转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 21 / 135 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001998 Chr01 NC_080387.1:35478453-35478467promoter 内 1995-2009 bp + 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 35470632-35476461(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGTTAAT
SmilChr03G001109 Chr03 NC_080389.1:12788009-12788023promoter 内 1974-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 12790036-12791228(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCCTTATCTTC
SmilChr03G002821 Chr03 NC_080389.1:44704961-44704975promoter 内 1935-1949 bp + 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 44707027-44709635(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAACACCTTATCCGC
SmilChr03G002107 Chr03 NC_080389.1:32779666-32779680promoter 内 1818-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 32774926-32777497(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAAAAAG
SmilChr02G002068 Chr02 NC_080388.1:37224374-37224388promoter 内 1713-1727 bp + 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 37226662-37228325(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCATTCTTATCCTT
SmilChr02G003569 Chr02 NC_080388.1:56854239-56854253promoter 内 1613-1627 bp + 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56856627-56857276(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATATCCTTATCATC
SmilChr01G005103 Chr01 NC_080387.1:68824190-68824204promoter 内 1493-1507 bp - 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 68818996-68821696(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATCTTCTTATCCTC
SmilChr01G001627 Chr01 NC_080387.1:30332582-30332596promoter 内 1346-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30335237-30340440(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGGTGCTC
SmilChr02G002251 Chr02 NC_080388.1:39933506-39933520promoter 内 1235-1249 bp - 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 39936272-39942429(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAATGGC
SmilChr02G001326 Chr02 NC_080388.1:24732570-24732584promoter 内 910-924 bp - 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 24735661-24738173(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAAAAGG
SmilChr02G005226 Chr02 NC_080388.1:73471134-73471148promoter 内 642-656 bp - 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73465722-73467789(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTCTCCTTATCCCA
SmilChr01G001624 Chr01 NC_080387.1:30332582-30332596promoter 内 460-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30328983-30329055(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGCACCTTATCCTA
SmilChr03G001355 Chr03 NC_080389.1:15922998-15923012promoter 内 354-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15917647-15919365(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCAGATAAGGATGTT
SmilChr02G002067 Chr02 NC_080388.1:37224374-37224388promoter 内 245-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 37220526-37220632(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAATGGA
SmilChr02G002249 Chr02 NC_080388.1:39933506-39933520promoter 内 129-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 39928253-39929648(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCATTCTTATCCAA
SmilChr02G001826 Chr02 NC_080388.1:33289071-33289085promoter 内 405-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 12 33284392-33285489(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAAAAGG
SmilChr02G000505 Chr02 NC_080388.1:6961350-6961364promoter 内 2884-2898 bp - 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 5 6957928-6960247(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTTTTCTTATCCAT
SmilChr01G004747 Chr01 NC_080387.1:65638683-65638697promoter 内 3298-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 65639386-65639457(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAAAAGG
SmilChr01G001496 Chr01 NC_080387.1:28809051-28809065promoter 内 3078-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 28809974-28814378(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACTTCCTTATCTTT
SmilChr02G004715 Chr02 NC_080388.1:69416209-69416223promoter 内 2755-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 69409231-69414977(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTACCTTATCTTT
SmilChr01G004010 Chr01 NC_080387.1:58510652-58510666promoter 内 983-997 bp - 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 58513670-58514897(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAAGTG
SmilChr03G001293 Chr03 NC_080389.1:15130752-15130766promoter 内 785-799 bp + 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 15127478-15127550(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAATGGA
SmilChr01G002487 Chr01 NC_080387.1:42597286-42597300promoter 内 51-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 42601236-42602303(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCAATCTTATCCAA
SmilChr02G000592 Chr02 NC_080388.1:8481263-8481277promoter 内 3569-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 8471205-8480845(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAAAAGG
SmilChr02G003267 Chr02 NC_080388.1:53936205-53936219promoter 内 3327-3341 bp + 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 53936879-53938637(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACTTCCTTATCTTT
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14725998-14726012promoter 内 3299-3313 bp - 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 14726700-14727998(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAGATAAGGAAATG
SmilChr03G001417 Chr03 NC_080389.1:16813980-16813994promoter 内 3216-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 16810959-16813209(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTTTTCTTATCCAT
SmilChr03G000688 Chr03 NC_080389.1:7683043-7683057promoter 内 3165-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 7680743-7682221(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGATAAG
SmilChr03G002951 Chr03 NC_080389.1:46232621-46232635promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 46228713-46231568(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACGCCTTATCCTC
SmilChr02G001494 Chr02 NC_080388.1:27888739-27888753promoter 内 2544-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 27886473-27887296(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGCGTTG
SmilChr01G000184 Chr01 NC_080387.1:3165128-3165142promoter 内 2375-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 3166754-3167811(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCATTCTTATCCCC
SmilChr03G002067 Chr03 NC_080389.1:31561699-31561713promoter 内 2202-2216 bp - 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 31563498-31563962(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGCAATA
SmilChr02G003996 Chr02 NC_080388.1:62284839-62284853promoter 内 2198-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 62286642-62291386(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACTACCTTATCTTA
SmilChr03G002294 Chr03 NC_080389.1:36145636-36145650promoter 内 2143-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 36147494-36149380(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATGTTA
SmilChr03G000017 Chr03 NC_080389.1:177771-177785promoter 内 1790-1804 bp + 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 179982-182569(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACAACCTTATCAAT
SmilChr01G003169 Chr01 NC_080387.1:50476184-50476198promoter 内 1739-1753 bp + 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 50478446-50479200(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGAGACCTTATCCGC
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