转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 20 / 164 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000408 Chr07 NC_080393.1:2820722-2820736promoter 内 307-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 2813666-2817042(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTATGGTAGGTGAA
SmilChr05G002820 Chr05 NC_080391.1:33322705-33322719promoter 内 300-314 bp - 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 33326406-33327029(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTACCTA
SmilChr04G002169 Chr04 NC_080390.1:35040681-35040695promoter 内 225-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 35044457-35049301(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTATGGTAGGTGAA
SmilChr06G000148 Chr06 NC_080392.1:1037781-1037795promoter 内 178-192 bp - 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1041604-1045964(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCATACT
SmilChr05G000327 Chr05 NC_080391.1:2437619-2437633promoter 内 139-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 2441481-2464606(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCTTATC
SmilChr06G001991 Chr06 NC_080392.1:25323800-25323814promoter 内 117-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 25315027-25319930(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73210647-73210661promoter 内 58-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 73203421-73206718(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATAGGTAGGTGGA
SmilChr02G004374 Chr02 NC_080388.1:66099161-66099175promoter 内 3698-3712 bp + 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 66099464-66100314(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTAGG
SmilChr02G004370 Chr02 NC_080388.1:66025370-66025384promoter 内 3636-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 66025735-66034194(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTAGG
SmilChr05G001945 Chr05 NC_080391.1:19829874-19829888promoter 内 2608-2622 bp + 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 19822857-19828495(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCTACCT
SmilChr08G002413 Chr08 NC_080394.1:22919685-22919699promoter 内 2596-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 22917547-22918294(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGAGGTAGGTAGG
SmilChr07G002168 Chr07 NC_080393.1:19866243-19866257promoter 内 3888-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 19865119-19866144(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCGCCAC
SmilChr06G002474 Chr06 NC_080392.1:35577444-35577458promoter 内 3659-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 35577786-35578736(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGTGGGTAGGTGGC
SmilChr03G001075 Chr03 NC_080389.1:12458864-12458878promoter 内 3019-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 12459846-12461298(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAATGGTAGGTGAG
SmilChr03G004599 Chr03 NC_080389.1:63790020-63790034promoter 内 2706-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 63786949-63788739(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCAATGA
SmilChr03G004305 Chr03 NC_080389.1:61406906-61406920promoter 内 2544-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61405392-61405463(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTAGG
SmilChr05G001864 Chr05 NC_080391.1:18692134-18692148promoter 内 2512-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 18693623-18697592(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACGGC
SmilChr05G003907 Chr05 NC_080391.1:52811534-52811548promoter 内 2385-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52806271-52809932(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCACCCA
SmilChr04G003840 Chr04 NC_080390.1:54423458-54423472promoter 内 2299-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 54425160-54432024(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAGGGGTAGGTGGA
SmilChr05G001235 Chr05 NC_080391.1:10466368-10466382promoter 内 2278-2292 bp + 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 10468091-10474523(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTATTGGTAGGTGAG
SmilChr05G003875 Chr05 NC_080391.1:52344188-52344202promoter 内 2261-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52338812-52342462(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCACCCA
SmilChr06G001418 Chr06 NC_080392.1:14872374-14872388promoter 内 2198-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14874177-14877383(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTATTGGTAGGTGAG
SmilChr04G000542 Chr04 NC_080390.1:6046358-6046372promoter 内 1274-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 6039265-6043645(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTAGG
SmilChr02G000486 Chr02 NC_080388.1:6627143-6627157promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 6629968-6632943(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCTACAA
SmilChr05G003433 Chr05 NC_080391.1:45619638-45619652promoter 内 948-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 45622691-45624225(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAAAGGTAGGTGGG
SmilChr02G002042 Chr02 NC_080388.1:36781554-36781568promoter 内 691-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 36773289-36778258(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAGGGGTAGGTGGA
SmilChr07G000840 Chr07 NC_080393.1:5976999-5977013promoter 内 207-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 5980793-5985184(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCAACCAACTC
SmilChr07G002944 Chr07 NC_080393.1:29822516-29822530promoter 内 137-151 bp + 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29826380-29826887(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAAAGGTAGGTGGG
SmilChr05G003877 Chr05 NC_080391.1:52344188-52344202promoter 内 117-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52348072-52349376(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGGTGGTAGGTGTA
SmilChr06G001417 Chr06 NC_080392.1:14872374-14872388promoter 内 91-105 bp + 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14864871-14868478(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCAATAG
SmilChr01G001566 Chr01 NC_080387.1:29677073-29677087promoter 内 3017-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 29678057-29679748(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTGGTGGTAGGTGCG
SmilChr01G001565 Chr01 NC_080387.1:29677073-29677087promoter 内 2781-2795 bp + 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 29672780-29675867(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACCACCAG
SmilChr04G003763 Chr04 NC_080390.1:53876961-53876975promoter 内 2095-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 53878867-53882961(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTAGGTAGGTGTG
SmilChr06G001173 Chr06 NC_080392.1:11949177-11949191promoter 内 3458-3472 bp + 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 11949720-11951513(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAATTGGTAGGTAGG
SmilChr01G001533 Chr01 NC_080387.1:29349255-29349269promoter 内 3314-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 29345473-29348582(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACCACCAG
SmilChr01G003604 Chr01 NC_080387.1:54585893-54585907promoter 内 1626-1640 bp - 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 54580869-54583532(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTTGGTAGGTAGA
SmilChr02G003001 Chr02 NC_080388.1:50676340-50676354promoter 内 1355-1369 bp + 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 50678986-50681683(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTTGGTAGGTAGA
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SmilChr08G000655 Chr08 NC_080394.1:4873947-4873961promoter 内 70-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 4877878-4878804(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTGTGGTAGGTGAA
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SmilChr02G001364 Chr02 NC_080388.1:25621422-25621436promoter 内 3691-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 25615077-25621126(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCTAGCA
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SmilChr01G003696 Chr01 NC_080387.1:55333462-55333476promoter 内 3472-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 55333991-55336720(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACAAA
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