转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001059; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014491-RA_Salv SmilChr06G001059 Dof XP_057768449.1 MP00402 TTTTTTTTTTTTTTACTTTTT

可能结合的靶基因

9875 个结合位点 6278 个候选靶基因 第 23 / 126 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005947 Chr01 NC_080387.1:75199988-75200008promoter 内 3558-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 75200431-75203186(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTCTTCTATTCCAACTTTTT
SmilChr01G003001 Chr01 NC_080387.1:48985948-48985968promoter 内 3516-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48986433-48988887(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGAAGAGACAATGA
SmilChr02G002826 Chr02 NC_080388.1:48365386-48365406promoter 内 3457-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48358381-48364862(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTACCCTTTCTTTTACTTTAT
SmilChr01G005719 Chr01 NC_080387.1:73377069-73377089promoter 内 3434-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 73377636-73381453(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAAAAAAAAAAGTTT
SmilChr02G005377 Chr02 NC_080388.1:74446468-74446488promoter 内 3131-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 74441904-74445618(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTCACCTTTTTTACTTTTT
SmilChr02G000713 Chr02 NC_080388.1:11492431-11492451promoter 内 3045-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 11493387-11495761(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTCTCTCTTCCGTCACTTTTT
SmilChr03G000180 Chr03 NC_080389.1:1934275-1934295promoter 内 2924-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1928414-1933218(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTCTCTCTTCCGTCACTTTTT
SmilChr02G003615 Chr02 NC_080388.1:57408265-57408285promoter 内 2887-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 57409379-57422409(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAGAGAAGATGGGAG
SmilChr02G004916 Chr02 NC_080388.1:71180881-71180901promoter 内 2628-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 71182254-71185423(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGGAGAGAGAAATA
SmilChr02G001905 Chr02 NC_080388.1:34349294-34349314promoter 内 2183-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 34345531-34347496(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AGCTTTTCACTTCCACTTTTT
SmilChr02G003640 Chr02 NC_080388.1:57763571-57763591promoter 内 1401-1421 bp - 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 57756494-57760991(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCCCTTTATTTTTTACTTTCT
SmilChr01G000123 Chr01 NC_080387.1:2061801-2061821promoter 内 1225-1245 bp - 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2057057-2059045(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATTTTATCTTTTTTACTTTTT
SmilChr02G002604 Chr02 NC_080388.1:45176878-45176898promoter 内 1066-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45179813-45182605(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTCTCTCTTCCGTCACTTTTT
SmilChr02G002548 Chr02 NC_080388.1:44342887-44342907promoter 内 903-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 44337856-44339809(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTAATTTTTTTTTACTTTTT
SmilChr02G002220 Chr02 NC_080388.1:39470912-39470932promoter 内 306-326 bp - 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 39474607-39477573(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGGAGAGAGAAATA
SmilChr02G004570 Chr02 NC_080388.1:68213912-68213932promoter 内 164-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 68207567-68210095(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAGAAAGGAAATACC
SmilChr01G004640 Chr01 NC_080387.1:64442649-64442669promoter 内 106-126 bp - 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 64446544-64447775(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGAAAAAATGGCTA
SmilChr02G001716 Chr02 NC_080388.1:31605239-31605259promoter 内 3478-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 6 31598685-31604736(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAATAAGAATA
SmilChr02G004358 Chr02 NC_080388.1:65874618-65874638promoter 内 2062-2082 bp - 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 6 65868832-65872699(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTCTTATTTTTCACTTTTT
SmilChr01G003988 Chr01 NC_080387.1:58305141-58305161promoter 内 751-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 5 58308391-58311924(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAATAAAAATACA
SmilChr03G000796 Chr03 NC_080389.1:9102736-9102756promoter 内 581-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 5 9106156-9111638(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TGTACTTTTATTTTACTTTTT
SmilChr01G001205 Chr01 NC_080387.1:24263940-24263960promoter 内 3761-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 24264180-24277907(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATCTTCTTTCTTCGACTTTTT
SmilChr01G001204 Chr01 NC_080387.1:24263940-24263960promoter 内 2597-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 24255738-24262556(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTCGAAGAAAGAAGAT
SmilChr02G004024 Chr02 NC_080388.1:62524060-62524080promoter 内 3959-3979 bp + 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 62519489-62524038(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGAAGGTACA
SmilChr02G003274 Chr02 NC_080388.1:54021372-54021392promoter 内 3863-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 54018944-54021254(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTCATTTCTTATTTACTTTTC
SmilChr01G000387 Chr01 NC_080387.1:7993488-7993508promoter 内 3671-3691 bp - 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 7989877-7993178(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTGATTTTTTTTTACTTTTT
SmilChr02G005475 Chr02 NC_080388.1:74994395-74994415promoter 内 3573-3593 bp + 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 74994823-74996411(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTTTTCTCTACTTTAT
SmilChr02G000627 Chr02 NC_080388.1:9367149-9367169promoter 内 3205-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 9367945-9370806(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TACTCTTACTTTTCACTTTTT
SmilChr02G004097 Chr02 NC_080388.1:63276651-63276671promoter 内 2832-2852 bp + 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 63277820-63278786(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTCTTATTTTTCACTTTTT
SmilChr01G003180 Chr01 NC_080387.1:50581925-50581945promoter 内 2428-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 50583498-50586790(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAATAAGAATA
SmilChr01G005348 Chr01 NC_080387.1:70722623-70722643promoter 内 1670-1690 bp + 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 70724954-70726316(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTCTTATTTTTCACTTTTT
SmilChr02G003862 Chr02 NC_080388.1:60565991-60566011promoter 内 1398-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 60561081-60563408(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTCTTTATTTTTACTTTTC
SmilChr02G003572 Chr02 NC_080388.1:56888884-56888904promoter 内 1388-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 56884752-56886291(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAATAAAAATAA
SmilChr02G001769 Chr02 NC_080388.1:32439782-32439802promoter 内 462-482 bp + 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 32443321-32453464(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CACTTTTTCATTTCACTTTTT
SmilChr03G000444 Chr03 NC_080389.1:4767616-4767636promoter 内 399-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 4760496-4764034(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AGAAAGGGGAAAAAAAAAAAA
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