转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 28 / 142 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004772 Chr01 NC_080387.1:65911776-65911790promoter 内 1114-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 65905160-65908903(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCTCCA
SmilChr01G005465 Chr01 NC_080387.1:71657991-71658005promoter 内 65-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 71651753-71654069(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTGGTAGTTAGA
SmilChr07G002659 Chr07 NC_080393.1:25793182-25793196promoter 内 3557-3571 bp + 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 25781401-25792752(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G002260 Chr03 NC_080389.1:35588000-35588014promoter 内 3430-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35582928-35587443(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTCTAC
SmilChr02G002046 Chr02 NC_080388.1:36865028-36865042promoter 内 3382-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 36865647-36866610(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCACACC
SmilChr04G000505 Chr04 NC_080390.1:5510601-5510615promoter 内 3331-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5511271-5516428(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGATGGTAGGTGGC
SmilChr07G004580 Chr07 NC_080393.1:58591238-58591252promoter 内 2839-2853 bp + 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 58577592-58590090(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTA
SmilChr08G001092 Chr08 NC_080394.1:8428030-8428044promoter 内 2708-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 8419520-8426751(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTGGTAGGTGTC
SmilChr01G001426 Chr01 NC_080387.1:27903817-27903831promoter 内 2313-2327 bp - 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27899043-27902143(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCAATCC
SmilChr01G004723 Chr01 NC_080387.1:65426749-65426763promoter 内 2228-2242 bp + 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 65423872-65424990(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTGCGGTAGGTGAG
SmilChr02G002047 Chr02 NC_080388.1:36865028-36865042promoter 内 2140-2154 bp + 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 36866889-36867572(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCACACC
SmilChr02G003396 Chr02 NC_080388.1:55083236-55083250promoter 内 2064-2078 bp - 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55085173-55089489(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGAAGGTAGGTGGG
SmilChr06G000652 Chr06 NC_080392.1:5757748-5757762promoter 内 2035-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5754538-5755796(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAACCC
SmilChr01G005004 Chr01 NC_080387.1:68097716-68097730promoter 内 2031-2045 bp - 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 68092459-68095760(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTAACTACCACACC
SmilChr03G002056 Chr03 NC_080389.1:31296128-31296142promoter 内 1930-1944 bp - 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 31291352-31294071(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCAACCACCAT
SmilChr08G000785 Chr08 NC_080394.1:5792869-5792883promoter 内 1886-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5789720-5790768(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTA
SmilChr01G001189 Chr01 NC_080387.1:24048109-24048123promoter 内 1812-1826 bp - 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 24044763-24045934(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTCCGC
SmilChr04G001153 Chr04 NC_080390.1:17003173-17003187promoter 内 1440-1454 bp + 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 17005734-17013027(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTCGTC
SmilChr07G000464 Chr07 NC_080393.1:3272693-3272707promoter 内 1413-1427 bp - 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3268767-3270119(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTCTGC
SmilChr02G000292 Chr02 NC_080388.1:3701552-3701566promoter 内 1254-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3704299-3707126(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCAATCT
SmilChr04G003835 Chr04 NC_080390.1:54403186-54403200promoter 内 1139-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54390377-54400338(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAAA
SmilChr08G003211 Chr08 NC_080394.1:32923541-32923555promoter 内 1086-1100 bp + 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 32926456-32928203(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCATATT
SmilChr08G001942 Chr08 NC_080394.1:17054362-17054376promoter 内 975-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 17048853-17051350(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTA
SmilChr04G000699 Chr04 NC_080390.1:8153721-8153735promoter 内 567-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 8149885-8150301(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCACCTACCTCCGC
SmilChr03G003423 Chr03 NC_080389.1:52552226-52552240promoter 内 426-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 52555801-52557613(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACACTTC
SmilChr01G006137 Chr01 NC_080387.1:76892234-76892248promoter 内 395-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 76884284-76888642(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCAAAAG
SmilChr01G001190 Chr01 NC_080387.1:24048109-24048123promoter 内 259-273 bp - 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 24051851-24054332(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGGAAGTAGGTGGG
SmilChr02G005490 Chr02 NC_080388.1:75072759-75072773promoter 内 3195-3209 bp - 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 75070422-75071967(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCAAGC
SmilChr02G005491 Chr02 NC_080388.1:75072759-75072773promoter 内 856-870 bp - 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 75075904-75082376(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTTGGGTAGGTGGA
SmilChr04G003726 Chr04 NC_080390.1:53594465-53594479promoter 内 3953-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 53590583-53594431(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCAAAC
SmilChr05G000079 Chr05 NC_080391.1:407030-407044promoter 内 1959-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 403881-405002(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCATTGA
SmilChr02G005489 Chr02 NC_080388.1:75072759-75072773promoter 内 1320-1334 bp - 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 75065089-75070092(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCAAGC
SmilChr05G002906 Chr05 NC_080391.1:34912289-34912303promoter 内 1226-1240 bp - 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 34915064-34922536(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAGAGGTAGGTGAA
SmilChr07G002398 Chr07 NC_080393.1:22334868-22334882promoter 内 556-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 22330688-22331437(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACAG
SmilChr08G004023 Chr08 NC_080394.1:48669065-48669079promoter 内 3965-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 48658637-48669043(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCAACCA
SmilChr08G004682 Chr08 NC_080394.1:56315494-56315508promoter 内 3963-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56315532-56317087(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCACTTC
SmilChr08G001384 Chr08 NC_080394.1:11057954-11057968promoter 内 3898-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 11056273-11057865(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCACCCA
SmilChr04G002469 Chr04 NC_080390.1:39508425-39508439promoter 内 3557-3571 bp + 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 39506184-39507995(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGGGGTAGGTAGG
SmilChr03G001056 Chr03 NC_080389.1:12285551-12285565promoter 内 3483-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 12282066-12285047(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGAGGTAGGTAGA
SmilChr06G003070 Chr06 NC_080392.1:43597935-43597949promoter 内 3402-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 43596472-43597350(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCAGAGC
SmilChr01G004464 Chr01 NC_080387.1:62746211-62746225promoter 内 3206-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 62743094-62745430(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTCCAC
SmilChr05G003364 Chr05 NC_080391.1:44482578-44482592promoter 内 3181-3195 bp + 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 44481446-44481772(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGTTGGTAGGTGAA
SmilChr01G000666 Chr01 NC_080387.1:14818304-14818318promoter 内 3087-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 14814848-14817404(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGAGGTAGGTAGA
SmilChr05G002109 Chr05 NC_080391.1:22105272-22105286promoter 内 2931-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 22106342-22109510(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACTACCACCCA
SmilChr08G004025 Chr08 NC_080394.1:48669065-48669079promoter 内 2622-2636 bp - 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 48670444-48671559(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGTTGGTAGGTGAA
SmilChr08G004683 Chr08 NC_080394.1:56315494-56315508promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56317029-56320889(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCACTTC
SmilChr02G004047 Chr02 NC_080388.1:62798633-62798647promoter 内 1970-1984 bp - 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 62793216-62796616(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCAACTACCACGTC
SmilChr05G001914 Chr05 NC_080391.1:19417013-19417027promoter 内 1944-1958 bp - 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 19411569-19414970(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCAACCACCACCAA
SmilChr03G002548 Chr03 NC_080389.1:40658427-40658441promoter 内 1568-1582 bp + 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 40648123-40656008(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAGAGGTAGGTGTG
SmilChr01G001321 Chr01 NC_080387.1:26229364-26229378promoter 内 1492-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 26231873-26232954(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCGCCTC