转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 32 / 147 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003537 Chr02 NC_080388.1:56516727-56516741promoter 内 2794-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 56517934-56519916(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACCAAAATTAGGTAC
SmilChr03G002332 Chr03 NC_080389.1:36783208-36783222promoter 内 2764-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36781031-36781985(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAGTGTTAGGTTG
SmilChr03G002333 Chr03 NC_080389.1:36793814-36793828promoter 内 2764-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36791636-36792591(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAGTGTTAGGTTG
SmilChr03G000981 Chr03 NC_080389.1:11082322-11082336promoter 内 2636-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 11083687-11088021(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACATGTTAGGTTG
SmilChr01G003493 Chr01 NC_080387.1:53507305-53507319promoter 内 2508-2522 bp + 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 53508798-53508904(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGATAGTTAGGCCA
SmilChr03G004030 Chr03 NC_080389.1:59314251-59314265promoter 内 2399-2413 bp - 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 59315853-59320293(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTTTGAA
SmilChr01G004155 Chr01 NC_080387.1:60061180-60061194promoter 内 2295-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 60062886-60068092(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTCATTT
SmilChr03G000742 Chr03 NC_080389.1:8468810-8468824promoter 内 2283-2297 bp + 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 8466323-8467106(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTAAACT
SmilChr02G005462 Chr02 NC_080388.1:74927901-74927915promoter 内 2233-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 74921594-74926147(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTTTTAT
SmilChr02G000221 Chr02 NC_080388.1:2883441-2883455promoter 内 2222-2236 bp + 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2879606-2881676(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACATTGTC
SmilChr01G001618 Chr01 NC_080387.1:30285126-30285140promoter 内 2156-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 30286971-30294955(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAACAGTTAGGCTT
SmilChr01G003031 Chr01 NC_080387.1:49357896-49357910promoter 内 2137-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 49353674-49356046(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGTCGAGTTAGGCTC
SmilChr03G004249 Chr03 NC_080389.1:60969645-60969659promoter 内 2129-2143 bp - 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 60971517-60975668(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGCCTAACTAATTG
SmilChr01G005443 Chr01 NC_080387.1:71526234-71526248promoter 内 2125-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 71528110-71529022(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTCTTTT
SmilChr04G001630 Chr04 NC_080390.1:27055824-27055838promoter 内 2103-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27053011-27053940(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTTATAA
SmilChr01G004444 Chr01 NC_080387.1:62557214-62557228promoter 内 2045-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 62559170-62565033(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTTTTAT
SmilChr01G003633 Chr01 NC_080387.1:54853060-54853074promoter 内 1998-2012 bp - 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 54855063-54856789(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTCTACT
SmilChr02G004966 Chr02 NC_080388.1:71575021-71575035promoter 内 1984-1998 bp + 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 71566548-71573018(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACTCTACT
SmilChr02G003643 Chr02 NC_080388.1:57771830-57771844promoter 内 1933-1947 bp + 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 57773898-57775283(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATGAGGTTAGGTTG
SmilChr03G003785 Chr03 NC_080389.1:56972846-56972860promoter 内 1847-1861 bp - 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 56965623-56970706(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAAGAATTAGGTAC
SmilChr03G003787 Chr03 NC_080389.1:56972846-56972860promoter 内 1823-1837 bp - 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 56969406-56970682(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAAGAATTAGGTAC
SmilChr04G001245 Chr04 NC_080390.1:19581215-19581229promoter 内 1647-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 19583569-19584777(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGCCTAACTCGGTT
SmilChr03G001137 Chr03 NC_080389.1:13093322-13093336promoter 内 1566-1580 bp + 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 13095757-13096290(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTATAAGTTAGGTTG
SmilChr03G004113 Chr03 NC_080389.1:60035115-60035129promoter 内 1564-1578 bp + 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 60037552-60041522(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACAGGTTAGGTCA
SmilChr02G001740 Chr02 NC_080388.1:31984285-31984299promoter 内 1469-1483 bp + 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 31979120-31981767(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACTAATTC
SmilChr02G005062 Chr02 NC_080388.1:72307981-72307995promoter 内 1208-1222 bp + 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 72310774-72312312(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATAAAAATTAGGTAT
SmilChr02G003683 Chr02 NC_080388.1:58196676-58196690promoter 内 1198-1212 bp - 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 58188716-58193887(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATGAAGTTAGGTTT
SmilChr03G003863 Chr03 NC_080389.1:57707797-57707811promoter 内 1179-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 57704919-57704989(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAGTGGTTAGGTTG
SmilChr03G000503 Chr03 NC_080389.1:5419305-5419319promoter 内 1162-1176 bp + 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5422144-5426627(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACATGTTAGGTTG
SmilChr03G003252 Chr03 NC_080389.1:50389510-50389524promoter 内 1039-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 50392472-50396682(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGGAAGTTAGGTGC
SmilChr02G002647 Chr02 NC_080388.1:45860706-45860720promoter 内 963-977 bp - 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45863744-45866973(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACTTGTTA
SmilChr01G003619 Chr01 NC_080387.1:54726025-54726039promoter 内 840-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 54729186-54734505(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTCTACT
SmilChr03G003141 Chr03 NC_080389.1:48631215-48631229promoter 内 813-827 bp - 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48627339-48628041(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACCCAAGTTAGGTTT
SmilChr02G003641 Chr02 NC_080388.1:57771830-57771844promoter 内 786-800 bp + 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 57764398-57768629(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACCTCATT
SmilChr03G000711 Chr03 NC_080389.1:7890541-7890555promoter 内 765-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 7893777-7896454(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTTATAA
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SmilChr01G000919 Chr01 NC_080387.1:19422166-19422180promoter 内 2727-2741 bp + 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 19419939-19420906(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTTGACT
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SmilChr02G003156 Chr02 NC_080388.1:52607854-52607868promoter 内 3784-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 52607271-52607651(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACAACTAC