转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 3 / 152 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000660 Chr02 NC_080388.1:10045492-10045506promoter 内 648-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 10033605-10042153(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCGCCGACAACAC
SmilChr07G000823 Chr07 NC_080393.1:5796751-5796765promoter 内 1494-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 6 5799258-5805833(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCCGCGTCGGTGGAG
SmilChr04G000138 Chr04 NC_080390.1:1188922-1188936promoter 内 783-797 bp - 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 6 1179164-1185718(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCGCCGACAAGGG
SmilChr02G000356 Chr02 NC_080388.1:4592280-4592294promoter 内 1653-1667 bp - 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 4594628-4601151(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGCTGTCGGTGGCG
SmilChr08G002448 Chr08 NC_080394.1:23298853-23298867promoter 内 51-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 23287348-23294917(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGATGTCGGTGGCG
SmilChr04G001585 Chr04 NC_080390.1:26340238-26340252promoter 内 1732-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 26342507-26355706(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTGTGTCGGTGGAG
SmilChr08G002488 Chr08 NC_080394.1:23785939-23785953promoter 内 2423-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 23787517-23789223(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTTGTCGGTGGCG
SmilChr01G000777 Chr01 NC_080387.1:16891038-16891052promoter 内 1651-1665 bp - 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 16887178-16888702(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCACCGACATCGT
SmilChr01G002276 Chr01 NC_080387.1:39523248-39523262promoter 内 1202-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 39526047-39527688(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGCTGTCGGTGGCG
SmilChr02G005511 Chr02 NC_080388.1:75231504-75231518promoter 内 501-515 bp - 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 75235004-75238347(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAATTGTCGGCGGAG
SmilChr08G002091 Chr08 NC_080394.1:18803546-18803560promoter 内 270-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 18798638-18799829(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCACCGACAGCAG
SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61396556-61396570promoter 内 3917-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 61396640-61402054(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCACCGACACCCT
SmilChr01G001627 Chr01 NC_080387.1:30334779-30334793promoter 内 3543-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 30335237-30340440(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGCCACCGACGCCGC
SmilChr07G002639 Chr07 NC_080393.1:25516055-25516069promoter 内 2706-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 25517350-25518243(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTTGTCGGCGGCG
SmilChr07G003135 Chr07 NC_080393.1:33262744-33262758promoter 内 2316-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 33264429-33266002(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGGTGTCGGTGGGA
SmilChr07G003138 Chr07 NC_080393.1:33268255-33268269promoter 内 2315-2329 bp - 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 33269941-33271474(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGGTGTCGGTGGGA
SmilChr05G000602 Chr05 NC_080391.1:4536122-4536136promoter 内 1781-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 4531464-4533916(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCACCGACAATAG
SmilChr07G003136 Chr07 NC_080393.1:33262744-33262758promoter 内 1687-1701 bp - 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 33265058-33265253(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGGTGTCGGTGGGA
SmilChr07G003139 Chr07 NC_080393.1:33268255-33268269promoter 内 1686-1700 bp - 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 33270570-33270765(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGGTGTCGGTGGGA
SmilChr03G000250 Chr03 NC_080389.1:2941740-2941754promoter 内 1505-1519 bp + 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 2944236-2951268(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCGCCGACAAGGC
SmilChr01G001625 Chr01 NC_080387.1:30334779-30334793promoter 内 369-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 30329325-30331161(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGCGTCGGTGGCA
SmilChr08G000341 Chr08 NC_080394.1:2374531-2374545promoter 内 3782-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 2371275-2374326(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAAGTGTCGGTGGGG
SmilChr01G003446 Chr01 NC_080387.1:53026612-53026626promoter 内 3324-3338 bp + 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 53027289-53033056(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCACCGACACCTT
SmilChr01G003507 Chr01 NC_080387.1:53646912-53646926promoter 内 3298-3312 bp + 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 53647615-53653795(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCACCGACACCTT
SmilChr06G002799 Chr06 NC_080392.1:40681366-40681380promoter 内 3225-3239 bp + 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 40682142-40689564(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCGCCGACAACAA
SmilChr06G002797 Chr06 NC_080392.1:40672178-40672192promoter 内 3058-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 40669882-40671249(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTTGTCGGCGGCG
SmilChr06G002798 Chr06 NC_080392.1:40681366-40681380promoter 内 3051-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 40679069-40680430(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTTGTCGGCGGCG
SmilChr05G003432 Chr05 NC_080391.1:45580894-45580908promoter 内 3035-3049 bp + 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 45578811-45579942(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTTGTCGGCGGCG
SmilChr06G002547 Chr06 NC_080392.1:36577542-36577556promoter 内 2965-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36578578-36579775(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTTGTCGGCGGCG
SmilChr06G002548 Chr06 NC_080392.1:36586676-36586690promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36587714-36588911(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTTGTCGGCGGCG
SmilChr04G002685 Chr04 NC_080390.1:42292444-42292458promoter 内 1926-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42288245-42290383(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTTGTCGGCGGCG
SmilChr05G000532 Chr05 NC_080391.1:4075617-4075631promoter 内 1899-1913 bp + 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4072232-4073529(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGGTGTCGGTGGAT
SmilChr04G002686 Chr04 NC_080390.1:42292444-42292458promoter 内 1877-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42294568-42297970(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCGCCGACAACAA
SmilChr01G003892 Chr01 NC_080387.1:57226088-57226102promoter 内 1431-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 57216925-57223532(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACGCTAC
SmilChr05G001967 Chr05 NC_080391.1:20236276-20236290promoter 内 768-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 20229411-20233057(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGACACCAC
SmilChr08G003767 Chr08 NC_080394.1:43137199-43137213promoter 内 615-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 43140585-43141480(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCGCCGACAACAA
SmilChr03G000432 Chr03 NC_080389.1:4681149-4681163promoter 内 2733-2747 bp - 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 4682417-4684700(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGCCGTCGGTGGGG
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2679254-2679268promoter 内 2128-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 2675180-2677395(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGCCACCGACACCGA
SmilChr02G001324 Chr02 NC_080388.1:24728189-24728203promoter 内 1563-1577 bp - 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 24730627-24732489(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGATGTCGGTGGAG
SmilChr04G001347 Chr04 NC_080390.1:21836763-21836777promoter 内 381-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 21829499-21833157(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCACCGACAACCG
SmilChr08G001521 Chr08 NC_080394.1:12366120-12366134promoter 内 3867-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 12360556-12366000(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGTCGTCGGTGGCG
SmilChr05G002323 Chr05 NC_080391.1:25037377-25037391promoter 内 3224-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 25035223-25036614(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACACTTA
SmilChr01G004246 Chr01 NC_080387.1:60768766-60768780promoter 内 3088-3102 bp + 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 60765462-60767867(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGTGTGTCGGTGGGG
SmilChr08G003840 Chr08 NC_080394.1:44744532-44744546promoter 内 3071-3085 bp + 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 44745462-44748702(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACACATC
SmilChr03G001049 Chr03 NC_080389.1:12220464-12220478promoter 内 2774-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 12216912-12219251(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGCCGTCGGTGGGG
SmilChr04G002723 Chr04 NC_080390.1:42845372-42845386promoter 内 2405-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 42842831-42843790(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCCTTGTCGGTGGCG
SmilChr06G002956 Chr06 NC_080392.1:42367031-42367045promoter 内 2333-2347 bp + 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 42364787-42365377(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGGTGTCGGTGACG
SmilChr03G000165 Chr03 NC_080389.1:1817278-1817292promoter 内 2068-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 1813038-1815359(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGCCGTCGGTGGGG
SmilChr06G001039 Chr06 NC_080392.1:10298043-10298057promoter 内 1541-1555 bp - 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 10291968-10295597(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCACCGACGCCAG
SmilChr03G000166 Chr03 NC_080389.1:1817278-1817292promoter 内 800-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 1820479-1822311(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCACCGACGGCGC