靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016473-RA_Salv |
SmilChr03G001606 |
WRKY | XP_057802772.1 |
MP00539 |
TCGTTGACTTTTTT |
9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 20 / 147 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G005625 |
Chr01 | NC_080387.1:72726533-72726546promoter 内 2556-2569 bp |
- | 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 72723566-72725101(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTT |
SmilChr04G002017 |
Chr04 | NC_080390.1:32723167-32723180promoter 内 2555-2568 bp |
- | 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 32717587-32721734(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCGTTGACTATAAC |
SmilChr01G002280 |
Chr01 | NC_080387.1:39596788-39596801promoter 内 2500-2513 bp |
- | 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 39592366-39595300(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTT |
SmilChr03G004678 |
Chr03 | NC_080389.1:64224503-64224516promoter 内 2487-2500 bp |
- | 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 64219089-64223002(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTT |
SmilChr02G005333 |
Chr02 | NC_080388.1:74155931-74155944promoter 内 2452-2465 bp |
+ | 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 74157480-74162524(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTT |
SmilChr01G005643 |
Chr01 | NC_080387.1:72856211-72856224promoter 内 2415-2428 bp |
- | 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 72852191-72854638(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GCGTTGACCTCCCC |
SmilChr04G002624 |
Chr04 | NC_080390.1:41638254-41638267promoter 内 2413-2426 bp |
+ | 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 41639842-41642949(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTT |
SmilChr02G004033 |
Chr02 | NC_080388.1:62626185-62626198promoter 内 2357-2370 bp |
+ | 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 62627829-62630397(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GCGTTGACCTCCCT |
SmilChr04G002668 |
Chr04 | NC_080390.1:42063468-42063481promoter 内 2348-2361 bp |
+ | 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 42065121-42068251(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTT |
SmilChr03G002198 |
Chr03 | NC_080389.1:34590739-34590752promoter 内 2318-2331 bp |
- | 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 34588198-34589069(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCGTTGACTTAATA |
SmilChr04G001628 |
Chr04 | NC_080390.1:27036209-27036222promoter 内 2290-2303 bp |
+ | 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 27037920-27040165(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TAGTTGACTTTTTT |
SmilChr01G005642 |
Chr01 | NC_080387.1:72852060-72852073promoter 内 2246-2259 bp |
+ | 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 72849507-72850318(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GGGGAGGTCAACGC |
SmilChr01G002295 |
Chr01 | NC_080387.1:39776915-39776928promoter 内 2202-2215 bp |
+ | 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 39778714-39782298(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTC |
SmilChr01G005096 |
Chr01 | NC_080387.1:68791603-68791616promoter 内 2189-2202 bp |
- | 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 68793415-68797220(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
AAAAAAGTCAAAGA |
SmilChr02G005427 |
Chr02 | NC_080388.1:74722366-74722379promoter 内 2188-2201 bp |
+ | 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 74724179-74724652(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
ACGTTGACCTATCT |
SmilChr02G002299 |
Chr02 | NC_080388.1:40579014-40579027promoter 内 2182-2195 bp |
+ | 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 40580833-40588306(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTT |
SmilChr03G001698 |
Chr03 | NC_080389.1:22519920-22519933promoter 内 2006-2019 bp |
+ | 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 22521915-22522502(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GCGTTGACCTCCCC |
SmilChr03G001696 |
Chr03 | NC_080389.1:22519920-22519933promoter 内 2000-2013 bp |
+ | 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 22514800-22517932(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GGGGAGGTCAACGC |
SmilChr01G003878 |
Chr01 | NC_080387.1:57110862-57110875promoter 内 1952-1965 bp |
+ | 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 57107397-57108826(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
AAAAAAGTCAAAGA |
SmilChr03G001340 |
Chr03 | NC_080389.1:15648768-15648781promoter 内 1945-1958 bp |
- | 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 15644639-15646725(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TAGTTGACTTTTTT |
SmilChr02G002433 |
Chr02 | NC_080388.1:42370769-42370782promoter 内 1921-1934 bp |
- | 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 42372849-42373669(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GGCTAAGTCAACGT |
SmilChr02G004781 |
Chr02 | NC_080388.1:70008864-70008877promoter 内 1899-1912 bp |
- | 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 69999839-70006775(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCGTTGACTTGCTA |
SmilChr01G000222 |
Chr01 | NC_080387.1:3929412-3929425promoter 内 1893-1906 bp |
- | 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 3924057-3927317(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GCGTTGACCTCGGC |
SmilChr02G002538 |
Chr02 | NC_080388.1:44157774-44157787promoter 内 1868-1881 bp |
- | 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 44159907-44165662(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GAAAAAGTCAAAGA |
SmilChr01G003756 |
Chr01 | NC_080387.1:55959141-55959154promoter 内 1856-1869 bp |
+ | 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 55961286-55993711(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTT |
SmilChr02G002611 |
Chr02 | NC_080388.1:45306132-45306145promoter 内 1832-1845 bp |
- | 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 45302269-45303976(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCTTTGACTTTTTT |
SmilChr02G002913 |
Chr02 | NC_080388.1:49435794-49435807promoter 内 1821-1834 bp |
+ | 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 49428195-49433627(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
AAAAAAGTCAAAGA |
SmilChr02G005221 |
Chr02 | NC_080388.1:73424733-73424746promoter 内 1821-1834 bp |
+ | 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 73426913-73431663(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
CCTTTGACTTTTGT |
SmilChr01G002417 |
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+ | 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 20984314-20991633(+) |
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