转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 24 / 126 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002714 Chr03 NC_080389.1:43100953-43100967promoter 内 2797-2811 bp - 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 43097783-43099763(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGTGTTGACGTGGCA
SmilChr01G002480 Chr01 NC_080387.1:42537178-42537192promoter 内 2141-2155 bp - 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 42534282-42535332(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGTGTTGACGTGGCA
SmilChr04G003674 Chr04 NC_080390.1:53205177-53205191promoter 内 599-613 bp + 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 53200836-53201789(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAGCGAT
SmilChr04G003253 Chr04 NC_080390.1:49279342-49279356promoter 内 3931-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 49278281-49279286(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTACTCT
SmilChr06G001204 Chr06 NC_080392.1:12317552-12317566promoter 内 3886-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 12317667-12320733(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGGACCC
SmilChr05G003791 Chr05 NC_080391.1:51256076-51256090promoter 内 3805-3819 bp - 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 51256272-51259748(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC
SmilChr06G001076 Chr06 NC_080392.1:10661682-10661696promoter 内 3393-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 10659329-10661088(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGACCCCA
SmilChr03G002598 Chr03 NC_080389.1:41278634-41278648promoter 内 2337-2351 bp + 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 41280298-41281218(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCCGGTGACGTGGCA
SmilChr06G001203 Chr06 NC_080392.1:12317552-12317566promoter 内 2227-2241 bp - 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 12313285-12315792(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGGTCCCACGTGGCA
SmilChr04G003254 Chr04 NC_080390.1:49279342-49279356promoter 内 2012-2026 bp + 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 49281331-49283072(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGAGTACACGTGGCA
SmilChr01G002906 Chr01 NC_080387.1:47760094-47760108promoter 内 1974-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 47752984-47758081(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGCGCGC
SmilChr03G001736 Chr03 NC_080389.1:23370451-23370465promoter 内 985-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 23363616-23367449(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGTGTTGACGTGGCA
SmilChr03G001119 Chr03 NC_080389.1:12891348-12891362promoter 内 3982-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 12891367-12901719(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr04G001872 Chr04 NC_080390.1:30541929-30541943promoter 内 3952-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 30541978-30544066(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr06G000880 Chr06 NC_080392.1:8347725-8347739promoter 内 3932-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 8347794-8350675(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr05G002798 Chr05 NC_080391.1:32781542-32781556promoter 内 3915-3929 bp - 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 32740159-32781470(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr06G001838 Chr06 NC_080392.1:21590266-21590280promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 21587931-21590157(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr06G001702 Chr06 NC_080392.1:19568619-19568633promoter 内 3868-3882 bp + 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 19568752-19576409(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAAGGACACGTGTCG
SmilChr01G000287 Chr01 NC_080387.1:5640009-5640023promoter 内 3855-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 5640155-5641397(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAGCGAT
SmilChr04G000862 Chr04 NC_080390.1:10923236-10923250promoter 内 3851-3865 bp + 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 10923386-10925692(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr06G002366 Chr06 NC_080392.1:34471555-34471569promoter 内 3823-3837 bp + 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 34471733-34478222(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAAGGACACGTGTCG
SmilChr05G004311 Chr05 NC_080391.1:56796785-56796799promoter 内 3809-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 56796236-56796607(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGTGTTGACGTGGCA
SmilChr05G002802 Chr05 NC_080391.1:32781542-32781556promoter 内 3741-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 32781802-32785703(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAGCGAT
SmilChr06G001747 Chr06 NC_080392.1:20242808-20242822promoter 内 3721-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 20243088-20247943(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC
SmilChr03G002597 Chr03 NC_080389.1:41272500-41272514promoter 内 3693-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 41262782-41272206(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TATGGTCACGTGGCT
SmilChr05G001382 Chr05 NC_080391.1:12348736-12348750promoter 内 3438-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 12349299-12352990(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCACTGCC
SmilChr01G000339 Chr01 NC_080387.1:6938236-6938250promoter 内 3364-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 6938873-6941858(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCCGGACACGTGGCG
SmilChr01G002835 Chr01 NC_080387.1:46950800-46950814promoter 内 3341-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 46950050-46950154(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC
SmilChr05G003222 Chr05 NC_080391.1:41381976-41381990promoter 内 3315-3329 bp - 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 41374855-41381304(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr08G004581 Chr08 NC_080394.1:55404654-55404668promoter 内 3266-3280 bp + 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 55393664-55403933(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC
SmilChr02G000156 Chr02 NC_080388.1:2025845-2025859promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 2021802-2025058(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC
SmilChr01G005141 Chr01 NC_080387.1:69195673-69195687promoter 内 3133-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 69196541-69199173(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC
SmilChr01G002834 Chr01 NC_080387.1:46950800-46950814promoter 内 3132-3146 bp + 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 46949846-46949945(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC
SmilChr06G001701 Chr06 NC_080392.1:19568619-19568633promoter 内 3076-3090 bp + 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 19565969-19567708(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGACACGTGTCCTTA
SmilChr04G000778 Chr04 NC_080390.1:9529588-9529602promoter 内 2998-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 9524829-9528599(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGACACGTGTCCCTA
SmilChr08G002154 Chr08 NC_080394.1:19430180-19430194promoter 内 2838-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 19431343-19433245(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC
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SmilChr05G003371 Chr05 NC_080391.1:44600532-44600546promoter 内 2263-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 44593849-44598808(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAGCGAT
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SmilChr05G004120 Chr05 NC_080391.1:55106002-55106016promoter 内 1955-1969 bp - 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 55108048-55113002(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGCGTGC
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SmilChr07G000554 Chr07 NC_080393.1:3818758-3818772promoter 内 1803-1817 bp + 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 3813308-3816574(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC
SmilChr05G001247 Chr05 NC_080391.1:10595414-10595428promoter 内 1400-1414 bp - 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 10598015-10601637(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACC