转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 26 / 128 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001497 Chr03 NC_080389.1:18279006-18279020promoter 内 2377-2391 bp - 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 18280630-18288688(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr02G000202 Chr02 NC_080388.1:2604830-2604844promoter 内 2347-2361 bp - 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 2606484-2608618(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr03G004616 Chr03 NC_080389.1:63869008-63869022promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 63865566-63867272(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGCGG
SmilChr02G000924 Chr02 NC_080388.1:16072697-16072711promoter 内 1723-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 16069378-16070433(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr01G002137 Chr01 NC_080387.1:37353839-37353853promoter 内 1601-1615 bp - 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 37346822-37351453(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr08G000932 Chr08 NC_080394.1:6905698-6905712promoter 内 1594-1608 bp + 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 6908105-6916562(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCG
SmilChr08G000934 Chr08 NC_080394.1:6925257-6925271promoter 内 1576-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 6927682-6936138(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCG
SmilChr05G004252 Chr05 NC_080391.1:56316854-56316868promoter 内 1420-1434 bp - 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 56319435-56322856(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr05G002657 Chr05 NC_080391.1:30075537-30075551promoter 内 1116-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 30071236-30072666(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr01G004314 Chr01 NC_080387.1:61320176-61320190promoter 内 716-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 61312743-61316905(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGACT
SmilChr04G000564 Chr04 NC_080390.1:6295170-6295184promoter 内 637-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 6287465-6291820(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr05G001536 Chr05 NC_080391.1:14046573-14046587promoter 内 593-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 14039608-14043179(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr04G000151 Chr04 NC_080390.1:1326295-1326309promoter 内 298-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 1318684-1322606(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr01G004136 Chr01 NC_080387.1:59880101-59880115promoter 内 170-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 59875231-59876284(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCGGTGGAGGCGG
SmilChr02G001705 Chr02 NC_080388.1:31360788-31360802promoter 内 3570-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 31361219-31369495(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr02G002064 Chr02 NC_080388.1:37202277-37202291promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 37199198-37201850(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr07G000592 Chr07 NC_080393.1:4039021-4039035promoter 内 3471-3485 bp + 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 4032483-4038505(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr03G003681 Chr03 NC_080389.1:55654095-55654109promoter 内 3443-3457 bp - 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 55654653-55655777(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTAGCGG
SmilChr02G004223 Chr02 NC_080388.1:64439419-64439433promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 64440179-64441027(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCA
SmilChr04G001209 Chr04 NC_080390.1:18727540-18727554promoter 内 3106-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 18725288-18726659(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGCTGG
SmilChr08G000767 Chr08 NC_080394.1:5672550-5672564promoter 内 3008-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 5673543-5674010(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGC
SmilChr04G001438 Chr04 NC_080390.1:23459134-23459148promoter 内 2864-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 23460271-23461244(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr01G003607 Chr01 NC_080387.1:54612567-54612581promoter 内 2834-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 54610428-54611414(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr03G002464 Chr03 NC_080389.1:39083205-39083219promoter 内 2821-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 39084385-39090529(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGC
SmilChr01G002668 Chr01 NC_080387.1:44898522-44898536promoter 内 2818-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 44896410-44897353(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr05G000991 Chr05 NC_080391.1:8045817-8045831promoter 内 2797-2811 bp - 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 8047021-8048763(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr03G000488 Chr03 NC_080389.1:5219015-5219029promoter 内 2775-2789 bp + 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 5220241-5222556(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr06G001003 Chr06 NC_080392.1:9938745-9938759promoter 内 2724-2738 bp - 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 9925384-9937482(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCG
SmilChr01G002509 Chr01 NC_080387.1:42984499-42984513promoter 内 2701-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 42985799-42988442(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr07G003873 Chr07 NC_080393.1:48271496-48271510promoter 内 2568-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 48257437-48270077(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGACT
SmilChr04G001802 Chr04 NC_080390.1:29514810-29514824promoter 内 2409-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 29511660-29513232(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr02G000030 Chr02 NC_080388.1:367930-367944promoter 内 2372-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 369559-370816(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCCGTGG
SmilChr07G000553 Chr07 NC_080393.1:3815933-3815947promoter 内 2162-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 3811121-3814108(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr03G003236 Chr03 NC_080389.1:50261859-50261873promoter 内 2140-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 50263720-50268385(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr07G004472 Chr07 NC_080393.1:57282963-57282977promoter 内 2136-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 57277485-57281112(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCTCCACCGCCG
SmilChr01G003222 Chr01 NC_080387.1:50994216-50994230promoter 内 2098-2112 bp - 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 50981776-50992327(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
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