转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 29 / 134 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001237 Chr01 NC_080387.1:24793789-24793803promoter 内 1022-1036 bp + 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 24788419-24790824(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCTTCGG
SmilChr08G001596 Chr08 NC_080394.1:13196709-13196723promoter 内 579-593 bp - 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 13193220-13193301(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGACCGACATCA
SmilChr01G004936 Chr01 NC_080387.1:67464465-67464479promoter 内 392-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 67459992-67460870(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACGTCGGCAGCAG
SmilChr08G001608 Chr08 NC_080394.1:13321865-13321879promoter 内 186-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 13317983-13318064(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGACCGACATCA
SmilChr02G004581 Chr02 NC_080388.1:68304696-68304710promoter 内 3947-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 68300347-68304656(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGGCCGACATAA
SmilChr01G001598 Chr01 NC_080387.1:30131372-30131386promoter 内 3937-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 30131436-30143890(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACGTCGGCAGCAG
SmilChr03G002756 Chr03 NC_080389.1:43812616-43812630promoter 内 3784-3798 bp - 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 43808536-43812413(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCGTGCCGACATGT
SmilChr01G001613 Chr01 NC_080387.1:30263973-30263987promoter 内 3708-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 30259574-30263694(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGCAGATG
SmilChr05G002164 Chr05 NC_080391.1:22900457-22900471promoter 内 3247-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 22901211-22902727(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCGGTGT
SmilChr07G002203 Chr07 NC_080393.1:20278849-20278863promoter 内 3222-3236 bp + 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 20279628-20283822(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGCGGCCGACATGT
SmilChr04G003532 Chr04 NC_080390.1:51668813-51668827promoter 内 3217-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51667972-51668043(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTCGACCGACATGT
SmilChr01G004148 Chr01 NC_080387.1:60015872-60015886promoter 内 3170-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60012863-60015055(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCAACGC
SmilChr01G002391 Chr01 NC_080387.1:41175274-41175288promoter 内 3105-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41176170-41179598(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTCACCGACATAA
SmilChr01G002915 Chr01 NC_080387.1:47874315-47874329promoter 内 2959-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47875357-47883424(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGACCGACATCA
SmilChr08G004389 Chr08 NC_080394.1:53662865-53662879promoter 内 2942-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53661175-53661820(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCCTCGA
SmilChr05G003613 Chr05 NC_080391.1:48225379-48225393promoter 内 2705-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 48226675-48229866(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTCCGCCGACAACG
SmilChr01G001779 Chr01 NC_080387.1:32685447-32685461promoter 内 2672-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 32686776-32690199(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGGTGC
SmilChr05G002842 Chr05 NC_080391.1:33766927-33766941promoter 内 2671-2685 bp + 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33764585-33765611(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCCCAAG
SmilChr05G004141 Chr05 NC_080391.1:55374511-55374525promoter 内 2582-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55371173-55373106(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCGTAGG
SmilChr04G000320 Chr04 NC_080390.1:2919420-2919434promoter 内 2476-2490 bp - 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2920945-2921988(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGTGTCGGCGGGAG
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41175274-41175288promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41170890-41173708(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGTGAAAC
SmilChr08G002477 Chr08 NC_080394.1:23688332-23688346promoter 内 2062-2076 bp - 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 23685673-23686407(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTCCACCGACATGT
SmilChr07G001328 Chr07 NC_080393.1:10217064-10217078promoter 内 1992-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10219073-10225590(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACCGCCGACAACA
SmilChr07G001379 Chr07 NC_080393.1:10715848-10715862promoter 内 1972-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10711109-10713833(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCAAAAC
SmilChr08G003632 Chr08 NC_080394.1:39645579-39645593promoter 内 1832-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 39647748-39648651(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGCTGCCGACGTGC
SmilChr04G003533 Chr04 NC_080390.1:51668813-51668827promoter 内 1793-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51671021-51675064(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATGTCGGTCGAAG
SmilChr02G001176 Chr02 NC_080388.1:21639722-21639736promoter 内 1792-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 21634500-21637527(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACTGCCGACATTC
SmilChr08G003100 Chr08 NC_080394.1:31204790-31204804promoter 内 1762-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 31200352-31202565(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGCCGCCGACAAGG
SmilChr05G001557 Chr05 NC_080391.1:14290539-14290553promoter 内 1759-1773 bp - 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 14286013-14288311(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATCGCCGACATTG
SmilChr02G002705 Chr02 NC_080388.1:46907869-46907883promoter 内 1611-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46898764-46905493(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATATGCCGACATAG
SmilChr07G004559 Chr07 NC_080393.1:58342356-58342370promoter 内 1604-1618 bp - 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 58332165-58339973(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTACGCCGACATGA
SmilChr06G003010 Chr06 NC_080392.1:42980222-42980236promoter 内 1545-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 42982678-42983722(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGTGTAGT
SmilChr06G002986 Chr06 NC_080392.1:42657101-42657115promoter 内 1279-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 42650383-42654393(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATAGCCGACATCT
SmilChr07G003023 Chr07 NC_080393.1:31270013-31270027promoter 内 1242-1256 bp + 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 31272772-31277140(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACCGCCGACAACA
SmilChr08G000679 Chr08 NC_080394.1:5056894-5056908promoter 内 981-995 bp - 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5052606-5053888(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AACTGACCGACATGG
SmilChr01G002083 Chr01 NC_080387.1:36778244-36778258promoter 内 913-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 36770893-36775170(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACGTCGGCAGAAA
SmilChr02G004208 Chr02 NC_080388.1:64348676-64348690promoter 内 896-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 64342311-64345585(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACCGCCGACAACA
SmilChr02G000660 Chr02 NC_080388.1:10045493-10045507promoter 内 647-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10033605-10042153(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACCGCCGACAACA
SmilChr03G000447 Chr03 NC_080389.1:4797196-4797210promoter 内 535-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4792703-4793744(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCGCGCCGACACCA
SmilChr04G001731 Chr04 NC_080390.1:28551686-28551700promoter 内 527-541 bp - 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 28555160-28558097(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGTATATG
SmilChr02G004121 Chr02 NC_080388.1:63479838-63479852promoter 内 389-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 63483450-63491767(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTGCGTG
SmilChr01G002360 Chr01 NC_080387.1:40773989-40774003promoter 内 357-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 40764308-40770359(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGGCCGACATCC
SmilChr08G003633 Chr08 NC_080394.1:39645579-39645593promoter 内 144-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 39649436-39652317(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGCTGCCGACGTGC
SmilChr04G002977 Chr04 NC_080390.1:46161464-46161478promoter 内 142-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46156568-46157619(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAACGCCGACAACG
SmilChr01G003490 Chr01 NC_080387.1:53450131-53450145promoter 内 25-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53454107-53456184(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTATGG
SmilChr04G003610 Chr04 NC_080390.1:52591219-52591233promoter 内 444-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 52585272-52587676(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCAGTCG
SmilChr01G004204 Chr01 NC_080387.1:60495638-60495652promoter 内 3866-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 60495773-60497387(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGTCAGCC
SmilChr02G003879 Chr02 NC_080388.1:60858591-60858605promoter 内 3529-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 60859063-60860480(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGTTGCCGACGTCC
SmilChr03G003501 Chr03 NC_080389.1:53635264-53635278promoter 内 2494-2508 bp - 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 53636771-53643349(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCAGCGT
SmilChr05G004316 Chr05 NC_080391.1:56826413-56826427promoter 内 2226-2240 bp + 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 56828188-56831501(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAAGGCCGACATTG