转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 22 / 167 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000856 Chr01 NC_080387.1:18451248-18451259promoter 内 527-538 bp + 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 18446891-18447785(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTGG
SmilChr06G001886 Chr06 NC_080392.1:22514734-22514745promoter 内 479-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 22518256-22520753(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr02G004423 Chr02 NC_080388.1:66571520-66571531promoter 内 370-381 bp - 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 66565488-66567900(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCCAAG
SmilChr07G003852 Chr07 NC_080393.1:47766795-47766806promoter 内 307-318 bp + 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47758976-47763112(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTGG
SmilChr03G003974 Chr03 NC_080389.1:58763237-58763248promoter 内 301-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58766937-58772361(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTGG
SmilChr02G003211 Chr02 NC_080388.1:53294824-53294835promoter 内 278-289 bp - 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 53298547-53300564(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTGG
SmilChr04G004040 Chr04 NC_080390.1:55634687-55634698promoter 内 258-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55638430-55642611(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAAG
SmilChr02G005438 Chr02 NC_080388.1:74788574-74788585promoter 内 226-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 74783142-74784810(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCCC
SmilChr04G001664 Chr04 NC_080390.1:27605048-27605059promoter 内 193-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 27600546-27601251(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr03G001010 Chr03 NC_080389.1:11597541-11597552promoter 内 153-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 11601389-11604315(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAAG
SmilChr04G003531 Chr04 NC_080390.1:51661307-51661318promoter 内 100-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 51665208-51667618(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr05G001884 Chr05 NC_080391.1:19122127-19122138promoter 内 12-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 19114101-19118149(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr03G000106 Chr03 NC_080389.1:1182570-1182581promoter 内 2735-2746 bp + 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 1179413-1181315(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGGC
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2548955-2548966promoter 内 3817-3828 bp + 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 2548627-2548782(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGGGG
SmilChr07G003432 Chr07 NC_080393.1:37730401-37730412promoter 内 3618-3629 bp + 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 37730784-37732882(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCCCACGCCACC
SmilChr01G000147 Chr01 NC_080387.1:2548955-2548966promoter 内 3433-3444 bp + 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 2545090-2548398(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGGGG
SmilChr03G002236 Chr03 NC_080389.1:35249957-35249968promoter 内 3234-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 35249131-35249201(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGCG
SmilChr05G002279 Chr05 NC_080391.1:24500693-24500704promoter 内 3123-3134 bp - 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 24498377-24499826(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCCCACGCCACC
SmilChr05G003102 Chr05 NC_080391.1:39422366-39422377promoter 内 3039-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 39423328-39425985(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGGGC
SmilChr03G001996 Chr03 NC_080389.1:29577029-29577040promoter 内 2848-2859 bp + 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 29548334-29575887(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGGG
SmilChr04G000999 Chr04 NC_080390.1:13847119-13847130promoter 内 2747-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 13848373-13849597(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCCCACGCCACC
SmilChr01G000814 Chr01 NC_080387.1:17596503-17596514promoter 内 2684-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 17594313-17595197(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAGCACGCCAGT
SmilChr03G002386 Chr03 NC_080389.1:37772825-37772836promoter 内 2433-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 37774393-37777132(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGGG
SmilChr03G003442 Chr03 NC_080389.1:52801024-52801035promoter 内 2255-2266 bp - 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 52802770-52803940(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGCC
SmilChr08G003857 Chr08 NC_080394.1:45236949-45236960promoter 内 1647-1658 bp - 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 45225697-45234606(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCCCACGCCACC
SmilChr02G002044 Chr02 NC_080388.1:36820167-36820178promoter 内 257-268 bp - 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 36823911-36829703(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGGC
SmilChr04G003902 Chr04 NC_080390.1:54787018-54787029promoter 内 84-95 bp + 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 54790935-54793715(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAGCACGCCAGT
SmilChr02G003341 Chr02 NC_080388.1:54624750-54624761promoter 内 3843-3854 bp + 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 54624908-54629749(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGCCACGCCACC
SmilChr06G000035 Chr06 NC_080392.1:315390-315401promoter 内 3680-3691 bp - 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 315711-319008(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGGG
SmilChr04G002463 Chr04 NC_080390.1:39455960-39455971promoter 内 3551-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 39447909-39455521(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCGCACGCCAGT
SmilChr02G004914 Chr02 NC_080388.1:71125645-71125656promoter 内 3339-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 71126307-71126386(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGGC
SmilChr03G003902 Chr03 NC_080389.1:58121660-58121671promoter 内 3191-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 58122470-58125884(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGGC
SmilChr05G000936 Chr05 NC_080391.1:7508784-7508795promoter 内 2988-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 7505021-7507782(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGCG
SmilChr02G000763 Chr02 NC_080388.1:12435005-12435016promoter 内 2709-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 12431552-12433724(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCAGC
SmilChr07G002698 Chr07 NC_080393.1:26325541-26325552promoter 内 2655-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 26318946-26324206(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCCCACGCCACC
SmilChr01G000815 Chr01 NC_080387.1:17600586-17600597promoter 内 2546-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 17598615-17599142(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAGCACGCCAGT
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