转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 38 / 134 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004130 Chr01 NC_080387.1:59818835-59818847promoter 内 2222-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 59813110-59817068(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCTTGACTTTTGA
SmilChr02G001619 Chr02 NC_080388.1:30131735-30131747promoter 内 2098-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 30126934-30129844(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCCAAAGTCAAAC
SmilChr01G005355 Chr01 NC_080387.1:70781209-70781221promoter 内 1978-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70777645-70779198(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCTTGACTTTGTA
SmilChr03G000085 Chr03 NC_080389.1:978750-978762promoter 内 1953-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 974330-976714(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCAAAAGTCAATC
SmilChr01G002842 Chr01 NC_080387.1:46986384-46986396promoter 内 1869-1881 bp - 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46988516-46992084(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCAAAAGTCAATC
SmilChr01G002934 Chr01 NC_080387.1:48102199-48102211promoter 内 1616-1628 bp + 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 48104584-48106855(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGTTGACTTTGCA
SmilChr02G001383 Chr02 NC_080388.1:26235858-26235870promoter 内 1446-1458 bp + 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 26190173-26233315(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACAAAAGTCAAGT
SmilChr02G000274 Chr02 NC_080388.1:3527432-3527444promoter 内 1183-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 3518093-3524626(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTTGT
SmilChr01G003434 Chr01 NC_080387.1:52971788-52971800promoter 内 1175-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 52965291-52968974(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCTTGACTTTTAT
SmilChr02G002159 Chr02 NC_080388.1:38822500-38822512promoter 内 1091-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 38816497-38819602(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTTGT
SmilChr01G000807 Chr01 NC_080387.1:17454134-17454146promoter 内 896-908 bp + 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 17446147-17451041(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAGAAAGTCAAAT
SmilChr01G004171 Chr01 NC_080387.1:60193160-60193172promoter 内 883-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60196278-60197701(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAAGAAGTCAACA
SmilChr01G000744 Chr01 NC_080387.1:16460743-16460755promoter 内 684-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 16464060-16468973(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAGAAAGTCAAAT
SmilChr02G002967 Chr02 NC_080388.1:50192841-50192853promoter 内 651-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 50182192-50189503(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCAGAAGTCAACG
SmilChr02G000708 Chr02 NC_080388.1:11399519-11399531promoter 内 508-520 bp + 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 11393227-11396038(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACAAAAGTCAAGT
SmilChr01G003435 Chr01 NC_080387.1:52971788-52971800promoter 内 486-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 52975303-52976891(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATAAAAGTCAAGA
SmilChr01G003158 Chr01 NC_080387.1:50420777-50420789promoter 内 311-323 bp + 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 50414386-50417099(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAAAAGTCAAGT
SmilChr02G004660 Chr02 NC_080388.1:68999154-68999166promoter 内 224-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 69002931-69006333(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTTCGG
SmilChr01G000491 Chr01 NC_080387.1:9975352-9975364promoter 内 176-188 bp + 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 9968021-9971539(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCAAAAGTCAAGA
SmilChr02G000505 Chr02 NC_080388.1:6964106-6964118promoter 内 130-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6957928-6960247(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCTTGACTTTTGA
SmilChr01G006106 Chr01 NC_080387.1:76605111-76605123promoter 内 1761-1773 bp + 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 5 76607351-76608246(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTCA
SmilChr03G000129 Chr03 NC_080389.1:1420961-1420973promoter 内 364-376 bp - 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 5 1415089-1417336(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTCA
SmilChr01G006079 Chr01 NC_080387.1:76236490-76236502promoter 内 3599-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 76236892-76237794(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTCA
SmilChr01G006085 Chr01 NC_080387.1:76337893-76337905promoter 内 3599-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 76338295-76339200(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTCA
SmilChr01G006107 Chr01 NC_080387.1:76605111-76605123promoter 内 693-705 bp + 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 76608419-76609050(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTCA
SmilChr03G001342 Chr03 NC_080389.1:15681041-15681053promoter 内 186-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 15674776-15677238(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTGTG
SmilChr01G006108 Chr01 NC_080387.1:76624522-76624534promoter 内 3599-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 76624924-76625847(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTCA
SmilChr01G006143 Chr01 NC_080387.1:76925265-76925277promoter 内 3599-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 76923983-76924875(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTCA
SmilChr03G000130 Chr03 NC_080389.1:1420961-1420973promoter 内 2298-2310 bp - 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 1418005-1419270(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTCA
SmilChr01G000575 Chr01 NC_080387.1:11925909-11925921promoter 内 1932-1944 bp - 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 11927978-11931142(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCCAAAGTCAAAA
SmilChr02G001380 Chr02 NC_080388.1:26122651-26122663promoter 内 1932-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 26117462-26120594(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCCAAAGTCAAAA
SmilChr01G006152 Chr01 NC_080387.1:76966298-76966310promoter 内 116-128 bp - 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 76970183-76971980(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGAGAAGTCAACG
SmilChr02G001552 Chr02 NC_080388.1:28806492-28806504promoter 内 3893-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 28806600-28807767(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTAAAGTCAACC
SmilChr03G000049 Chr03 NC_080389.1:510669-510681promoter 内 3752-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 504684-510432(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTGTG
SmilChr01G005747 Chr01 NC_080387.1:73556960-73556972promoter 内 3599-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 73557362-73558285(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTCA
SmilChr02G000931 Chr02 NC_080388.1:16233816-16233828promoter 内 2846-2858 bp + 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 16234971-16238879(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTGTG
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