转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 20 / 149 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001082 Chr06 NC_080392.1:10786573-10786583promoter 内 503-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 10790071-10793663(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTGG
SmilChr07G001130 Chr07 NC_080393.1:8476774-8476784promoter 内 81-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 8469785-8472864(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCAGGCTGTCA
SmilChr02G003084 Chr02 NC_080388.1:51747591-51747601promoter 内 3760-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 51747832-51748908(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTGG
SmilChr04G002437 Chr04 NC_080390.1:39040643-39040653promoter 内 3496-3506 bp + 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 39035854-39040148(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTGGT
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50856124-50856134promoter 内 3292-3302 bp - 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCCGC
SmilChr04G000736 Chr04 NC_080390.1:8825434-8825444promoter 内 3202-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8821774-8824645(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTGGC
SmilChr02G000851 Chr02 NC_080388.1:14449115-14449125promoter 内 3153-3163 bp + 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 14436538-14448277(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTGGC
SmilChr05G002880 Chr05 NC_080391.1:34476466-34476476promoter 内 2966-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 34473277-34475441(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTGGT
SmilChr02G001563 Chr02 NC_080388.1:28895238-28895248promoter 内 2747-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 28896492-28899647(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGTCT
SmilChr04G002549 Chr04 NC_080390.1:40768289-40768299promoter 内 2424-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 40769866-40774424(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCAGGCTGTCA
SmilChr02G001280 Chr02 NC_080388.1:23641937-23641947promoter 内 2404-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 23639688-23640350(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCCGC
SmilChr02G003834 Chr02 NC_080388.1:60027851-60027861promoter 内 2118-2128 bp - 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 60029734-60031099(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCCGC
SmilChr04G001461 Chr04 NC_080390.1:24028678-24028688promoter 内 2018-2028 bp - 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 24023750-24026705(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGTCC
SmilChr01G000414 Chr01 NC_080387.1:8387012-8387022promoter 内 1733-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8382448-8384754(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTGG
SmilChr06G001419 Chr06 NC_080392.1:14896688-14896698promoter 内 1710-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 14898979-14900473(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCAGGCTGTCA
SmilChr02G001754 Chr02 NC_080388.1:32289562-32289572promoter 内 1540-1550 bp + 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 32292023-32295229(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGTCT
SmilChr04G002547 Chr04 NC_080390.1:40768289-40768299promoter 内 1504-1514 bp + 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 40765730-40765802(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTGG
SmilChr02G003083 Chr02 NC_080388.1:51747591-51747601promoter 内 1422-1432 bp - 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 51743062-51745022(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCAGGCTGTCA
SmilChr05G002178 Chr05 NC_080391.1:23226366-23226376promoter 内 1249-1259 bp - 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 23221247-23223624(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGTCC
SmilChr02G002835 Chr02 NC_080388.1:48502480-48502490promoter 内 1011-1021 bp - 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 48496202-48499500(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGTCT
SmilChr06G001167 Chr06 NC_080392.1:11899448-11899458promoter 内 843-853 bp - 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 11892172-11896300(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGTCC
SmilChr03G003406 Chr03 NC_080389.1:52416337-52416347promoter 内 754-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 52407989-52413100(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTGGC
SmilChr02G000758 Chr02 NC_080388.1:12350298-12350308promoter 内 504-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 12353795-12361407(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTGGC
SmilChr06G002332 Chr06 NC_080392.1:33842502-33842512promoter 内 462-472 bp + 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 33818395-33838973(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTGGC
SmilChr01G000515 Chr01 NC_080387.1:10578201-10578211promoter 内 303-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 10581899-10588912(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCAGGCTGTCA
SmilChr03G003599 Chr03 NC_080389.1:54617813-54617823promoter 内 238-248 bp - 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 54621576-54624266(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTGG
SmilChr06G001420 Chr06 NC_080392.1:14896688-14896698promoter 内 197-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 14900492-14901496(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCAGGCTGTCA
SmilChr04G002823 Chr04 NC_080390.1:44290101-44290111promoter 内 161-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 44293941-44295977(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTGG
SmilChr07G002112 Chr07 NC_080393.1:19234688-19234698promoter 内 102-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 19238587-19244873(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCGGGCTGTCA
SmilChr01G002965 Chr01 NC_080387.1:48531785-48531795promoter 内 3963-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 48524866-48531757(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGAT
SmilChr05G002961 Chr05 NC_080391.1:35799271-35799281promoter 内 1534-1544 bp - 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 35801738-35803498(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTGGG
SmilChr06G000130 Chr06 NC_080392.1:918392-918402promoter 内 145-155 bp + 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 922248-929003(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGGAA
SmilChr05G000953 Chr05 NC_080391.1:7699001-7699011promoter 内 140-150 bp + 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 7693114-7695150(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGAT
SmilChr05G002683 Chr05 NC_080391.1:30401398-30401408promoter 内 3328-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 30398950-30400735(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTCA
SmilChr04G003673 Chr04 NC_080390.1:53189735-53189745promoter 内 2994-3004 bp - 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 53190742-53194374(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGC
SmilChr02G002733 Chr02 NC_080388.1:47251419-47251429promoter 内 2868-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 47252552-47261659(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTCA
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SmilChr05G000891 Chr05 NC_080391.1:7059394-7059404promoter 内 2817-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 7058148-7058220(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGAT
SmilChr07G002686 Chr07 NC_080393.1:26250662-26250672promoter 内 2682-2692 bp + 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 26251981-26253459(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTCA
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