转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 26 / 133 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002812 Chr01 NC_080387.1:46669214-46669223promoter 内 9-18 bp - 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 46663315-46665231(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGT
SmilChr02G001698 Chr02 NC_080388.1:31291978-31291987promoter 内 2189-2198 bp - 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 5 31293790-31297449(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTA
SmilChr01G000683 Chr01 NC_080387.1:15198289-15198298promoter 内 3090-3099 bp + 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 4 15178556-15197387(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr02G001390 Chr02 NC_080388.1:26384186-26384195promoter 内 1984-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 4 26379470-26382178(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTA
SmilChr01G002275 Chr01 NC_080387.1:39519079-39519088promoter 内 739-748 bp + 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 4 39522341-39524619(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr01G000460 Chr01 NC_080387.1:9425977-9425986promoter 内 3663-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 9423489-9425648(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G001068 Chr01 NC_080387.1:22026672-22026681promoter 内 3458-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 22024948-22026138(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr01G002846 Chr01 NC_080387.1:47036237-47036246promoter 内 3393-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 47030507-47035638(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G005085 Chr01 NC_080387.1:68727384-68727393promoter 内 3052-3061 bp - 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 68724846-68726444(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr01G003693 Chr01 NC_080387.1:55296218-55296227promoter 内 2735-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 55297484-55299992(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G003830 Chr01 NC_080387.1:56637341-56637350promoter 内 2364-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 56631798-56635713(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTA
SmilChr01G000922 Chr01 NC_080387.1:19553572-19553581promoter 内 1900-1909 bp - 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 19555673-19556946(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr03G000412 Chr03 NC_080389.1:4448128-4448137promoter 内 1164-1173 bp - 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 4450965-4453127(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G003692 Chr01 NC_080387.1:55296218-55296227promoter 内 877-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 55288840-55293103(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr02G000500 Chr02 NC_080388.1:6886837-6886846promoter 内 855-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 6882747-6883700(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G005350 Chr01 NC_080387.1:70756482-70756491promoter 内 636-645 bp + 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 70748580-70753126(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr02G001178 Chr02 NC_080388.1:21655541-21655550promoter 内 484-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 21648406-21652033(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G003013 Chr01 NC_080387.1:49165258-49165267promoter 内 289-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 49168970-49169650(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr02G003174 Chr02 NC_080388.1:52872593-52872602promoter 内 155-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 52867986-52868756(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr01G004946 Chr01 NC_080387.1:67558761-67558770promoter 内 3867-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 67555120-67558636(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr01G004488 Chr01 NC_080387.1:63011014-63011023promoter 内 3679-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 63011336-63014466(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr03G000043 Chr03 NC_080389.1:486258-486267promoter 内 3451-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 486808-487809(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr02G001129 Chr02 NC_080388.1:20417421-20417430promoter 内 3393-3402 bp - 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 20416119-20416822(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr01G002327 Chr01 NC_080387.1:40415693-40415702promoter 内 3276-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 40413969-40414977(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr01G004307 Chr01 NC_080387.1:61256377-61256386promoter 内 3264-3273 bp - 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 61254262-61255649(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr01G001791 Chr01 NC_080387.1:32770394-32770403promoter 内 3220-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 32771175-32776784(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTA
SmilChr01G000380 Chr01 NC_080387.1:7817961-7817970promoter 内 3143-3152 bp - 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 7818819-7822732(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTA
SmilChr01G006188 Chr01 NC_080387.1:77419835-77419844promoter 内 3098-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 77420738-77421968(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr02G002182 Chr02 NC_080388.1:39022009-39022018promoter 内 3000-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 39023010-39026640(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr02G002030 Chr02 NC_080388.1:36531633-36531642promoter 内 2488-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 36528752-36530129(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr02G000501 Chr02 NC_080388.1:6886837-6886846promoter 内 2362-2371 bp + 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 6883782-6885207(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G000048 Chr01 NC_080387.1:764371-764380promoter 内 2288-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 761036-762667(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr02G000727 Chr02 NC_080388.1:11819330-11819339promoter 内 1972-1981 bp - 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 11821359-11822787(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G004214 Chr01 NC_080387.1:60551761-60551770promoter 内 1927-1936 bp + 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 60548645-60549696(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G004306 Chr01 NC_080387.1:61256377-61256386promoter 内 1870-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 61252932-61254255(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr01G002429 Chr01 NC_080387.1:41831345-41831354promoter 内 1841-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 41833505-41837531(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr01G002843 Chr01 NC_080387.1:47004512-47004521promoter 内 1725-1734 bp - 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 46996758-47002245(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr02G000293 Chr02 NC_080388.1:3717492-3717501promoter 内 1649-1658 bp - 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 3710868-3715149(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr02G004830 Chr02 NC_080388.1:70400640-70400649promoter 内 1601-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 70403040-70416313(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr02G003912 Chr02 NC_080388.1:61216294-61216303promoter 内 1381-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 61206599-61213683(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGGG
SmilChr01G005987 Chr01 NC_080387.1:75499917-75499926promoter 内 1283-1292 bp - 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 75494137-75497208(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr02G000476 Chr02 NC_080388.1:6551307-6551316promoter 内 1057-1066 bp - 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 6554251-6560125(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTA
SmilChr02G003384 Chr02 NC_080388.1:54960002-54960011promoter 内 755-764 bp - 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 54954313-54956765(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA
SmilChr02G001540 Chr02 NC_080388.1:28660494-28660503promoter 内 582-591 bp - 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 28663913-28666472(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTA
SmilChr03G001100 Chr03 NC_080389.1:12670181-12670190promoter 内 124-133 bp + 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 12665480-12666313(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr02G005432 Chr02 NC_080388.1:74746910-74746919promoter 内 3920-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 74742249-74746838(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr01G000383 Chr01 NC_080387.1:7873771-7873780promoter 内 3838-3847 bp - 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 7873934-7877658(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTA
SmilChr02G002181 Chr02 NC_080388.1:39022009-39022018promoter 内 3812-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 39017312-39021829(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTG
SmilChr02G001137 Chr02 NC_080388.1:20501433-20501442promoter 内 3793-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 20501641-20503792(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTA
SmilChr01G001488 Chr01 NC_080387.1:28658110-28658119promoter 内 3743-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 28658368-28662849(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGA