转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 2 / 126 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000065 Chr04 NC_080390.1:587652-587666promoter 内 2447-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 589206-590540(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGACCCCT
SmilChr08G000253 Chr08 NC_080394.1:1766310-1766324promoter 内 2032-2046 bp - 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 1760672-1764355(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTGGAGACGTGGCA
SmilChr06G001394 Chr06 NC_080392.1:14581853-14581867promoter 内 1873-1887 bp - 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 14583981-14587757(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGCCCCA
SmilChr08G001918 Chr08 NC_080394.1:16715161-16715175promoter 内 809-823 bp + 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 16705200-16711983(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTGCACC
SmilChr08G000255 Chr08 NC_080394.1:1766310-1766324promoter 内 114-128 bp - 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 1770197-1770816(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCTCCAGT
SmilChr05G002788 Chr05 NC_080391.1:32585170-32585184promoter 内 1634-1648 bp + 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 32587537-32597710(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAGGGTCACGTGGCG
SmilChr07G000702 Chr07 NC_080393.1:4840068-4840082promoter 内 3913-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 4836701-4839994(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTCCACA
SmilChr08G001200 Chr08 NC_080394.1:9687199-9687213promoter 内 1794-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 9689406-9693683(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGTGGAGACGTGGCG
SmilChr08G002138 Chr08 NC_080394.1:19254893-19254907promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 19251668-19254807(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTCCACA
SmilChr08G001922 Chr08 NC_080394.1:16740245-16740259promoter 内 3950-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 16736856-16740208(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCACCCCC
SmilChr06G000823 Chr06 NC_080392.1:7746824-7746838promoter 内 3892-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 7746933-7748974(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGTGGACACGTGGCC
SmilChr01G002275 Chr01 NC_080387.1:39520651-39520665promoter 内 2311-2325 bp + 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 39522341-39524619(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGGGGTGACGTGGCG
SmilChr01G004852 Chr01 NC_080387.1:66683870-66683884promoter 内 3795-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 66682128-66683678(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCACCACT
SmilChr02G005437 Chr02 NC_080388.1:74783388-74783402promoter 内 3497-3511 bp - 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 74777892-74782898(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CAAGGACACGTGGCA
SmilChr05G000020 Chr05 NC_080391.1:82865-82879promoter 内 2703-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 84163-84805(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATGGTGACGTGGCG
SmilChr04G003965 Chr04 NC_080390.1:55141759-55141773promoter 内 2595-2609 bp - 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 55138128-55140367(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATGCACACGTGGCA
SmilChr04G003964 Chr04 NC_080390.1:55141759-55141773promoter 内 2073-2087 bp - 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 55131980-55139845(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATGCACACGTGGCA
SmilChr02G005439 Chr02 NC_080388.1:74783388-74783402promoter 内 1216-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 74786173-74789076(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCCTTG
SmilChr08G003534 Chr08 NC_080394.1:37975244-37975258promoter 内 1172-1186 bp - 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 37971773-37972429(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGGGTGACGTGGCA
SmilChr02G001839 Chr02 NC_080388.1:33529420-33529434promoter 内 1156-1170 bp + 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 33521896-33526589(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCTCCCAA
SmilChr05G000021 Chr05 NC_080391.1:82865-82879promoter 内 1033-1047 bp + 2954 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 85833-89026(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATGGTGACGTGGCG
SmilChr04G002904 Chr04 NC_080390.1:45303326-45303340promoter 内 765-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 45306562-45311443(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCCTTG
SmilChr04G000107 Chr04 NC_080390.1:947838-947852promoter 内 3164-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 9 948675-952430(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTTCATC
SmilChr06G001679 Chr06 NC_080392.1:19065365-19065379promoter 内 3589-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 19063937-19064967(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGCCCTC
SmilChr06G001680 Chr06 NC_080392.1:19065365-19065379promoter 内 1249-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 4 19068117-19073100(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAGGGCCACGTGGCG
SmilChr05G000257 Chr05 NC_080391.1:1975989-1976003promoter 内 3295-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 1971415-1975297(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCGGACACGTGGCA
SmilChr08G003567 Chr08 NC_080394.1:38441282-38441296promoter 内 3165-3179 bp - 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 38437792-38440460(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGGGGACACGTGTCA
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52508502-52508516promoter 内 2147-2161 bp + 1840 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 52505069-52506662(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCACCCGT
SmilChr01G003382 Chr01 NC_080387.1:52508502-52508516promoter 内 262-276 bp + 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 52512241-52516320(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACGGGTGACGTGGCA
SmilChr03G002474 Chr03 NC_080389.1:39200947-39200961promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 39195515-39200886(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTCCCAC
SmilChr07G003926 Chr07 NC_080393.1:49565148-49565162promoter 内 3804-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 49558884-49564965(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATGGACACGTGTCA
SmilChr03G004041 Chr03 NC_080389.1:59414424-59414438promoter 内 1306-1320 bp + 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 59417119-59419256(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCAGGACACGTGGCA
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14723742-14723756promoter 内 1043-1057 bp + 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 14726700-14727998(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAAGGCCACGTGGCG
SmilChr01G003527 Chr01 NC_080387.1:53907185-53907199promoter 内 529-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 53910657-53912621(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATGAACACGTGGCA
SmilChr08G002495 Chr08 NC_080394.1:23923974-23923988promoter 内 191-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 23919279-23920178(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTTCATC
SmilChr08G002280 Chr08 NC_080394.1:21207577-21207591promoter 内 3933-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 21207645-21209397(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAAGGCGACGTGGCA
SmilChr01G002712 Chr01 NC_080387.1:45368131-45368145promoter 内 3921-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 45368211-45371658(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCAATC
SmilChr06G003182 Chr06 NC_080392.1:44734947-44734961promoter 内 1549-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 44737399-44741846(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGGGAACACGTGGCA
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SmilChr05G002492 Chr05 NC_080391.1:27605862-27605876promoter 内 58-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 27597530-27601933(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAGGGTCACGTGGCG
SmilChr01G004726 Chr01 NC_080387.1:65439605-65439619promoter 内 3812-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 6 65438511-65439430(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAGGTGACGTGGCA
SmilChr03G002305 Chr03 NC_080389.1:36280935-36280949promoter 内 3451-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 36281485-36284227(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCACCTCG
SmilChr06G000980 Chr06 NC_080392.1:9562759-9562773promoter 内 3955-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 9561641-9562727(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAGGTGACGTGGCA
SmilChr02G004124 Chr02 NC_080388.1:63501101-63501115promoter 内 3887-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 63501215-63502134(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAGGTGACGTGGCA
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SmilChr08G003725 Chr08 NC_080394.1:41972255-41972269promoter 内 3699-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 41972557-41977123(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCACCTCG
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SmilChr08G001359 Chr08 NC_080394.1:10876656-10876670promoter 内 3580-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 10877077-10878488(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGCCGAC
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SmilChr08G001364 Chr08 NC_080394.1:10888689-10888703promoter 内 2694-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 10885175-10887396(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTCGGCCACGTGGCA