转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 39 / 136 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000095 Chr07 NC_080393.1:517967-517977promoter 内 2344-2354 bp + 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 516250-516320(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCT
SmilChr01G005154 Chr01 NC_080387.1:69326334-69326344promoter 内 2338-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69324610-69324681(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCTCAGCGGA
SmilChr01G004382 Chr01 NC_080387.1:62001645-62001655promoter 内 2321-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 62003325-62006255(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCG
SmilChr07G002099 Chr07 NC_080393.1:19108381-19108391promoter 内 2245-2255 bp + 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19100843-19106635(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGGT
SmilChr02G003412 Chr02 NC_080388.1:55281411-55281421promoter 内 2004-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 55283408-55290154(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGACCT
SmilChr02G002727 Chr02 NC_080388.1:47200079-47200089promoter 内 1676-1686 bp - 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47190273-47197764(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGGTCAGCGCG
SmilChr02G001408 Chr02 NC_080388.1:26711302-26711312promoter 内 1636-1646 bp - 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 26713667-26715983(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCT
SmilChr01G004973 Chr01 NC_080387.1:67817142-67817152promoter 内 1576-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 67819567-67820587(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCG
SmilChr03G001287 Chr03 NC_080389.1:15072383-15072393promoter 内 1489-1499 bp - 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15065646-15069881(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCG
SmilChr03G001416 Chr03 NC_080389.1:16811384-16811394promoter 内 1485-1495 bp + 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 16805945-16808878(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCT
SmilChr01G001504 Chr01 NC_080387.1:28882220-28882230promoter 内 1389-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28876833-28879618(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCT
SmilChr01G004380 Chr01 NC_080387.1:62001645-62001655promoter 内 1076-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 61996639-61998730(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCT
SmilChr07G000823 Chr07 NC_080393.1:5796255-5796265promoter 内 998-1008 bp + 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5799258-5805833(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCTCAGCGGA
SmilChr05G003043 Chr05 NC_080391.1:38226065-38226075promoter 内 975-985 bp - 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 38218621-38223049(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCG
SmilChr03G001329 Chr03 NC_080389.1:15549395-15549405promoter 内 907-917 bp - 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15541355-15546311(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCG
SmilChr01G001258 Chr01 NC_080387.1:25282588-25282598promoter 内 728-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25265830-25279325(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCG
SmilChr05G003137 Chr05 NC_080391.1:39984824-39984834promoter 内 673-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39988152-39992600(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCG
SmilChr06G001415 Chr06 NC_080392.1:14863244-14863254promoter 内 664-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 14855815-14859917(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCTCAGCGGA
SmilChr03G002825 Chr03 NC_080389.1:44735254-44735264promoter 内 590-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 44738665-44743638(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCT
SmilChr08G000595 Chr08 NC_080394.1:4425599-4425609promoter 内 202-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4429398-4431847(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCG
SmilChr03G004337 Chr03 NC_080389.1:61694291-61694301promoter 内 190-200 bp + 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 61698102-61699621(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCTCAGCGGA
SmilChr06G001454 Chr06 NC_080392.1:15397408-15397418promoter 内 77-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15390816-15393494(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCT
SmilChr03G003005 Chr03 NC_080389.1:46885737-46885747promoter 内 1384-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 46888354-46891150(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGT
SmilChr02G000685 Chr02 NC_080388.1:10823300-10823310promoter 内 652-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 10816903-10819961(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGT
SmilChr03G001304 Chr03 NC_080389.1:15278095-15278105promoter 内 3678-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 15271009-15277782(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCGCTGAGTA
SmilChr05G000588 Chr05 NC_080391.1:4447593-4447603promoter 内 3928-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 4447666-4447801(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTA
SmilChr07G003106 Chr07 NC_080393.1:32897579-32897589promoter 内 3107-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 32898473-32901243(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTG
SmilChr08G004879 Chr08 NC_080394.1:57900904-57900914promoter 内 2976-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 57897608-57899889(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGAG
SmilChr04G001131 Chr04 NC_080390.1:16576955-16576965promoter 内 2886-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 16560355-16575850(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTG
SmilChr03G001419 Chr03 NC_080389.1:16816039-16816049promoter 内 2753-2763 bp - 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 16817287-16817412(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCGCTGAGTA
SmilChr08G000097 Chr08 NC_080394.1:589700-589710promoter 内 2479-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 591222-605169(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGCC
SmilChr06G002551 Chr06 NC_080392.1:36648113-36648123promoter 内 2371-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 36649743-36651784(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCCCAGCGCG
SmilChr06G000715 Chr06 NC_080392.1:6512557-6512567promoter 内 1735-1745 bp + 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 6506773-6510301(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGCC
SmilChr03G001417 Chr03 NC_080389.1:16816039-16816049promoter 内 1161-1171 bp - 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 16810959-16813209(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACTCAGCGGG
SmilChr03G001650 Chr03 NC_080389.1:21428558-21428568promoter 内 1046-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 21431513-21432404(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTA
SmilChr01G004475 Chr01 NC_080387.1:62866678-62866688promoter 内 459-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 62870220-62872210(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGGCT
SmilChr01G003243 Chr01 NC_080387.1:51162325-51162335promoter 内 404-414 bp - 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 51157523-51158738(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGAG
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SmilChr08G003967 Chr08 NC_080394.1:47667704-47667714promoter 内 3796-3806 bp + 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47665915-47667509(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTA
SmilChr01G000546 Chr01 NC_080387.1:11272314-11272324promoter 内 3783-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 11270593-11272106(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTA
SmilChr01G002508 Chr01 NC_080387.1:42967988-42967998promoter 内 3765-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 42964801-42967762(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGCA
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