转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 29 / 123 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001089 Chr04 NC_080390.1:15609328-15609342promoter 内 1621-1635 bp + 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15606104-15606962(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCG
SmilChr04G000080 Chr04 NC_080390.1:719640-719654promoter 内 1620-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 722021-725426(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCGCCGTCGGTGGC
SmilChr04G001901 Chr04 NC_080390.1:31054616-31054630promoter 内 1586-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31057031-31060003(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGGGTGGCGGTGGT
SmilChr04G003622 Chr04 NC_080390.1:52726340-52726354promoter 内 1520-1534 bp + 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52722899-52723873(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCACG
SmilChr04G002572 Chr04 NC_080390.1:41038237-41038251promoter 内 1251-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 41034997-41035501(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTAGCTGTCGGTGCT
SmilChr01G003407 Chr01 NC_080387.1:52730261-52730275promoter 内 1237-1251 bp + 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52733025-52736021(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACTCCGTCGGTGGG
SmilChr04G000400 Chr04 NC_080390.1:4140743-4140757promoter 内 1202-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4136911-4137958(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAGCTAC
SmilChr03G003773 Chr03 NC_080389.1:56894864-56894878promoter 内 937-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56886100-56891814(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAGTATC
SmilChr04G000063 Chr04 NC_080390.1:579056-579070promoter 内 928-942 bp + 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 571834-575997(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGTTGTC
SmilChr03G002943 Chr03 NC_080389.1:46160676-46160690promoter 内 912-926 bp - 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46163765-46168829(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCG
SmilChr02G001162 Chr02 NC_080388.1:21208373-21208387promoter 内 903-917 bp - 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21211471-21212307(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGAATC
SmilChr05G003447 Chr05 NC_080391.1:45843883-45843897promoter 内 802-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45847082-45852499(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAGCTAC
SmilChr01G003647 Chr01 NC_080387.1:54946308-54946322promoter 内 666-680 bp - 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54949643-54949781(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAATTCT
SmilChr08G003672 Chr08 NC_080394.1:40736094-40736108promoter 内 600-614 bp - 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 40729710-40732707(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTAGCTGTCGGTGCT
SmilChr04G001576 Chr04 NC_080390.1:26186871-26186885promoter 内 548-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 26181239-26183432(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAGCTAC
SmilChr04G000455 Chr04 NC_080390.1:4818866-4818880promoter 内 526-540 bp - 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4822341-4824826(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCACT
SmilChr04G002828 Chr04 NC_080390.1:44368887-44368901promoter 内 422-436 bp - 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 44372466-44374581(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAGTATC
SmilChr04G001088 Chr04 NC_080390.1:15609328-15609342promoter 内 274-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15601917-15605615(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCG
SmilChr03G004043 Chr03 NC_080389.1:59431521-59431535promoter 内 216-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 59424271-59427750(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCACT
SmilChr02G004244 Chr02 NC_080388.1:64634327-64634341promoter 内 153-167 bp + 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 64638175-64643463(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGGCGTCGGTGAT
SmilChr02G003227 Chr02 NC_080388.1:53530237-53530251promoter 内 54-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53534184-53541115(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCAGGCGTCGGTGGT
SmilChr01G005651 Chr01 NC_080387.1:72894249-72894263promoter 内 53-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 72889589-72890315(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCCATGTCGGTGGC
SmilChr02G005031 Chr02 NC_080388.1:72028872-72028886promoter 内 51-65 bp - 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 72032822-72037578(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAACACA
SmilChr01G002794 Chr01 NC_080387.1:46450105-46450119promoter 内 177-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 6 46443274-46446295(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAA
SmilChr06G000872 Chr06 NC_080392.1:8246181-8246195promoter 内 2159-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 8241384-8244353(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr07G002222 Chr07 NC_080393.1:20451125-20451139promoter 内 3911-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 20451215-20451918(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr06G001337 Chr06 NC_080392.1:13908177-13908191promoter 内 2718-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 13900140-13906908(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr03G001505 Chr03 NC_080389.1:18404675-18404689promoter 内 2648-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 18406028-18407845(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACGGCGTCGGTGCT
SmilChr08G000485 Chr08 NC_080394.1:3480185-3480199promoter 内 2604-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 3481582-3486509(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr01G002494 Chr01 NC_080387.1:42691812-42691826promoter 内 2389-2403 bp - 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 42685787-42690214(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr08G002900 Chr08 NC_080394.1:28972540-28972554promoter 内 2194-2208 bp + 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 28974347-28976583(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGTCGGTGAT
SmilChr08G001733 Chr08 NC_080394.1:14579215-14579229promoter 内 2162-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 14571580-14577390(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr01G001185 Chr01 NC_080387.1:23965413-23965427promoter 内 1988-2002 bp - 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 23967426-23968862(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr07G001320 Chr07 NC_080393.1:10141108-10141122promoter 内 1679-1693 bp + 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 10143430-10143798(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G003790 Chr02 NC_080388.1:59555278-59555292promoter 内 1199-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 59550439-59552490(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr01G004833 Chr01 NC_080387.1:66458981-66458995promoter 内 1151-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 66461831-66464241(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G001151 Chr02 NC_080388.1:20966978-20966992promoter 内 474-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 20970505-20972712(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
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SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62116739-62116753promoter 内 1803-1817 bp - 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 62118937-62120651(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGCTAC
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SmilChr03G003075 Chr03 NC_080389.1:47782318-47782332promoter 内 1616-1630 bp + 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 47777344-47779947(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAACGAG