转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 21 / 138 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003592 Chr03 NC_080389.1:54570756-54570768promoter 内 2463-2475 bp - 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 54572294-54574332(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTGGGTCAACGTT
SmilChr02G004199 Chr02 NC_080388.1:64314326-64314338promoter 内 1574-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 64309938-64311911(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACCCT
SmilChr02G004204 Chr02 NC_080388.1:64314326-64314338promoter 内 1332-1344 bp + 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 64311523-64311669(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACCCT
SmilChr02G004203 Chr02 NC_080388.1:64314326-64314338promoter 内 905-917 bp + 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 64311152-64311242(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACCCT
SmilChr02G004202 Chr02 NC_080388.1:64314326-64314338promoter 内 784-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 64311031-64311121(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACCCT
SmilChr03G001355 Chr03 NC_080389.1:15922646-15922658promoter 内 708-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 15917647-15919365(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGTTGACTACT
SmilChr02G004201 Chr02 NC_080388.1:64314326-64314338promoter 内 627-639 bp + 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 64310854-64310964(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACCCT
SmilChr03G001455 Chr03 NC_080389.1:17383896-17383908promoter 内 153-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 17377904-17380060(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCAGTCAACGCT
SmilChr02G001578 Chr02 NC_080388.1:29379665-29379677promoter 内 3892-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 29379774-29381798(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACCTCC
SmilChr01G001746 Chr01 NC_080387.1:32138163-32138175promoter 内 3751-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 32138413-32139448(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGAAGTCAACGGT
SmilChr03G001664 Chr03 NC_080389.1:21583582-21583594promoter 内 3244-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 21584339-21587644(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGCA
SmilChr02G003105 Chr02 NC_080388.1:51980050-51980062promoter 内 3051-3063 bp + 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 51981000-51983045(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCACC
SmilChr03G003613 Chr03 NC_080389.1:54805821-54805833promoter 内 2150-2162 bp + 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 54802885-54803982(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAACGAA
SmilChr01G001934 Chr01 NC_080387.1:34528948-34528960promoter 内 2067-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 34523682-34527026(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGCA
SmilChr03G003614 Chr03 NC_080389.1:54805821-54805833promoter 内 2055-2067 bp + 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 54807767-54810284(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTAGA
SmilChr03G000607 Chr03 NC_080389.1:6710044-6710056promoter 内 977-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 6706463-6707032(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAACGAA
SmilChr01G001526 Chr01 NC_080387.1:29226934-29226946promoter 内 617-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 29220885-29223562(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCTTTGACTAGA
SmilChr03G003597 Chr03 NC_080389.1:54598790-54598802promoter 内 280-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 54602511-54604990(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTAGA
SmilChr02G003106 Chr02 NC_080388.1:51980050-51980062promoter 内 250-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 51983801-52028202(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCACC
SmilChr02G004200 Chr02 NC_080388.1:64314326-64314338promoter 内 87-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 64310317-64310424(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACCCT
SmilChr02G000967 Chr02 NC_080388.1:16892607-16892619promoter 内 27-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 16885478-16888645(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATAGTCAACCCT
SmilChr01G001792 Chr01 NC_080387.1:32782537-32782549promoter 内 3570-3582 bp + 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 32778863-32782118(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGAGGTCAACGAC
SmilChr03G003596 Chr03 NC_080389.1:54598790-54598802promoter 内 3504-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 54599287-54601218(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTAGA
SmilChr01G000307 Chr01 NC_080387.1:6000742-6000754promoter 内 3002-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 5996885-5999755(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCACC
SmilChr03G001144 Chr03 NC_080389.1:13197525-13197537promoter 内 2995-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 13198531-13199340(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTAGA
SmilChr02G002692 Chr02 NC_080388.1:46647449-46647461promoter 内 2977-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 46648473-46652779(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACTCTC
SmilChr03G003477 Chr03 NC_080389.1:53309559-53309571promoter 内 2706-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 53310854-53316655(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGCA
SmilChr02G001334 Chr02 NC_080388.1:24803964-24803976promoter 内 2694-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 24805271-24808516(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGTTGACCACA
SmilChr03G003693 Chr03 NC_080389.1:55865107-55865119promoter 内 2476-2488 bp - 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 55866632-55868608(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACGAGTCAACGTT
SmilChr01G005399 Chr01 NC_080387.1:71252923-71252935promoter 内 2308-2320 bp + 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 71254616-71256083(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGGGTTGACTGTG
SmilChr03G001561 Chr03 NC_080389.1:19676362-19676374promoter 内 1666-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19678697-19679625(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAGAGTCAACGTT
SmilChr03G003998 Chr03 NC_080389.1:59021548-59021560promoter 内 1642-1654 bp - 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 59023907-59030915(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACCCT
SmilChr01G000328 Chr01 NC_080387.1:6696965-6696977promoter 内 1532-1544 bp + 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 6699434-6701465(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTAGA
SmilChr01G004520 Chr01 NC_080387.1:63314498-63314510promoter 内 1526-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 63316973-63324098(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTGGGTCAACGGT
SmilChr03G001560 Chr03 NC_080389.1:19676362-19676374promoter 内 1429-1441 bp - 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19672668-19673802(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACTCTG
SmilChr03G002482 Chr03 NC_080389.1:39405852-39405864promoter 内 1364-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 39408489-39409055(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTAGTCAACGAC
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