NC_080389.1:7475539-7475551promoter 内 17-29 bp + 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 7479523-7482210(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTTCT
SmilChr01G003305 Chr01 NC_080387.1:51740893-51740905promoter 内 3037-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 51733164-51739941(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTTTTGG
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39142833-39142845promoter 内 1000-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 39136070-39139844(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGAAAAGTCAAAC
SmilChr02G002043 Chr02 NC_080388.1:36816219-36816231promoter 内 456-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 36811218-36812686(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTTTTGG
SmilChr03G001255 Chr03 NC_080389.1:14481954-14481966promoter 内 2267-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 14483688-14485015(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTTTAC
SmilChr03G001431 Chr03 NC_080389.1:16982376-16982388promoter 内 1069-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 16973184-16979456(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTTTAC
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