转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 40 / 142 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002620 Chr08 NC_080394.1:25548340-25548354promoter 内 1062-1076 bp - 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 25551279-25554892(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGTATC
SmilChr06G001584 Chr06 NC_080392.1:17275147-17275161promoter 内 1051-1065 bp + 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 17278097-17283063(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGTCGT
SmilChr03G004030 Chr03 NC_080389.1:59312847-59312861promoter 内 995-1009 bp + 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 59315853-59320293(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCGACAC
SmilChr04G003014 Chr04 NC_080390.1:46543772-46543786promoter 内 836-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46537085-46540621(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGGGGTAGGTGTT
SmilChr04G003202 Chr04 NC_080390.1:48851110-48851124promoter 内 815-829 bp - 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 48854296-48857570(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGGGGTAGGTGTT
SmilChr04G003125 Chr04 NC_080390.1:47858429-47858443promoter 内 729-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47861701-47866822(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACCCCCC
SmilChr08G000380 Chr08 NC_080394.1:2666628-2666642promoter 内 722-736 bp - 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2669907-2670617(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATTAGGTAGGTGGG
SmilChr03G000619 Chr03 NC_080389.1:6821749-6821763promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 6817355-6818414(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCACCAA
SmilChr04G003991 Chr04 NC_080390.1:55309202-55309216promoter 内 578-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55312625-55317541(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGAAGTAGGTGAG
SmilChr03G003956 Chr03 NC_080389.1:58608309-58608323promoter 内 427-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 58598636-58604749(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCATCAC
SmilChr02G000397 Chr02 NC_080388.1:4911736-4911750promoter 内 373-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4915364-4916889(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATCGT
SmilChr02G003816 Chr02 NC_080388.1:59786862-59786876promoter 内 286-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 59781262-59783161(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTTGGGTAGGTGGG
SmilChr01G005384 Chr01 NC_080387.1:71127122-71127136promoter 内 187-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 71121235-71123322(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTAGTAGGTGAG
SmilChr01G001832 Chr01 NC_080387.1:33273756-33273770promoter 内 2046-2060 bp + 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 33275711-33280501(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACGCAGT
SmilChr06G002192 Chr06 NC_080392.1:30392985-30392999promoter 内 1405-1419 bp - 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 30378961-30390403(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCCACCG
SmilChr04G003270 Chr04 NC_080390.1:49407430-49407444promoter 内 1130-1144 bp + 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 49401471-49404573(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTGCT
SmilChr01G005636 Chr01 NC_080387.1:72802116-72802130promoter 内 540-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 72796920-72798669(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAGAGGTAGGTATG
SmilChr06G002193 Chr06 NC_080392.1:30392985-30392999promoter 内 3537-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 30393449-30402632(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTAGG
SmilChr07G002200 Chr07 NC_080393.1:20238174-20238188promoter 内 3160-3174 bp - 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 20235440-20237347(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCTAG
SmilChr01G005043 Chr01 NC_080387.1:68354043-68354057promoter 内 2877-2891 bp - 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 68355167-68358570(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCATGGTAGGTGGC
SmilChr05G001212 Chr05 NC_080391.1:10187613-10187627promoter 内 2563-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 10189051-10202173(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCTAG
SmilChr07G001009 Chr07 NC_080393.1:7345449-7345463promoter 内 2283-2297 bp + 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 7341748-7343745(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTTGGGTAGGTGCA
SmilChr07G003343 Chr07 NC_080393.1:35823182-35823196promoter 内 2272-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 35824911-35826102(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCTCTCC
SmilChr08G001374 Chr08 NC_080394.1:10955013-10955027promoter 内 2250-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 10949366-10953276(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACACTCC
SmilChr05G001211 Chr05 NC_080391.1:10187613-10187627promoter 内 2113-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 10182345-10185739(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr06G003073 Chr06 NC_080392.1:43625120-43625134promoter 内 2029-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 43627092-43628093(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCTCTCC
SmilChr01G005637 Chr01 NC_080387.1:72802116-72802130promoter 内 1805-1819 bp + 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 72804312-72805047(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCTCTCC
SmilChr01G005042 Chr01 NC_080387.1:68354043-68354057promoter 内 639-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 68343649-68350695(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCATGGC
SmilChr05G002542 Chr05 NC_080391.1:28371063-28371077promoter 内 480-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 28363893-28367556(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCTAG
SmilChr01G002566 Chr01 NC_080387.1:43767184-43767198promoter 内 3976-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43764827-43767173(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCAGCCACCAC
SmilChr01G002270 Chr01 NC_080387.1:39473212-39473226promoter 内 3948-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39471441-39473173(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCCACCACCAT
SmilChr07G001776 Chr07 NC_080393.1:15051121-15051135promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 15051221-15051595(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCAACTA
SmilChr03G003506 Chr03 NC_080389.1:53666079-53666093promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53666228-53668962(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCCCAC
SmilChr03G003505 Chr03 NC_080389.1:53656532-53656546promoter 内 3841-3855 bp + 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53656692-53659401(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCCCAC
SmilChr03G003983 Chr03 NC_080389.1:58834886-58834900promoter 内 3719-3733 bp - 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58831502-58834618(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCAACAACCACCAA
SmilChr05G002081 Chr05 NC_080391.1:21744293-21744307promoter 内 3674-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 21744620-21746183(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCAACTACCACCTC
SmilChr06G002474 Chr06 NC_080392.1:35577444-35577458promoter 内 3659-3673 bp - 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 35577786-35578736(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGTGGGTAGGTGGC
SmilChr04G004138 Chr04 NC_080390.1:56177327-56177341promoter 内 3650-3664 bp + 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56174932-56176990(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAACGGTAGGTGAA
SmilChr02G004646 Chr02 NC_080388.1:68896803-68896817promoter 内 3630-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 68897174-68903776(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTTACA
SmilChr05G001099 Chr05 NC_080391.1:9152309-9152323promoter 内 3525-3539 bp - 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9152785-9157046(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCGTGGTAGGTGTA
SmilChr05G003189 Chr05 NC_080391.1:40820734-40820748promoter 内 3496-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 40817700-40820243(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTGAGGTAGGTGAA
SmilChr05G000094 Chr05 NC_080391.1:541841-541855promoter 内 3464-3478 bp - 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 542378-548997(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTGTGGTAGGTAAG
SmilChr05G000158 Chr05 NC_080391.1:1267080-1267094promoter 内 3218-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1264266-1266311(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr01G000185 Chr01 NC_080387.1:3169281-3169295promoter 内 3051-3065 bp - 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3170231-3177775(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr08G003554 Chr08 NC_080394.1:38198082-38198096promoter 内 2920-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38199163-38201868(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACAACCACCAC
SmilChr05G002470 Chr05 NC_080391.1:27217284-27217298promoter 内 2854-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 27218431-27222151(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTGCCT
SmilChr06G002999 Chr06 NC_080392.1:42875876-42875890promoter 内 2765-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 42869906-42874654(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTCCCA
SmilChr01G002068 Chr01 NC_080387.1:36525021-36525035promoter 内 2732-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36526290-36527839(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTGTGTTAGGTGGG
SmilChr08G001755 Chr08 NC_080394.1:14761655-14761669promoter 内 2681-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14762975-14764071(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTAACTACCACCAC
SmilChr06G000939 Chr06 NC_080392.1:8988527-8988541promoter 内 2643-2657 bp + 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8989885-8991941(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCCACCACCAC