转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 20 / 138 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005095 Chr01 NC_080387.1:68794475-68794485promoter 内 185-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 68790592-68790669(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACAAT
SmilChr01G005625 Chr01 NC_080387.1:72725277-72725287promoter 内 3815-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 72723566-72725101(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr02G004198 Chr02 NC_080388.1:64306811-64306821promoter 内 3766-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 64307046-64308875(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACAAT
SmilChr02G000330 Chr02 NC_080388.1:4204454-4204464promoter 内 3741-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 4204714-4205148(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACGCT
SmilChr02G000333 Chr02 NC_080388.1:4212442-4212452promoter 内 3741-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 4212702-4213136(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACGCT
SmilChr01G000469 Chr01 NC_080387.1:9585722-9585732promoter 内 3701-3711 bp - 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 9586022-9587586(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTCCGTACATA
SmilChr03G001488 Chr03 NC_080389.1:17950574-17950584promoter 内 3580-3590 bp - 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 17948018-17950163(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr01G002175 Chr01 NC_080387.1:37822736-37822746promoter 内 3451-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 37818396-37822196(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr01G002015 Chr01 NC_080387.1:35716830-35716840promoter 内 3422-3432 bp + 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 35712868-35716261(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACAAT
SmilChr01G005381 Chr01 NC_080387.1:71042178-71042188promoter 内 3358-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 71042821-71045287(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr03G003566 Chr03 NC_080389.1:54298405-54298415promoter 内 3276-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 54296681-54297690(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr02G000772 Chr02 NC_080388.1:12680750-12680760promoter 内 3243-3253 bp + 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 12678524-12680002(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCAG
SmilChr01G000539 Chr01 NC_080387.1:11072038-11072048promoter 内 3215-3225 bp - 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 11072824-11074457(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCAG
SmilChr02G004554 Chr02 NC_080388.1:68059508-68059518promoter 内 3212-3222 bp + 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 68055111-68058729(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACAAT
SmilChr02G003401 Chr02 NC_080388.1:55154507-55154517promoter 内 3190-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 55147313-55153706(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr01G005199 Chr01 NC_080387.1:69673006-69673016promoter 内 2905-2915 bp - 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 69674102-69681886(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACAAT
SmilChr03G003430 Chr03 NC_080389.1:52639621-52639631promoter 内 2887-2897 bp - 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 52640735-52645165(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACAAT
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38948160-38948170promoter 内 2848-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 38949313-38953240(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTCCGTACAGC
SmilChr02G005325 Chr02 NC_080388.1:74116197-74116207promoter 内 2699-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 74117499-74118391(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCAG
SmilChr03G000183 Chr03 NC_080389.1:1957863-1957873promoter 内 2697-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 1946613-1956569(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr03G000072 Chr03 NC_080389.1:899553-899563promoter 内 2695-2705 bp + 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 900859-911088(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr02G003377 Chr02 NC_080388.1:54910666-54910676promoter 内 2650-2660 bp - 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 54912017-54912922(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCAG
SmilChr02G004197 Chr02 NC_080388.1:64306811-64306821promoter 内 2646-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 64303365-64305466(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr03G000814 Chr03 NC_080389.1:9317737-9317747promoter 内 2492-2502 bp + 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 9309624-9316238(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CGCCGTACAAG
SmilChr01G002327 Chr01 NC_080387.1:40416499-40416509promoter 内 2469-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 40413969-40414977(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AACCGTACATC
SmilChr01G002369 Chr01 NC_080387.1:40886897-40886907promoter 内 2448-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 40882399-40885354(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTCCGTACAGC
SmilChr01G005626 Chr01 NC_080387.1:72725277-72725287promoter 内 2335-2345 bp - 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 72726943-72733229(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACAAT
SmilChr02G000547 Chr02 NC_080388.1:7588658-7588668promoter 内 2251-2261 bp + 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 7580826-7586918(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTACGTACAAC
SmilChr01G006015 Chr01 NC_080387.1:75740620-75740630promoter 内 2208-2218 bp - 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 75742413-75743410(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACAAT
SmilChr02G000329 Chr02 NC_080388.1:4204454-4204464promoter 内 2207-2217 bp - 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 4201138-4202670(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGCGTACGGAT
SmilChr02G000332 Chr02 NC_080388.1:4212442-4212452promoter 内 2207-2217 bp - 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 4209441-4210658(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGCGTACGGAT
SmilChr03G002873 Chr03 NC_080389.1:45408926-45408936promoter 内 2203-2213 bp - 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 45395002-45407138(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AATGTACGGCT
SmilChr02G004345 Chr02 NC_080388.1:65733252-65733262promoter 内 2080-2090 bp + 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 65735173-65737350(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr02G001955 Chr02 NC_080388.1:35284348-35284358promoter 内 2070-2080 bp - 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 35286279-35288543(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACAAT
SmilChr01G005372 Chr01 NC_080387.1:70945413-70945423promoter 内 2047-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 70947367-70952470(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGTA
SmilChr01G003633 Chr01 NC_080387.1:54853077-54853087promoter 内 2015-2025 bp - 1976 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 54855063-54856789(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTCCGTACATA
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