转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000593; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001545-RA_Salv SmilChr05G000593 MIKC_MADS XP_057764223.1 MP00609 TTTTTTCCATTTTTGGTAA

可能结合的靶基因

9941 个结合位点 7575 个候选靶基因 第 35 / 152 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001161 Chr06 NC_080392.1:11788985-11789003promoter 内 2148-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 11785378-11787150(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCTTTCTTTTTTTGGGTA
SmilChr03G001837 Chr03 NC_080389.1:25202293-25202311promoter 内 1847-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 25204447-25208084(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTCTTCCCCTTTTTGGCAT
SmilChr03G002172 Chr03 NC_080389.1:33774686-33774704promoter 内 1670-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 33777017-33780060(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTCCTAAAATGGAAAGTG
SmilChr02G004851 Chr02 NC_080388.1:70670803-70670821promoter 内 1152-1170 bp + 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 70673652-70678006(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CACTTTCCTTTTTTGGGTT
SmilChr01G006185 Chr01 NC_080387.1:77364922-77364940promoter 内 765-783 bp - 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 77359226-77361704(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GACTTTCCTTTTTTGGTCG
SmilChr02G005234 Chr02 NC_080388.1:73544104-73544122promoter 内 501-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73537900-73540622(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGCTTTCCTTTTTTGGGTT
SmilChr02G002567 Chr02 NC_080388.1:44664765-44664783promoter 内 200-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 44668566-44675433(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CGTTTTCCATTTATGGAAA
SmilChr04G000676 Chr04 NC_080390.1:7724119-7724137promoter 内 96-114 bp - 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 7728024-7730147(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTACCAAAAAAAGAAAATG
SmilChr04G003854 Chr04 NC_080390.1:54510928-54510946promoter 内 63-81 bp - 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54506937-54507008(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTATTTCCATTTTGGGAAT
SmilChr01G005259 Chr01 NC_080387.1:70081311-70081329promoter 内 2622-2640 bp + 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 70079283-70079950(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr05G000534 Chr05 NC_080391.1:4092187-4092205promoter 内 2155-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 4084664-4090359(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr01G005260 Chr01 NC_080387.1:70081311-70081329promoter 内 927-945 bp + 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 70084385-70087913(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATATTTCCATTTTAGGAAA
SmilChr05G001412 Chr05 NC_080391.1:12752316-12752334promoter 内 3889-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 12752428-12753252(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr02G001785 Chr02 NC_080388.1:32628624-32628642promoter 内 3702-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 32628923-32634187(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr03G002195 Chr03 NC_080389.1:34576306-34576324promoter 内 3538-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 34574705-34575861(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr02G004860 Chr02 NC_080388.1:70724936-70724954promoter 内 3466-3484 bp - 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 70725471-70736174(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr04G004177 Chr04 NC_080390.1:56369563-56369581promoter 内 3381-3399 bp - 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 56366051-56368961(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATATTTCCATTTTAGGAAA
SmilChr01G004172 Chr01 NC_080387.1:60199341-60199359promoter 内 2390-2408 bp - 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 60200952-60202141(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr02G003079 Chr02 NC_080388.1:51721916-51721934promoter 内 864-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 51717236-51718797(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATATTTCCATTTTAGGAAA
SmilChr02G002478 Chr02 NC_080388.1:43164479-43164497promoter 内 3962-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 43161796-43164458(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CGGCCAAAAAAGGAAAATT
SmilChr04G002380 Chr04 NC_080390.1:38337622-38337640promoter 内 3876-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 38335679-38337515(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CGACCAAAAAAGGAAAATA
SmilChr03G003365 Chr03 NC_080389.1:51997929-51997947promoter 内 3833-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 51992037-51997779(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATATTTCCATTTTAGGAAA
SmilChr05G002424 Chr05 NC_080391.1:26734240-26734258promoter 内 3790-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 26730260-26734047(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CGGCCAAAAAAGGAAAATT
SmilChr04G000839 Chr04 NC_080390.1:10603652-10603670promoter 内 3585-3603 bp - 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 10599564-10603254(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AATTTTCCTTTTTTGGCCG
SmilChr04G000906 Chr04 NC_080390.1:11792299-11792317promoter 内 3367-3385 bp + 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 11789200-11791683(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr05G003360 Chr05 NC_080391.1:44394694-44394712promoter 内 3283-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 44392465-44393994(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AATTTTCCTTTTTTGGCCG
SmilChr04G001626 Chr04 NC_080390.1:27024256-27024274promoter 内 3241-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 27021549-27023514(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATATTTCCATTTTAGGAAA
SmilChr02G002803 Chr02 NC_080388.1:48103134-48103152promoter 内 3036-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 48104099-48106323(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAGTGGAAAATC
SmilChr05G001413 Chr05 NC_080391.1:12752316-12752334promoter 内 2768-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 12753549-12754367(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr05G002425 Chr05 NC_080391.1:26734240-26734258promoter 内 2701-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 26735540-26736957(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AATTTTCCTTTTTTGGCCG
SmilChr05G000100 Chr05 NC_080391.1:615032-615050promoter 内 2700-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 612495-613749(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
SmilChr01G005103 Chr01 NC_080387.1:68823163-68823181promoter 内 2516-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 68818996-68821696(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATATTTCCATTTTAGGAAA
SmilChr05G002116 Chr05 NC_080391.1:22220924-22220942promoter 内 2389-2407 bp + 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 22222536-22224722(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATATTTCCATTTTAGGAAA
SmilChr02G003406 Chr02 NC_080388.1:55231726-55231744promoter 内 2331-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 55233396-55240707(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTATTTCCATTTTAGGAAA
SmilChr05G000066 Chr05 NC_080391.1:326307-326325promoter 内 2305-2323 bp + 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 323560-324629(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCTAAAATGGAAATAT
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