转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 21 / 121 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001512 Chr03 NC_080389.1:18532523-18532537promoter 内 3224-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 18528718-18531760(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTTTAGATCTGTG
SmilChr04G001582 Chr04 NC_080390.1:26303360-26303374promoter 内 2836-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 26301584-26302209(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATTTGGATCTGAA
SmilChr01G002666 Chr01 NC_080387.1:44885321-44885335promoter 内 2792-2806 bp - 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44883300-44884126(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGTCTGGATCTGAC
SmilChr04G002068 Chr04 NC_080390.1:33432056-33432070promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33433317-33435846(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGAGAT
SmilChr04G000604 Chr04 NC_080390.1:6837757-6837771promoter 内 2181-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 6829232-6835951(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATCTAGATCTGGC
SmilChr05G000636 Chr05 NC_080391.1:4803907-4803921promoter 内 2044-2058 bp + 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4805864-4809650(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAATTAGATCTAAG
SmilChr04G002067 Chr04 NC_080390.1:33432056-33432070promoter 内 1951-1965 bp - 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33425626-33430020(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTCTAGATCTGAA
SmilChr02G002920 Chr02 NC_080388.1:49511298-49511312promoter 内 1724-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49508532-49509035(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTAGTTTA
SmilChr01G000629 Chr01 NC_080387.1:14053228-14053242promoter 内 1195-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 14056034-14057146(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTTCGGATCTGAG
SmilChr01G002665 Chr01 NC_080387.1:44885321-44885335promoter 内 954-968 bp - 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44877499-44882288(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGTCTGGATCTGAC
SmilChr01G002435 Chr01 NC_080387.1:41934062-41934076promoter 内 864-878 bp + 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41937199-41940904(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCTGGATCTGAC
SmilChr01G003042 Chr01 NC_080387.1:49412111-49412125promoter 内 651-665 bp - 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49402652-49408775(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAATTGGATCTGAT
SmilChr02G000492 Chr02 NC_080388.1:6741123-6741137promoter 内 3796-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 9 6740582-6740932(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCATCAGATCTGGA
SmilChr02G000491 Chr02 NC_080388.1:6741123-6741137promoter 内 3382-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 9 6738437-6740518(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCATCAGATCTGGA
SmilChr02G000803 Chr02 NC_080388.1:13406484-13406498promoter 内 393-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 8 13402053-13402890(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCGGATCTAGATCC
SmilChr01G004824 Chr01 NC_080387.1:66417380-66417394promoter 内 2074-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 7 66413673-66415467(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTTCAGATCTGCT
SmilChr01G004825 Chr01 NC_080387.1:66417380-66417394promoter 内 1735-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 7 66419646-66425315(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGAAGCC
SmilChr03G003385 Chr03 NC_080389.1:52218399-52218413promoter 内 641-655 bp - 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 6 52205301-52215053(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCGCCAGATCTGGG
SmilChr03G001232 Chr03 NC_080389.1:14244952-14244966promoter 内 3166-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 14245787-14247148(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCTCC
SmilChr02G000866 Chr02 NC_080388.1:14903846-14903860promoter 内 2836-2850 bp + 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 14905011-14905097(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCG
SmilChr02G000867 Chr02 NC_080388.1:14903846-14903860promoter 内 2297-2311 bp + 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 14905550-14905624(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCG
SmilChr02G000868 Chr02 NC_080388.1:14903846-14903860promoter 内 2150-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 14905697-14905783(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCG
SmilChr03G001233 Chr03 NC_080389.1:14244952-14244966promoter 内 1731-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 14247222-14249043(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCTCC
SmilChr05G000961 Chr05 NC_080391.1:7756190-7756204promoter 内 3762-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 7752882-7755965(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCTAGATCTAGT
SmilChr05G000896 Chr05 NC_080391.1:7090930-7090944promoter 内 3749-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 7087559-7090692(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCTAGATCTAGT
SmilChr03G002894 Chr03 NC_080389.1:45652911-45652925promoter 内 3447-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 45653465-45665544(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCG
SmilChr02G004298 Chr02 NC_080388.1:65348847-65348861promoter 内 3133-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 65344753-65347993(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGGTGGATCTGAG
SmilChr01G002739 Chr01 NC_080387.1:45704830-45704844promoter 内 1808-1822 bp - 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 45707023-45710536(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGAAAGA
SmilChr02G004210 Chr02 NC_080388.1:64364327-64364341promoter 内 3833-3847 bp - 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 64364495-64368110(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGTATAT
SmilChr03G000768 Chr03 NC_080389.1:8787251-8787265promoter 内 3571-3585 bp - 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 8780555-8786835(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATCTAGATCTAGT
SmilChr03G003432 Chr03 NC_080389.1:52685662-52685676promoter 内 3544-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 52686119-52686955(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTCTAGATCTAAG
SmilChr02G002353 Chr02 NC_080388.1:41317500-41317514promoter 内 3447-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 41314921-41316960(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGAAAGA
SmilChr02G003662 Chr02 NC_080388.1:58009307-58009321promoter 内 3262-3276 bp - 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 58010046-58016971(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGAAACT
SmilChr01G001521 Chr01 NC_080387.1:29131838-29131852promoter 内 3141-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 29132698-29133306(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTAAATCT
SmilChr03G004630 Chr03 NC_080389.1:63950630-63950644promoter 内 2889-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 63945215-63949532(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATCTAGATCTAGT
SmilChr03G002305 Chr03 NC_080389.1:36280287-36280301promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 36281485-36284227(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACTTCC
SmilChr03G001927 Chr03 NC_080389.1:27049674-27049688promoter 内 2768-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 27050907-27053391(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCG
SmilChr03G000260 Chr03 NC_080389.1:3043585-3043599promoter 内 2603-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 3038683-3042201(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACTTCC
SmilChr03G002699 Chr03 NC_080389.1:42965810-42965824promoter 内 2600-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 42956058-42964423(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGAAGCC
SmilChr04G002555 Chr04 NC_080390.1:40865934-40865948promoter 内 2582-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 40867353-40870508(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCG
SmilChr03G001706 Chr03 NC_080389.1:22651135-22651149promoter 内 2498-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 22652638-22657573(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTGAACTT
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SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61394634-61394648promoter 内 1995-2009 bp + 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 61396640-61402054(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGGCAGATCTGAT
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SmilChr02G003096 Chr02 NC_080388.1:51834703-51834717promoter 内 1509-1523 bp - 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 51829447-51832225(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCTGGATCTGAA
SmilChr02G004420 Chr02 NC_080388.1:66523315-66523329promoter 内 1345-1359 bp - 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 66525971-66527914(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGAAATT
SmilChr04G001689 Chr04 NC_080390.1:27942660-27942674promoter 内 1024-1038 bp + 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 27936161-27939697(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGT
SmilChr01G005792 Chr01 NC_080387.1:74013650-74013664promoter 内 968-982 bp + 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 74016683-74025384(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTATGGATCTGAT
SmilChr04G002144 Chr04 NC_080390.1:34471114-34471128promoter 内 809-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 34456035-34467936(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCTAGATCTCAT