转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 28 / 128 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001284 Chr03 NC_080389.1:15023117-15023131promoter 内 615-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 15017006-15019745(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGC
SmilChr01G001230 Chr01 NC_080387.1:24720489-24720503promoter 内 590-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 24723900-24725622(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr04G000741 Chr04 NC_080390.1:9107191-9107205promoter 内 558-572 bp + 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 9101059-9103762(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGTGGAGGTGG
SmilChr08G002484 Chr08 NC_080394.1:23745210-23745224promoter 内 510-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 23748701-23750736(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr02G001552 Chr02 NC_080388.1:28803020-28803034promoter 内 421-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 28806600-28807767(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr01G000237 Chr01 NC_080387.1:4439231-4439245promoter 内 386-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 4442846-4444444(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr01G002308 Chr01 NC_080387.1:40010604-40010618promoter 内 317-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40014288-40021864(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGTGGAGGTGG
SmilChr04G003661 Chr04 NC_080390.1:53076517-53076531promoter 内 299-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53080219-53085777(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr01G002984 Chr01 NC_080387.1:48771019-48771033promoter 内 164-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 48764304-48767196(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGTGGAGGTGG
SmilChr01G003950 Chr01 NC_080387.1:57874457-57874471promoter 内 66-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57878392-57882862(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCG
SmilChr07G003855 Chr07 NC_080393.1:47840895-47840909promoter 内 19-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 47844877-47857612(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGAGT
SmilChr04G002280 Chr04 NC_080390.1:37033028-37033042promoter 内 1-15 bp - 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 37037028-37037846(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr01G004041 Chr01 NC_080387.1:58821739-58821753promoter 内 2118-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 17 58823622-58827516(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCA
SmilChr01G005074 Chr01 NC_080387.1:68620109-68620123promoter 内 1644-1658 bp + 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 6 68622466-68624722(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCTA
SmilChr01G002747 Chr01 NC_080387.1:45793413-45793427promoter 内 1244-1258 bp + 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 5 45796170-45797467(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCTA
SmilChr07G002037 Chr07 NC_080393.1:18475269-18475283promoter 内 2991-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 18473101-18474273(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGGAGG
SmilChr04G001585 Chr04 NC_080390.1:26340242-26340256promoter 内 1736-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 26342507-26355706(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGTCGGTGGAGGTGG
SmilChr02G003176 Chr02 NC_080388.1:52885733-52885747promoter 内 1432-1446 bp - 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 52888302-52888943(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGGCG
SmilChr06G001009 Chr06 NC_080392.1:9985084-9985098promoter 内 3462-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 9980226-9984559(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCTCCACCGCCA
SmilChr05G001344 Chr05 NC_080391.1:11873025-11873039promoter 内 3302-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 11873724-11877614(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGGAGG
SmilChr07G001067 Chr07 NC_080393.1:7861309-7861323promoter 内 3098-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 7858052-7860420(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCGCCACCGCCT
SmilChr02G003011 Chr02 NC_080388.1:50762615-50762629promoter 内 1994-2008 bp + 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 50759571-50760622(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGGCG
SmilChr07G001068 Chr07 NC_080393.1:7861309-7861323promoter 内 794-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 7864516-7867968(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGGCG
SmilChr03G001559 Chr03 NC_080389.1:19654643-19654657promoter 内 504-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 19658140-19659509(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGGCG
SmilChr07G003062 Chr07 NC_080393.1:32008851-32008865promoter 内 266-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 32012586-32014209(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGGAGG
SmilChr03G001558 Chr03 NC_080389.1:19654643-19654657promoter 内 3503-3517 bp - 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 19644373-19654159(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCGCCACCGCCT
SmilChr01G002503 Chr01 NC_080387.1:42886452-42886466promoter 内 3087-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 42885479-42885552(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCA
SmilChr04G003295 Chr04 NC_080390.1:49664709-49664723promoter 内 2972-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 49665738-49666697(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCTA
SmilChr01G000387 Chr01 NC_080387.1:7994710-7994724promoter 内 2455-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 7989877-7993178(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTAGCGG
SmilChr08G002585 Chr08 NC_080394.1:25182027-25182041promoter 内 2320-2334 bp + 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 25183708-25187363(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCGCCACCGCCT
SmilChr04G004121 Chr04 NC_080390.1:56074239-56074253promoter 内 2264-2278 bp + 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 56075976-56078817(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCTA
SmilChr01G005384 Chr01 NC_080387.1:71123358-71123372promoter 内 3951-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 71121235-71123322(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCA
SmilChr07G001327 Chr07 NC_080393.1:10208568-10208582promoter 内 3653-3667 bp - 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10206510-10208234(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCTCCACCGCCA
SmilChr01G005380 Chr01 NC_080387.1:71029966-71029980promoter 内 3538-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 71030429-71031319(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCA
SmilChr05G000406 Chr05 NC_080391.1:3063730-3063744promoter 内 3507-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3058966-3063250(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCAGCCACCGCCT
SmilChr01G002634 Chr01 NC_080387.1:44627036-44627050promoter 内 3445-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44621596-44626494(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTCTCCACCGCCA
SmilChr02G002178 Chr02 NC_080388.1:39007278-39007292promoter 内 3152-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 39003123-39006443(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr01G001517 Chr01 NC_080387.1:29047956-29047970promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 29048994-29051927(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCA
SmilChr06G002963 Chr06 NC_080392.1:42410032-42410046promoter 内 2747-2761 bp - 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42405206-42408792(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCTCCACCGCCA
SmilChr06G002960 Chr06 NC_080392.1:42391967-42391981promoter 内 2138-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42393830-42394441(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGTCG
SmilChr06G002771 Chr06 NC_080392.1:40300206-40300220promoter 内 1152-1166 bp - 2835 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 40303055-40306043(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGAGC
SmilChr01G001440 Chr01 NC_080387.1:28071138-28071152promoter 内 942-956 bp - 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 28074197-28079798(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr01G004906 Chr01 NC_080387.1:67106847-67106861promoter 内 872-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 67109976-67110610(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGAGC
SmilChr06G002958 Chr06 NC_080392.1:42391967-42391981promoter 内 667-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42385067-42388647(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCTCCACCGCCA
SmilChr06G002807 Chr06 NC_080392.1:40785344-40785358promoter 内 498-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 40780705-40781855(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGAGA
SmilChr05G001630 Chr05 NC_080391.1:15222575-15222589promoter 内 336-350 bp - 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 15213235-15218924(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCCA
SmilChr01G004904 Chr01 NC_080387.1:67106847-67106861promoter 内 203-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 67101257-67103063(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCTCCACCGCCA
SmilChr04G003115 Chr04 NC_080390.1:47701218-47701232promoter 内 200-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47705019-47707728(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCA
SmilChr07G001228 Chr07 NC_080393.1:9410400-9410414promoter 内 117-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9414284-9421385(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGAGGGGG
SmilChr04G002393 Chr04 NC_080390.1:38448747-38448761promoter 内 78-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 38442411-38444838(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTAGCGG