转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014715-RA_Salv SmilChr01G002039 bHLH XP_057808459.1 MP00660 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 21 / 134 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003484 Chr05 NC_080391.1:46291445-46291452promoter 内 15-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46295431-46296483(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGC
SmilChr04G003745 Chr04 NC_080390.1:53743763-53743770promoter 内 10-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53747754-53748552(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGG
SmilChr04G002386 Chr04 NC_080390.1:38403558-38403565promoter 内 9-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 38396918-38399573(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGC
SmilChr04G001194 Chr04 NC_080390.1:18271211-18271218promoter 内 8-15 bp - 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 18275204-18281066(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGG
SmilChr04G003734 Chr04 NC_080390.1:53647808-53647815promoter 内 6-13 bp + 3988 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53651803-53652784(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGC
SmilChr02G004135 Chr02 NC_080388.1:63596504-63596511promoter 内 2-9 bp - 3992 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 63600503-63600976(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGG
SmilChr01G004345 Chr01 NC_080387.1:61609647-61609654promoter 内 3543-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 12 61610105-61613153(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G004344 Chr01 NC_080387.1:61609235-61609242promoter 内 2637-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 12 61602473-61607878(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G004527 Chr03 NC_080389.1:63313322-63313329promoter 内 2504-2511 bp + 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 8 63314819-63318265(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G004526 Chr03 NC_080389.1:63313305-63313312promoter 内 630-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 8 63307850-63309941(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G000051 Chr05 NC_080391.1:233826-233833promoter 内 261-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 8 237566-239845(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G001397 Chr01 NC_080387.1:27462220-27462227promoter 内 183-190 bp + 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 8 27466038-27466984(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G005876 Chr01 NC_080387.1:74708604-74708611promoter 内 3742-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 6 74707107-74708352(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G004916 Chr01 NC_080387.1:67196535-67196542promoter 内 2575-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 6 67193509-67195116(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G000044 Chr05 NC_080391.1:218434-218441promoter 内 2376-2383 bp - 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 6 213308-216816(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G000048 Chr05 NC_080391.1:230181-230188promoter 内 2228-2235 bp - 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 6 226007-228415(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G002042 Chr03 NC_080389.1:30903811-30903818promoter 内 1134-1141 bp - 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 6 30897992-30900951(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G000050 Chr05 NC_080391.1:230226-230233promoter 内 1041-1048 bp + 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 6 233186-234304(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G003912 Chr02 NC_080388.1:61214380-61214387promoter 内 3297-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 61206599-61213683(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G000021 Chr01 NC_080387.1:395559-395566promoter 内 3042-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 392106-394607(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G002043 Chr03 NC_080389.1:30913110-30913117promoter 内 2975-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 30914136-30917306(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G000417 Chr05 NC_080391.1:3150714-3150721promoter 内 2041-2048 bp + 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 3152674-3154758(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G001012 Chr01 NC_080387.1:21293508-21293515promoter 内 1997-2004 bp - 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 21288277-21291511(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G000065 Chr04 NC_080390.1:586740-586747promoter 内 1535-1542 bp + 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 589206-590540(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G005877 Chr01 NC_080387.1:74708604-74708611promoter 内 1206-1213 bp + 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 74711399-74715640(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G006172 Chr01 NC_080387.1:77237096-77237103promoter 内 1124-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 77239973-77247195(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr06G000152 Chr06 NC_080392.1:1071512-1071519promoter 内 193-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 1062496-1067711(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G004322 Chr01 NC_080387.1:61390779-61390786promoter 内 3946-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 61390834-61391673(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G000199 Chr04 NC_080390.1:1783826-1783833promoter 内 3944-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 1783883-1785322(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G001659 Chr04 NC_080390.1:27563184-27563191promoter 内 3912-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 27563273-27563987(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G000258 Chr02 NC_080388.1:3302944-3302951promoter 内 3846-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 3303099-3307437(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G004971 Chr02 NC_080388.1:71602851-71602858promoter 内 3718-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 71598285-71602575(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G001559 Chr03 NC_080389.1:19657786-19657793promoter 内 3647-3654 bp + 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 19658140-19659509(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G000261 Chr03 NC_080389.1:3049287-3049294promoter 内 3627-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 3046579-3048920(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G002748 Chr02 NC_080388.1:47507210-47507217promoter 内 3223-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 47502410-47506439(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G002132 Chr05 NC_080391.1:22414778-22414785promoter 内 3141-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 22415638-22421688(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G004084 Chr04 NC_080390.1:55886722-55886729promoter 内 2993-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 55880427-55885721(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G001114 Chr04 NC_080390.1:15980596-15980603promoter 内 2982-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 15978672-15979584(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G001864 Chr02 NC_080388.1:33884466-33884473promoter 内 2917-2924 bp - 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 33882997-33883389(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G002551 Chr01 NC_080387.1:43612408-43612415promoter 内 2866-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 43613543-43615559(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G000270 Chr01 NC_080387.1:5328487-5328494promoter 内 2767-2774 bp + 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 5329721-5330807(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr04G001837 Chr04 NC_080390.1:29927214-29927221promoter 内 2284-2291 bp - 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 29922245-29925504(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr02G001660 Chr02 NC_080388.1:30784725-30784732promoter 内 2267-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 30781168-30782998(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G002457 Chr03 NC_080389.1:38914077-38914084promoter 内 2248-2255 bp + 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 38915830-38915901(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G002598 Chr03 NC_080389.1:41278532-41278539promoter 内 2235-2242 bp + 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 41280298-41281218(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G004622 Chr03 NC_080389.1:63897196-63897203promoter 内 2031-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 63899166-63902492(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr01G004528 Chr01 NC_080387.1:63476737-63476744promoter 内 1167-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 63467710-63473910(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G004720 Chr03 NC_080389.1:64429606-64429613promoter 内 1121-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 64420713-64426733(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr03G002392 Chr03 NC_080389.1:37871015-37871022promoter 内 1062-1069 bp - 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 37867241-37868083(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC
SmilChr05G003111 Chr05 NC_080391.1:39643515-39643522promoter 内 708-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 39637920-39640229(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGC