转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 30 / 162 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005334 Chr02 NC_080388.1:74175258-74175267promoter 内 295-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 74162934-74171561(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr05G002683 Chr05 NC_080391.1:30404450-30404459promoter 内 277-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 30398950-30400735(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr02G002717 Chr02 NC_080388.1:47007437-47007446promoter 内 247-256 bp - 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 47011191-47012495(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr02G003541 Chr02 NC_080388.1:56583015-56583024promoter 内 187-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 56575517-56579210(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr02G004081 Chr02 NC_080388.1:63088505-63088514promoter 内 134-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 63092372-63096688(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr02G002872 Chr02 NC_080388.1:48967618-48967627promoter 内 8-17 bp + 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 48957194-48963634(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr01G005930 Chr01 NC_080387.1:75082385-75082394promoter 内 3953-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 75081009-75082346(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr02G003405 Chr02 NC_080388.1:55226780-55226789promoter 内 3942-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 55223116-55226730(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr06G000988 Chr06 NC_080392.1:9678127-9678136promoter 内 3913-3922 bp - 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 9676576-9678048(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr05G002681 Chr05 NC_080391.1:30294226-30294235promoter 内 3911-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 30294316-30295011(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr07G002167 Chr07 NC_080393.1:19844547-19844556promoter 内 3906-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 19842915-19844461(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr02G004974 Chr02 NC_080388.1:71630948-71630957promoter 内 3846-3855 bp + 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 71629200-71630802(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr07G000306 Chr07 NC_080393.1:2013661-2013670promoter 内 3839-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 2013823-2016134(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr07G000545 Chr07 NC_080393.1:3754831-3754840promoter 内 3839-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 3752266-3754678(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr04G000325 Chr04 NC_080390.1:3004715-3004724promoter 内 3804-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 3004912-3005598(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr05G004082 Chr05 NC_080391.1:54679035-54679044promoter 内 3784-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 54678186-54678827(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr01G003312 Chr01 NC_080387.1:51832539-51832548promoter 内 3764-3773 bp + 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 51832776-51833922(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr03G002941 Chr03 NC_080389.1:46125624-46125633promoter 内 3707-3716 bp + 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 46125918-46129920(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr04G000023 Chr04 NC_080390.1:258629-258638promoter 内 3687-3696 bp + 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 258943-263908(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr02G005269 Chr02 NC_080388.1:73777104-73777113promoter 内 3674-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 73772664-73776786(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr01G001747 Chr01 NC_080387.1:32187818-32187827promoter 内 3619-3628 bp + 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 32188200-32190770(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr02G000179 Chr02 NC_080388.1:2286497-2286506promoter 内 3603-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 2286895-2288286(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr05G001114 Chr05 NC_080391.1:9292172-9292181promoter 内 3539-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 9290405-9291719(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr03G001449 Chr03 NC_080389.1:17287849-17287858promoter 内 3497-3506 bp + 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 17279033-17287354(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr03G002649 Chr03 NC_080389.1:42140795-42140804promoter 内 3469-3478 bp - 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 42141327-42153624(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr05G000272 Chr05 NC_080391.1:2097826-2097835promoter 内 3448-3457 bp + 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 2098379-2109259(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr07G002431 Chr07 NC_080393.1:22628566-22628575promoter 内 3395-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 22629172-22632944(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr05G002909 Chr05 NC_080391.1:34954000-34954009promoter 内 3339-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 34952416-34953347(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr04G003665 Chr04 NC_080390.1:53099363-53099372promoter 内 3329-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 53095125-53098700(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr02G003204 Chr02 NC_080388.1:53183234-53183243promoter 内 3300-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 53180172-53182542(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr05G000045 Chr05 NC_080391.1:217140-217149promoter 内 3297-3306 bp - 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 217844-218991(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr03G001455 Chr03 NC_080389.1:17380807-17380816promoter 内 3245-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 17377904-17380060(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr07G004403 Chr07 NC_080393.1:56658941-56658950promoter 内 3150-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 56659792-56662088(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr07G001596 Chr07 NC_080393.1:13265533-13265542promoter 内 3131-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 13260964-13264672(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
SmilChr06G003056 Chr06 NC_080392.1:43451849-43451858promoter 内 3128-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 43452722-43454303(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCC
SmilChr01G003702 Chr01 NC_080387.1:55406441-55406450promoter 内 3070-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 55403087-55405519(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTGA
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