转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 20 / 147 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005625 Chr01 NC_080387.1:72726533-72726546promoter 内 2556-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 72723566-72725101(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr04G002017 Chr04 NC_080390.1:32723167-32723180promoter 内 2555-2568 bp - 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 32717587-32721734(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTATAAC
SmilChr01G002280 Chr01 NC_080387.1:39596788-39596801promoter 内 2500-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 39592366-39595300(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr03G004678 Chr03 NC_080389.1:64224503-64224516promoter 内 2487-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 64219089-64223002(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr02G005333 Chr02 NC_080388.1:74155931-74155944promoter 内 2452-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 74157480-74162524(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr01G005643 Chr01 NC_080387.1:72856211-72856224promoter 内 2415-2428 bp - 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 72852191-72854638(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCTCCCC
SmilChr04G002624 Chr04 NC_080390.1:41638254-41638267promoter 内 2413-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 41639842-41642949(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr02G004033 Chr02 NC_080388.1:62626185-62626198promoter 内 2357-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62627829-62630397(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCTCCCT
SmilChr04G002668 Chr04 NC_080390.1:42063468-42063481promoter 内 2348-2361 bp + 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42065121-42068251(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr03G002198 Chr03 NC_080389.1:34590739-34590752promoter 内 2318-2331 bp - 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 34588198-34589069(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTAATA
SmilChr04G001628 Chr04 NC_080390.1:27036209-27036222promoter 内 2290-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27037920-27040165(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTTTTT
SmilChr01G005642 Chr01 NC_080387.1:72852060-72852073promoter 内 2246-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 72849507-72850318(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGGAGGTCAACGC
SmilChr01G002295 Chr01 NC_080387.1:39776915-39776928promoter 内 2202-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 39778714-39782298(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTC
SmilChr01G005096 Chr01 NC_080387.1:68791603-68791616promoter 内 2189-2202 bp - 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 68793415-68797220(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G005427 Chr02 NC_080388.1:74722366-74722379promoter 内 2188-2201 bp + 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 74724179-74724652(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCTATCT
SmilChr02G002299 Chr02 NC_080388.1:40579014-40579027promoter 内 2182-2195 bp + 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40580833-40588306(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr03G001698 Chr03 NC_080389.1:22519920-22519933promoter 内 2006-2019 bp + 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 22521915-22522502(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCTCCCC
SmilChr03G001696 Chr03 NC_080389.1:22519920-22519933promoter 内 2000-2013 bp + 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 22514800-22517932(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGGAGGTCAACGC
SmilChr01G003878 Chr01 NC_080387.1:57110862-57110875promoter 内 1952-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 57107397-57108826(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAGA
SmilChr03G001340 Chr03 NC_080389.1:15648768-15648781promoter 内 1945-1958 bp - 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 15644639-15646725(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTTTTT
SmilChr02G002433 Chr02 NC_080388.1:42370769-42370782promoter 内 1921-1934 bp - 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42372849-42373669(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGCTAAGTCAACGT
SmilChr02G004781 Chr02 NC_080388.1:70008864-70008877promoter 内 1899-1912 bp - 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 69999839-70006775(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTGCTA
SmilChr01G000222 Chr01 NC_080387.1:3929412-3929425promoter 内 1893-1906 bp - 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3924057-3927317(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCTCGGC
SmilChr02G002538 Chr02 NC_080388.1:44157774-44157787promoter 内 1868-1881 bp - 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44159907-44165662(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G003756 Chr01 NC_080387.1:55959141-55959154promoter 内 1856-1869 bp + 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55961286-55993711(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr02G002611 Chr02 NC_080388.1:45306132-45306145promoter 内 1832-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 45302269-45303976(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr02G002913 Chr02 NC_080388.1:49435794-49435807promoter 内 1821-1834 bp + 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 49428195-49433627(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G005221 Chr02 NC_080388.1:73424733-73424746promoter 内 1821-1834 bp + 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 73426913-73431663(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTTTGACTTTTGT
SmilChr01G002417 Chr01 NC_080387.1:41587381-41587394promoter 内 1765-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 41561379-41585158(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAGA
SmilChr04G001313 Chr04 NC_080390.1:20981929-20981942promoter 内 1616-1629 bp + 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 20984314-20991633(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCTGCGC
SmilChr01G003678 Chr01 NC_080387.1:55192214-55192227promoter 内 1613-1626 bp + 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55194602-55196007(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTTTTT
SmilChr02G000305 Chr02 NC_080388.1:3845254-3845267promoter 内 1542-1555 bp - 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3847713-3851771(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAGAGTCAACGT
SmilChr04G000550 Chr04 NC_080390.1:6143710-6143723promoter 内 1422-1435 bp + 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 6146289-6149338(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCTCCCC
SmilChr01G005156 Chr01 NC_080387.1:69335212-69335225promoter 内 1336-1349 bp - 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 69327137-69332560(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTT
SmilChr04G002016 Chr04 NC_080390.1:32682681-32682694promoter 内 1318-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 32677657-32680011(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGGAGGTCAACGC
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