转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 29 / 149 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001003 Chr03 NC_080389.1:11345461-11345469promoter 内 721-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 11348741-11353651(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr01G004863 Chr01 NC_080387.1:66762321-66762329promoter 内 689-697 bp - 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 66765633-66772172(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr04G001721 Chr04 NC_080390.1:28474333-28474341promoter 内 666-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 28477668-28482053(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr02G001988 Chr02 NC_080388.1:35899040-35899048promoter 内 572-580 bp + 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 35892180-35895619(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr01G004861 Chr01 NC_080387.1:66762321-66762329promoter 内 512-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 66758287-66758840(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr01G005339 Chr01 NC_080387.1:70620391-70620399promoter 内 483-491 bp + 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 70623909-70625403(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr03G001942 Chr03 NC_080389.1:27669952-27669960promoter 内 441-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 27664212-27666400(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr03G002250 Chr03 NC_080389.1:35434638-35434646promoter 内 424-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 35428730-35431069(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr04G001290 Chr04 NC_080390.1:20564026-20564034promoter 内 370-378 bp - 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 20567657-20568346(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr01G000208 Chr01 NC_080387.1:3626701-3626709promoter 内 362-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 3616537-3623070(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr03G001349 Chr03 NC_080389.1:15727610-15727618promoter 内 353-361 bp + 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 15731258-15734814(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr01G003048 Chr01 NC_080387.1:49447236-49447244promoter 内 334-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 49450903-49452158(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr01G005505 Chr01 NC_080387.1:71912139-71912147promoter 内 328-336 bp + 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 71906613-71908474(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr02G004442 Chr02 NC_080388.1:66783706-66783714promoter 内 325-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 66787382-66787453(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr03G000591 Chr03 NC_080389.1:6577496-6577504promoter 内 240-248 bp - 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 6572757-6573743(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr01G003923 Chr01 NC_080387.1:57476618-57476626promoter 内 234-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 57480385-57485705(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr04G000214 Chr04 NC_080390.1:1886687-1886695promoter 内 224-232 bp + 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 1890464-1893442(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr03G001627 Chr03 NC_080389.1:20924124-20924132promoter 内 214-222 bp + 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 20927911-20928017(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr03G000268 Chr03 NC_080389.1:3101524-3101532promoter 内 200-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 3094510-3097731(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr01G005864 Chr01 NC_080387.1:74583379-74583387promoter 内 193-201 bp - 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 74579473-74579579(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr03G003847 Chr03 NC_080389.1:57582819-57582827promoter 内 193-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 57575915-57579019(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr01G005863 Chr01 NC_080387.1:74577524-74577532promoter 内 192-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 74573617-74573723(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr02G004443 Chr02 NC_080388.1:66783706-66783714promoter 内 185-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 66787522-66787594(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr03G002612 Chr03 NC_080389.1:41520331-41520339promoter 内 162-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 41524170-41524241(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3681613-3681621promoter 内 65-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 3676633-3677685(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr04G002739 Chr04 NC_080390.1:43064875-43064883promoter 内 58-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 43058843-43060940(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr03G000258 Chr03 NC_080389.1:3015434-3015442promoter 内 30-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 3019405-3042594(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGC
SmilChr04G002725 Chr04 NC_080390.1:42863486-42863494promoter 内 25-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 42853277-42859518(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr03G000371 Chr03 NC_080389.1:4157039-4157047promoter 内 12-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 4150391-4153058(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAA
SmilChr04G002306 Chr04 NC_080390.1:37333828-37333836promoter 内 876-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 37336953-37339538(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr03G002441 Chr03 NC_080389.1:38752446-38752454promoter 内 489-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 38755958-38757062(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G003807 Chr02 NC_080388.1:59688345-59688353promoter 内 2449-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 59689897-59692100(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr04G001683 Chr04 NC_080390.1:27866289-27866297promoter 内 961-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 27861115-27863257(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr01G002278 Chr01 NC_080387.1:39547732-39547740promoter 内 3809-3817 bp - 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 39547924-39548787(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr01G005188 Chr01 NC_080387.1:69588973-69588981promoter 内 3772-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 69589202-69590147(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr02G000446 Chr02 NC_080388.1:5842540-5842548promoter 内 3681-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 5841578-5842228(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50703808-50703816promoter 内 3625-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 50704184-50705021(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr01G000843 Chr01 NC_080387.1:18273862-18273870promoter 内 3428-3436 bp - 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 18274435-18279623(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr02G000384 Chr02 NC_080388.1:4793335-4793343promoter 内 3375-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 4793961-4795480(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr02G003999 Chr02 NC_080388.1:62335541-62335549promoter 内 3341-3349 bp + 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 62336201-62339144(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr03G000729 Chr03 NC_080389.1:8213010-8213018promoter 内 3324-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 8211273-8212341(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr03G000690 Chr03 NC_080389.1:7689409-7689417promoter 内 3207-3215 bp + 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 7690203-7691284(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr03G004489 Chr03 NC_080389.1:63012338-63012346promoter 内 3180-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 63007339-63011525(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr03G003703 Chr03 NC_080389.1:55979081-55979089promoter 内 3140-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 55979942-55982925(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr04G001043 Chr04 NC_080390.1:14842212-14842220promoter 内 3106-3114 bp - 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 14843107-14843833(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr03G004571 Chr03 NC_080389.1:63617432-63617440promoter 内 2998-3006 bp + 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 63618435-63621305(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr01G005177 Chr01 NC_080387.1:69505629-69505637promoter 内 2656-2664 bp - 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 69506974-69508217(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr03G003172 Chr03 NC_080389.1:49095960-49095968promoter 内 2608-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 49092602-49094575(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr04G002365 Chr04 NC_080390.1:38127845-38127853promoter 内 2570-2578 bp + 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 38129276-38147538(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G001114 Chr02 NC_080388.1:20110433-20110441promoter 内 2408-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 20105086-20108848(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC