转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 30 / 123 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004207 Chr01 NC_080387.1:60507200-60507214promoter 内 1438-1452 bp + 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 60509763-60514700(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr05G003120 Chr05 NC_080391.1:39821254-39821268promoter 内 1406-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 39818191-39818673(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr06G001503 Chr06 NC_080392.1:16071304-16071318promoter 内 1382-1396 bp + 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 16073923-16075465(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr07G003746 Chr07 NC_080393.1:45696201-45696215promoter 内 1293-1307 bp + 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 45689843-45693507(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr08G002481 Chr08 NC_080394.1:23722744-23722758promoter 内 1187-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 23714627-23719944(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGCCGAC
SmilChr05G001555 Chr05 NC_080391.1:14270994-14271008promoter 内 1169-1183 bp + 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 14273826-14279752(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGAATTGTCGGTGAA
SmilChr07G003753 Chr07 NC_080393.1:45696201-45696215promoter 内 1132-1146 bp + 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 45693265-45693346(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr01G004435 Chr01 NC_080387.1:62445071-62445085promoter 内 1067-1081 bp + 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 62448005-62450804(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr07G003752 Chr07 NC_080393.1:45696201-45696215promoter 内 973-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 45693107-45693187(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr02G000049 Chr02 NC_080388.1:650686-650700promoter 内 923-937 bp - 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 653764-653844(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr07G003751 Chr07 NC_080393.1:45696201-45696215promoter 内 822-836 bp + 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 45692944-45693036(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr07G001511 Chr07 NC_080393.1:12062766-12062780promoter 内 746-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 12048703-12059525(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr06G002765 Chr06 NC_080392.1:40253743-40253757promoter 内 742-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 40257002-40260600(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGAACC
SmilChr02G003623 Chr02 NC_080388.1:57527173-57527187promoter 内 231-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 57530943-57535126(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G001464 Chr02 NC_080388.1:27365179-27365193promoter 内 153-167 bp + 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 27360610-27361345(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCGCCGACAAAGCT
SmilChr03G003076 Chr03 NC_080389.1:47782318-47782332promoter 内 3953-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47781488-47782284(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAACGAG
SmilChr08G000022 Chr08 NC_080394.1:156152-156166promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 154534-156108(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr01G003418 Chr01 NC_080387.1:52817312-52817326promoter 内 3901-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 52817412-52823614(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr08G003575 Chr08 NC_080394.1:38481570-38481584promoter 内 3781-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 38481790-38482746(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAATCTGTCGGTGCT
SmilChr07G002208 Chr07 NC_080393.1:20323855-20323869promoter 内 3764-3778 bp + 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 20321681-20323632(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCACCGACGCAACC
SmilChr01G003484 Chr01 NC_080387.1:53406284-53406298promoter 内 3747-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53406538-53412592(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr08G004749 Chr08 NC_080394.1:56862147-56862161promoter 内 3708-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56860064-56861868(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr07G001038 Chr07 NC_080393.1:7590018-7590032promoter 内 3626-3640 bp - 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 7590393-7612388(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr07G002221 Chr07 NC_080393.1:20451125-20451139promoter 内 3517-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 20449185-20450655(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr08G000023 Chr08 NC_080394.1:156152-156166promoter 内 3470-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 156683-157410(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr08G000637 Chr08 NC_080394.1:4750582-4750596promoter 内 3376-3390 bp + 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4749063-4749971(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr06G002555 Chr06 NC_080392.1:36735487-36735501promoter 内 3312-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 36730171-36734812(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGAC
SmilChr02G003081 Chr02 NC_080388.1:51734627-51734641promoter 内 3196-3210 bp + 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51733764-51733836(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
SmilChr06G000069 Chr06 NC_080392.1:537113-537127promoter 内 3123-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 537991-540201(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTTCTGTCGGTGAT
SmilChr04G000214 Chr04 NC_080390.1:1889538-1889552promoter 内 3075-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 1890464-1893442(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACGGAGCC
SmilChr04G000286 Chr04 NC_080390.1:2639515-2639529promoter 内 3017-3031 bp - 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2635750-2638545(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAA
SmilChr03G001997 Chr03 NC_080389.1:29652207-29652221promoter 内 2973-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 29653235-29657533(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATTCTGTCGGTGCT
SmilChr05G001046 Chr05 NC_080391.1:8625910-8625924promoter 内 2957-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 8623771-8624880(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr05G001047 Chr05 NC_080391.1:8634497-8634511promoter 内 2957-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 8632358-8633467(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G002772 Chr02 NC_080388.1:47790846-47790860promoter 内 2952-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47788873-47789811(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G000750 Chr02 NC_080388.1:12194775-12194789promoter 内 2899-2913 bp + 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12192296-12193687(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCC
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