转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 29 / 167 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003090 Chr08 NC_080394.1:31112266-31112277promoter 内 3942-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 31111109-31112218(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCACT
SmilChr02G004726 Chr02 NC_080388.1:69505774-69505785promoter 内 3868-3879 bp + 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 69505907-69508790(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCACT
SmilChr03G003500 Chr03 NC_080389.1:53617488-53617499promoter 内 3622-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 53617867-53619696(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAGCACGCCACA
SmilChr04G003124 Chr04 NC_080390.1:47854617-47854628promoter 内 3224-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 47851420-47853851(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCACT
SmilChr03G002734 Chr03 NC_080389.1:43440865-43440876promoter 内 3189-3200 bp + 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 43441677-43449727(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCACT
SmilChr07G002158 Chr07 NC_080393.1:19736288-19736299promoter 内 3186-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 19728434-19735484(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGCTT
SmilChr08G001134 Chr08 NC_080394.1:8911030-8911041promoter 内 3168-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8911863-8913055(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAGCACGCCACA
SmilChr03G002750 Chr03 NC_080389.1:43679924-43679935promoter 内 3097-3108 bp + 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 43680828-43688933(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCACT
SmilChr04G001999 Chr04 NC_080390.1:32339409-32339420promoter 内 3034-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 32335424-32338453(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATACACGCCACC
SmilChr01G005368 Chr01 NC_080387.1:70896226-70896237promoter 内 2758-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 70892558-70894994(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCACT
SmilChr01G004503 Chr01 NC_080387.1:63135048-63135059promoter 内 2692-2703 bp + 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 63129544-63133750(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr08G001463 Chr08 NC_080394.1:11785658-11785669promoter 内 2542-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 11787117-11790660(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr02G003020 Chr02 NC_080388.1:50890440-50890451promoter 内 2513-2524 bp + 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 50891928-50894781(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCACT
SmilChr01G004459 Chr01 NC_080387.1:62708171-62708182promoter 内 2480-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 62709692-62712192(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr05G004197 Chr05 NC_080391.1:55838439-55838450promoter 内 2480-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 55832925-55836929(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr05G001882 Chr05 NC_080391.1:19090633-19090644promoter 内 2437-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 19092197-19094948(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr03G001731 Chr03 NC_080389.1:23265317-23265328promoter 内 2381-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 23261323-23263708(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr06G000671 Chr06 NC_080392.1:5885359-5885370promoter 内 2180-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 5881993-5883549(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr04G002885 Chr04 NC_080390.1:45053652-45053663promoter 内 2140-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 45055513-45056951(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCACT
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59285737-59285748promoter 内 2023-2034 bp - 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 59287715-59289915(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr01G002747 Chr01 NC_080387.1:45793834-45793845promoter 内 1665-1676 bp - 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 45796170-45797467(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTGT
SmilChr03G002899 Chr03 NC_080389.1:45707220-45707231promoter 内 1660-1671 bp + 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 45703259-45704890(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr06G000103 Chr06 NC_080392.1:734824-734835promoter 内 1646-1657 bp - 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 737179-739091(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr03G002898 Chr03 NC_080389.1:45707220-45707231promoter 内 1584-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 45700987-45704814(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr05G001861 Chr05 NC_080391.1:18644607-18644618promoter 内 1281-1292 bp - 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 18647327-18649000(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTGT
SmilChr02G005562 Chr02 NC_080388.1:75546630-75546641promoter 内 1176-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 75549455-75554805(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACA
SmilChr08G003363 Chr08 NC_080394.1:35120512-35120523promoter 内 1121-1132 bp - 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 35123392-35127058(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr06G000670 Chr06 NC_080392.1:5885359-5885370promoter 内 550-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 5877930-5881919(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr01G001726 Chr01 NC_080387.1:31800494-31800505promoter 内 533-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 31794900-31797037(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr03G003083 Chr03 NC_080389.1:47881944-47881955promoter 内 492-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 47877677-47878446(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGCAA
SmilChr02G005560 Chr02 NC_080388.1:75546630-75546641promoter 内 428-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 75540696-75543068(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGCAA
SmilChr03G003084 Chr03 NC_080389.1:47881944-47881955promoter 内 419-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 47885526-47886527(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACA
SmilChr04G002883 Chr04 NC_080390.1:45053652-45053663promoter 内 192-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 45048692-45049854(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTCT
SmilChr01G004201 Chr01 NC_080387.1:60478791-60478802promoter 内 3382-3393 bp + 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 60477960-60478183(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGCCC
SmilChr03G000762 Chr03 NC_080389.1:8716456-8716467promoter 内 3587-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 8714701-8716053(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGCGT
SmilChr07G000930 Chr07 NC_080393.1:6635040-6635051promoter 内 2271-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 6631624-6633321(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGCGG
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