转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000070; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001046-RA_Salv SmilChr04G000070 bHLH XP_057807324.1 MP00034 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 39 / 134 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000966 Chr04 NC_080390.1:12957902-12957909promoter 内 654-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 12961249-12964204(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G004844 Chr01 NC_080387.1:66581293-66581300promoter 内 653-660 bp + 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 66584641-66588933(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr04G002478 Chr04 NC_080390.1:39615248-39615255promoter 内 652-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 39618597-39618677(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G002530 Chr01 NC_080387.1:43322146-43322153promoter 内 651-658 bp + 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 43317510-43318803(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G003916 Chr03 NC_080389.1:58249453-58249460promoter 内 630-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58252824-58256515(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G002785 Chr01 NC_080387.1:46327880-46327887promoter 内 627-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 46323516-46324513(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G000640 Chr02 NC_080388.1:9690896-9690903promoter 内 622-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 9694275-9697341(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G005524 Chr02 NC_080388.1:75321808-75321815promoter 内 619-626 bp + 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 75315098-75318433(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G003252 Chr02 NC_080388.1:53821767-53821774promoter 内 617-624 bp - 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53815197-53818390(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr04G003310 Chr04 NC_080390.1:49844514-49844521promoter 内 617-624 bp - 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 49839411-49841137(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72431619-72431626promoter 内 614-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr01G001901 Chr01 NC_080387.1:34121682-34121689promoter 内 607-614 bp + 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 34125076-34129264(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G002244 Chr02 NC_080388.1:39861243-39861250promoter 内 591-598 bp - 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 39856971-39857840(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr04G000336 Chr04 NC_080390.1:3114590-3114597promoter 内 591-598 bp - 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 3106857-3111187(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr05G000448 Chr05 NC_080391.1:3399193-3399200promoter 内 590-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 3402604-3405141(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr05G003082 Chr05 NC_080391.1:38953591-38953598promoter 内 587-594 bp + 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 38957005-38979398(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G000360 Chr02 NC_080388.1:4640053-4640060promoter 内 581-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 4643473-4647673(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr04G004138 Chr04 NC_080390.1:56180405-56180412promoter 内 579-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56174932-56176990(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G001893 Chr04 NC_080390.1:30903539-30903546promoter 内 571-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 30906969-30909161(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr05G002784 Chr05 NC_080391.1:32543264-32543271promoter 内 565-572 bp - 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 32546700-32546806(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G001756 Chr04 NC_080390.1:28888379-28888386promoter 内 562-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 28891818-28893873(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr05G000092 Chr05 NC_080391.1:525556-525563promoter 内 554-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 521443-522116(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G002824 Chr02 NC_080388.1:48356452-48356459promoter 内 547-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 48351833-48353005(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr06G000114 Chr06 NC_080392.1:807466-807473promoter 内 544-551 bp + 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 803936-804016(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G005533 Chr01 NC_080387.1:72177056-72177063promoter 内 543-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 72171487-72173605(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G000436 Chr01 NC_080387.1:8758388-8758395promoter 内 534-541 bp - 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 8753789-8754928(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr01G000435 Chr01 NC_080387.1:8726622-8726629promoter 内 532-539 bp - 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 8722021-8723160(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G001733 Chr02 NC_080388.1:31859522-31859529promoter 内 522-529 bp - 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 31863001-31863504(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G004158 Chr04 NC_080390.1:56268093-56268100promoter 内 522-529 bp - 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56271572-56274371(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G005020 Chr02 NC_080388.1:71963001-71963008promoter 内 512-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 71966490-71968279(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr04G003272 Chr04 NC_080390.1:49414383-49414390promoter 内 512-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 49408743-49410901(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G000247 Chr03 NC_080389.1:2920683-2920690promoter 内 509-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 2924175-2925187(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G002665 Chr02 NC_080388.1:46144957-46144964promoter 内 495-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 46148463-46150262(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G000861 Chr02 NC_080388.1:14781870-14781877promoter 内 456-463 bp + 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 14785415-14786777(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr03G004004 Chr03 NC_080389.1:59057840-59057847promoter 内 441-448 bp - 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 59061400-59067931(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G001958 Chr03 NC_080389.1:27996792-27996799promoter 内 436-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 27992014-27993234(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G003288 Chr01 NC_080387.1:51567723-51567730promoter 内 431-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 51558949-51564160(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
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SmilChr05G001440 Chr05 NC_080391.1:13155236-13155243promoter 内 407-414 bp + 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 13150479-13151649(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
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SmilChr01G004121 Chr01 NC_080387.1:59730991-59730998promoter 内 358-365 bp - 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 59724107-59727355(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA